[日本語] English
万見
- PDB-4r18: Ligand-induced Lys33-Thr1 crosslinking at subunit beta5 of the ye... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r18
タイトルLigand-induced Lys33-Thr1 crosslinking at subunit beta5 of the yeast 20S proteasome
要素
  • (PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE- ...) x 7
  • (PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE- ...) x 7
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Proteasome / Drug Development / Binding Analysis / Umpolung / Crosslink / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / Ub-specific processing proteases / threonine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteasome complex / peroxisome / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. ...Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ALPHA-AMINOBUTYRIC ACID / Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 ...ALPHA-AMINOBUTYRIC ACID / Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit beta type-7 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit alpha type-4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Dubiella, C. / Cui, H. / Gersch, M. / Brouwer, A.J. / Sieber, S.A. / Krueger, A. / Liskamp, R. / Groll, M.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Selective inhibition of the immunoproteasome by ligand-induced crosslinking of the active site.
著者: Dubiella, C. / Cui, H. / Gersch, M. / Brouwer, A.J. / Sieber, S.A. / Kruger, A. / Liskamp, R.M. / Groll, M.
履歴
登録2014年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月5日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-2
B: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-3
C: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-4
D: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-5
E: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-6
F: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-7
G: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-1
H: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-2
I: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-3
J: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-4
K: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-5
L: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-6
M: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-7
N: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-1
O: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-2
P: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-3
Q: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-4
R: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-5
S: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-6
T: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-7
U: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-1
V: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-2
W: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-3
X: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-4
Y: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-5
Z: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-6
a: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-7
b: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)731,52441
ポリマ－731,05128
非ポリマー47413
水31,3461740
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area119390 Å2
ΔGint-456 kcal/mol
Surface area216330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.580, 300.820, 146.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.999758, 0.0006, 0.021988), (-0.004322, -0.985496, -0.169644), (0.021567, -0.169698, 0.98526)68.59579, -289.17142, -25.24635
詳細AU contains one biological assembly.

-
要素

-
PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE- ... , 7種, 14分子 AOBPCQDRESFTGU

#1: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-2 / MACROPAIN SUBUNIT Y7 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT Y7 / PROTEASOME COMPONENT Y7 / ...MACROPAIN SUBUNIT Y7 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT Y7 / PROTEASOME COMPONENT Y7 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT 7


分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288C / 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-3 / MACROPAIN SUBUNIT Y13 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT Y13 / PROTEASOME COMPONENT Y13 ...MACROPAIN SUBUNIT Y13 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT Y13 / PROTEASOME COMPONENT Y13 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT 13


分子量: 28748.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288C / 参照: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex
#3: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-4 / MACROPAIN SUBUNIT PRE6 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE6 / PROTEASOME COMPONENT ...MACROPAIN SUBUNIT PRE6 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE6 / PROTEASOME COMPONENT PRE6 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT PRE6


分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288C / 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex
#4: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-5 / MACROPAIN SUBUNIT PUP2 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PUP2 / PROTEASOME COMPONENT ...MACROPAIN SUBUNIT PUP2 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PUP2 / PROTEASOME COMPONENT PUP2 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT PUP2


分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288C / 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex
#5: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-6 / MACROPAIN SUBUNIT PRE5 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE5 / PROTEASOME COMPONENT ...MACROPAIN SUBUNIT PRE5 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE5 / PROTEASOME COMPONENT PRE5 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT PRE5


分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288C / 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex
#6: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-7 / MACROPAIN SUBUNIT C1 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT C1 / PROTEASOME COMPONENT C1 / ...MACROPAIN SUBUNIT C1 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT C1 / PROTEASOME COMPONENT C1 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT 1


分子量: 31575.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288C / 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex
#7: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-1 / MACROPAIN SUBUNIT C7-ALPHA / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX C7 / PROTEASOME COMPONENT C7- ...MACROPAIN SUBUNIT C7-ALPHA / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX C7 / PROTEASOME COMPONENT C7-ALPHA / PROTEASOME COMPONENT Y8 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT 7 / SCL1 SUPPRESSOR PROTEIN


