[日本語] English
万見
- PDB-4r2b: Crystal structure of sugar transporter Oant_3817 from Ochrobactru... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r2b
タイトルCrystal structure of sugar transporter Oant_3817 from Ochrobactrum anthropi, target EFI-510528, with bound glucose
要素Extracellular solute-binding protein family 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SUGAR TRANSPORTER / SBP-TYPE / ENZYME FUNCTION INITIATIVE (EFI) / STRUCTURAL GENOMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-glucopyranose / Extracellular solute-binding protein family 1
類似検索 - 構成要素
生物種Ochrobactrum anthropi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. ...Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Glucose Transporter Oant_3817 from Ochrobactrum Anthropi, Target EFI-510528
著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Scott Glenn, A. / Attonito, J.D. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Whalen, K.L. ...著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N. / Chamala, S. / Scott Glenn, A. / Attonito, J.D. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Siedel, R.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2014年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月26日Group: Structure summary
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Extracellular solute-binding protein family 1
B: Extracellular solute-binding protein family 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5314
ポリマ－86,1712
非ポリマー3602
水9,332518
1
A: Extracellular solute-binding protein family 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2662
ポリマ－43,0851
非ポリマー1801
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Extracellular solute-binding protein family 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2662
ポリマ－43,0851
非ポリマー1801
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.457, 61.374, 96.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.998487, -0.010578, -0.05396), (0.011131, 0.999888, 0.009962), (0.053849, -0.010547, 0.998493)11.18781, 1.28313, -48.41073

-
要素

#1: タンパク質 Extracellular solute-binding protein family 1


分子量: 43085.453 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-421 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ochrobactrum anthropi (バクテリア)
株: ATCC 49188 / DSM 6882 / NCTC 12168 / 遺伝子: Oant_3817 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6X5L9
#2: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 518 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.14 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: PROTEIN: 10 MM BIS-TRIS, 500 MM NACL, 5% GLYCEROL, 5 MM DTT, TEV PROTEASE (1:100 RATIO). RESERVOIR: 1.0 M LITHIUM CHLORIDE, 0.1 M SODIUM CITRATE:HCL, 20% PEG6000, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月31日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→50 Å / Num. obs: 57914 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 19.139 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rsym value: 0.133 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.87→1.9 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.98 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.98 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXモデル構築
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.87→36.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 3.173 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.032 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2307 1708 3 %RANDOM
Rwork0.17504 ---
obs0.17667 55794 99.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.937 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.95 Å20 Å2-10.61 Å2
2---14.73 Å2-0 Å2
3---1.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→36.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6036 0 24 518 6578
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0196200
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2011.9428400
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5795788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.6225.652276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.906151022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5051518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2902
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214736
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021370
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.3084.2353158
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.9086.0813157
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.1336.2353944
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.6559.0223945
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it15.8025.3943042
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other18.8157.343042
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other15.7510.2414457
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined14.53518.9167618
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other14.66318.7957405
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.919 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 120 -
Rwork0.314 3870 -
obs--93.2 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る