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- PDB-4r1c: Crystal Structure of 3D7 strain Plasmodium falciparum AMA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r1c
タイトルCrystal Structure of 3D7 strain Plasmodium falciparum AMA1
要素Apical membrane antigen 1, AMA1
キーワードCELL INVASION / PAN fold / erythrocyte invasion by merozoites / RON2 / Moving junction complex
機能・相同性
機能・相同性情報


apical complex / microneme / host cell surface binding / symbiont entry into host / membrane
類似検索 - 分子機能
Apical membrane antigen 1 domain superfamily / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Hepatocyte Growth Factor / Hepatocyte Growth Factor / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Apical membrane antigen 1
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lim, S.S. / Norton, R.S. / McGowan, S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Structure and Dynamics of Apical Membrane Antigen 1 from Plasmodium falciparum FVO.
著者: Lim, S.S. / Yang, W. / Krishnarjuna, B. / Kannan Sivaraman, K. / Chandrashekaran, I.R. / Kass, I. / MacRaild, C.A. / Devine, S.M. / Debono, C.O. / Anders, R.F. / Scanlon, M.J. / Scammells, P. ...著者: Lim, S.S. / Yang, W. / Krishnarjuna, B. / Kannan Sivaraman, K. / Chandrashekaran, I.R. / Kass, I. / MacRaild, C.A. / Devine, S.M. / Debono, C.O. / Anders, R.F. / Scanlon, M.J. / Scammells, P.J. / Norton, R.S. / McGowan, S.
履歴
登録2014年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apical membrane antigen 1, AMA1
B: Apical membrane antigen 1, AMA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,7202
ポリマ－76,7202
非ポリマー00
水5,459303
1
A: Apical membrane antigen 1, AMA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3601
ポリマ－38,3601
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Apical membrane antigen 1, AMA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3601
ポリマ－38,3601
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.529, 54.500, 67.955
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.42, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-585-

HOH

21B-602-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Apical membrane antigen 1, AMA1


分子量: 38360.047 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 104-438 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: AMA1, PF11_0344 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q7KQK5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 12-15 % (v/v) polyethylene glycol 3350, 0.02 M MES and 10 mM manganese chloride. Crystals were dehydrated overnight in reservoir solution with increased (35%) (v/v) polyethylene glycol 3350 ...詳細: 12-15 % (v/v) polyethylene glycol 3350, 0.02 M MES and 10 mM manganese chloride. Crystals were dehydrated overnight in reservoir solution with increased (35%) (v/v) polyethylene glycol 3350 before cryo-stabilisation in 38% (v/v) polyethylene glycol 3350, 0.088 M MES (pH 6.0) and 44 mM manganese chloride for 6-8 h prior to data collection. 5% (v/v) methanol was added to the stabilisation solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月6日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SILICON 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→41.2 Å / Num. obs: 38986 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1Z40

1z40


解像度: 2→40.863 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2473 1945 5 %5%
Rwork0.1934 ---
obs0.1961 38871 99.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40.863 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4249 0 0 303 4552
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084368
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0755919
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1561577
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045634
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005776
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.33421400.30952575X-RAY DIFFRACTION99
2.05-2.10550.31581430.27292613X-RAY DIFFRACTION99
2.1055-2.16740.28921340.2562628X-RAY DIFFRACTION100
2.1674-2.23740.29891370.24112616X-RAY DIFFRACTION100
2.2374-2.31730.28131350.22182608X-RAY DIFFRACTION99
2.3173-2.41010.36751330.21262639X-RAY DIFFRACTION100
2.4101-2.51980.25871410.21172651X-RAY DIFFRACTION100
2.5198-2.65260.25781290.21792612X-RAY DIFFRACTION100
2.6526-2.81870.26441230.20142652X-RAY DIFFRACTION100
2.8187-3.03630.26811410.19922640X-RAY DIFFRACTION100
3.0363-3.34170.21331510.18392637X-RAY DIFFRACTION100
3.3417-3.8250.22051500.1662641X-RAY DIFFRACTION100
3.825-4.81790.21611400.14932679X-RAY DIFFRACTION100
4.8179-40.8630.22831480.18882735X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 62.334 Å / Origin y: 1.8207 Å / Origin z: 40.2767 Å
111213212223313233
T0.1876 Å20.014 Å2-0.0147 Å2-0.278 Å20.0561 Å2--0.2504 Å2
L0.3906 °20.0128 °20.1369 °2-1.6221 °21.13 °2--1.6555 °2
S0.1156 Å °-0.0702 Å °-0.0514 Å °-0.0524 Å °-0.2494 Å °0.2121 Å °-0.0422 Å °-0.4076 Å °0.1235 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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