分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288C / 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex

-
PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE- ... , 7種, 14分子 HVIWJXKYLZMaNb

#8: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-2 / MACROPAIN SUBUNIT PUP1 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PUP1 / PROTEASOME COMPONENT ...MACROPAIN SUBUNIT PUP1 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PUP1 / PROTEASOME COMPONENT PUP1 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT PUP1


分子量: 25114.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288C / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex
#9: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-3 / MACROPAIN SUBUNIT PUP3 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PUP3 / PROTEASOME COMPONENT PUP3


分子量: 22627.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288C / 参照: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex
#10: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-4 / MACROPAIN SUBUNIT C11 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT C11 / PROTEASOME COMPONENT C11 ...MACROPAIN SUBUNIT C11 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT C11 / PROTEASOME COMPONENT C11 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT 11


分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288C / 参照: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex
#11: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-5 / MACROPAIN SUBUNIT PRE2 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE2 / PROTEASOME COMPONENT ...MACROPAIN SUBUNIT PRE2 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE2 / PROTEASOME COMPONENT PRE2 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT PRE2


分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288C / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex
#12: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-6 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT C5 / PROTEASOME COMPONENT C5


分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288C / 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex
#13: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-7 / MACROPAIN SUBUNIT PRE4 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE4 / PROTEASOME COMPONENT ...MACROPAIN SUBUNIT PRE4 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE4 / PROTEASOME COMPONENT PRE4 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT PRE4


分子量: 27200.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288C / 参照: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex
#14: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-1 / MACROPAIN SUBUNIT PRE3 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE3 / PROTEASOME COMPONENT ...MACROPAIN SUBUNIT PRE3 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE3 / PROTEASOME COMPONENT PRE3 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT PRE3


分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288C / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex

-
非ポリマー , 3種, 1753分子

#15: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#16: 化合物 ChemComp-ABA / ALPHA-AMINOBUTYRIC ACID / (S)-2-アミノ酪酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 103.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2
#17: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1740 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

非ポリマーの詳細THE ACTIVE SITE NUCLEOPHILE THR1 IS MODIFIED IN CHAINS K AND Y BY FORMATION OF AN AZIRIDIN-RING. ...THE ACTIVE SITE NUCLEOPHILE THR1 IS MODIFIED IN CHAINS K AND Y BY FORMATION OF AN AZIRIDIN-RING. THIS REACTION IS INDUCED BY A PEPTIDIC SULFONYLFLUORIDE ACTING AS INHIBITOR BY INDUCING THE REACTION AT THE CATALYTIC SITE (CHAINS K AND Y ONLY). NEXT, THERE OCCURS AN INDUCED CROSSLINK (AFTER 24 H OF CRYSTAL INCUBATION), LYS33 OF CHAINS K AND Y, RESPECTIVELY, ATTACK THE AZIRIDIN FORMED AT THR1 HEREBY CAUSING RING OPENING AND ACTIVE SITE CROSSLINKING VIA FORMATION OF A SECONDARY AMINE TO FORM LIGAND ABA.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 20 MM MGAC2, 13% MPD, PH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月5日
放射モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT. SI(111) MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 408278 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
REFMAC精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RYP

