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万見
- PDB-4r31: Crystal structure of a putative uridine phosphorylase from Actino... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r31
タイトルCrystal structure of a putative uridine phosphorylase from Actinobacillus succinogenes 130Z (Target NYSGRC-029667 )
要素Uridine phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / phosphorylase / uridine / Structural genomics / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyuridine phosphorylase activity / nucleotide catabolic process / uridine phosphorylase / nucleoside catabolic process / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / cytosol
類似検索 - 分子機能
Uridine phosphorylase / Nucleoside phosphorylase, conserved site / Purine and other phosphorylases family 1 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uridine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Actinobacillus succinogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sampathkumar, P. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a putative uridine phosphorylase from Actinobacillus succinogenes 130Z (Target NYSGRC-029667 )
著者: Sampathkumar, P. / Ahmed, M. / Attonito, J. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Fiser, A. / Glenn, A.S. / Hammonds, J. / Himmel, D.M. / Hillerich, B. / Khafizov, K. / ...著者: Sampathkumar, P. / Ahmed, M. / Attonito, J. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Fiser, A. / Glenn, A.S. / Hammonds, J. / Himmel, D.M. / Hillerich, B. / Khafizov, K. / Lafleur, J. / Love, J.D. / Stead, M. / Seidel, R. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Sojitra, S.S. / Wasserman, S.R. / Schramm, V.L. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium
履歴
登録2014年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridine phosphorylase
B: Uridine phosphorylase
C: Uridine phosphorylase
D: Uridine phosphorylase
E: Uridine phosphorylase
F: Uridine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,57117
ポリマ－182,5586
非ポリマー1,01311
水14,466803
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23220 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area48490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.422, 120.595, 176.879
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Uridine phosphorylase


分子量: 30426.283 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinobacillus succinogenes (バクテリア)
株: 130Z / 遺伝子: Asuc_0427 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Codon-PlusRIL / 参照: UniProt: A6VLF7, uridine phosphorylase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 803 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein (20mM HEPES pH7.5, 150mM NaCl, 5% glycerol, and 5mM DTT); Reservoir (MCSG1 #81: 0.2 M sodium formate, 20% (w/v) PEG 3350); Cryoprotection (33% glycerol), Vapor Diffusion, Sitting Drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月3日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 126139 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.6 % / Biso Wilson estimate: 30.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 13.18
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 12.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / Num. unique all: 6175 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXC位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 3.986 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2081 6187 4.9 %RANDOM
Rwork0.1694 ---
obs0.1713 125108 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 121.46 Å2 / Biso mean: 33.385 Å2 / Biso min: 13.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.63 Å20 Å20 Å2
2--0.64 Å2-0 Å2
3----1.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11431 0 66 803 12300
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01911846
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0211397
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3441.97916112
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.766326221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.90851559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.94623.94467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.467151792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.741571
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21873
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02113514
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022617
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6193.1276129
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6183.1266128
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5534.6797663
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 436 -
Rwork0.259 8696 -
all-9132 -
obs-8696 99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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