1ryp


解像度: 2.4→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 13.583 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19486 20414 5 %RANDOM
Rwork0.17718 ---
all0.181 408277 --
obs0.17806 387863 96.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.41 Å2-0 Å2-0.67 Å2
2---4.79 Å2-0 Å2
3---1.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49352 0 23 1740 51115
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01950274
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0248046
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9761.96368006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7063110640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.80156314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.12124.4232252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.178158758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.17615284
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.27660
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0257108
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0211268
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5764.74925346
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5764.74925345
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8487.10931630
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8487.10931631
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.935.25524928
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9295.25524928
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.9567.67536376
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.61737.48555659
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.50437.43955246
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.47398320
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.2575785
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.08598386
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 1482 -
Rwork0.293 28155 -
obs--97.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1959-0.05140.08890.1387-0.04070.1612-0.00960.02280.01320.05470.0104-0.0358-0.0241-0.009-0.00080.0581-0.01320.0090.0455-0.02220.109666.6946-91.691146.3798
20.2118-0.0131-0.08320.16340.07850.3242-0.0076-0.01150.0152-0.0705-0.0017-0.013-0.05160.03870.00930.0664-0.02220.03570.04240.01240.09459.4592-87.440316.6291
30.20320.06370.08960.11820.01850.3508-0.02910.02510.0445-0.08770.02870.0125-0.05350.04570.00030.1094-0.008-0.00080.03620.03150.090332.1733-87.04381.2364
40.15280.0487-0.00790.26240.05640.2065-0.0126-0.02150.0348-0.06160.01070.1226-0.04440.00360.00190.06630.019-0.0380.02920.03310.1472.8169-89.950713.6904
50.07910.05410.08190.0720.01990.2296-0.0079-0.00540.0310.02460.00620.0888-0.0409-0.01830.00160.03490.03030.0450.04550.00530.1627-3.5861-94.361645.7581
60.06310.04090.05810.05830.03180.07190.0046-0.0230.02540.0556-0.0090.0388-0.0078-0.01840.00440.09550.01460.06580.0528-0.020.104914.7924-94.984170.0319
70.1078-0.01090.07820.1368-0.01720.1708-0.01180.02740.01230.0974-0.0001-0.0329-0.05-0.01140.01190.1251-0.00130.00930.0241-0.02120.074947.3265-93.285871.4347
80.02080.0121-0.00470.12440.02990.03590.02580.01120.0210.0426-0.0036-0.0623-0.0008-0.0047-0.02230.0580.0072-0.00760.0543-0.0150.108767.8929-129.098647.7254
90.107-0.0601-0.01090.47240.06320.2511-0.00410.02310.0252-0.00630.0187-0.0732-0.0106-0.0028-0.01460.027-0.00180.03520.0548-0.01250.100468.4749-126.777521.2019
100.12940.06690.05860.31360.0480.10160.00150.00370.0212-0.0880.00940.0162-0.0153-0.0049-0.01090.0945-0.00010.02590.05190.00320.060844.8463-126.2536-0.469
110.02880.08530.00190.29040.0170.1659-0.0079-0.00150.0147-0.07340.01970.0868-0.0070.0189-0.01180.07490.0088-0.04980.03910.02360.104311.0319-130.75492.5704
120.0719-0.04380.08860.21220.03910.2230.0326-0.0022-0.0002-0.0211-0.0080.09480.0273-0.0024-0.02460.02220.002200.04880.01420.1577-4.4836-134.478628.4289
130.0844-0.05050.0730.42120.02730.08560.0178-0.0030.01010.0871-0.01070.04920.01960.0001-0.00710.0547-0.00170.04860.05310.00340.09547.6957-137.890160.3881
140.20330.0067-0.06810.36660.0490.03790.01530.00640.00690.0934-0.0029-0.0040.0070.0007-0.01250.1037-0.00170.00970.0459-0.00950.054539.724-133.846270.9605
150.3322-0.0573-0.12480.1420.07780.1813-0.02080.03040.00380.0347-0.0010.04350.0711-0.01470.02190.0966-0.038-0.01870.02160.02040.11332.5912-206.774337.0281
160.1915-0.01330.04040.09210.02250.20450.0048-0.0041-0.0051-0.045-0.01920.01240.0344-0.03640.01440.1031-0.0192-0.04420.0277-0.01450.09799.2401-205.76456.8523
170.12980.0109-0.02340.2640.00520.17780.03490.0014-0.0329-0.1750.00290.07990.05570.0018-0.03790.19990.0018-0.06140.0191-0.02520.090236.6549-203.7797-8.9221
180.0843-0.01560.05040.3346-0.00090.14040.0019-0.04060.0246-0.1208-0.0001-0.07950.06140.0096-0.00180.12070.03260.03990.0394-0.02840.091266.0578-202.9633.6031
190.05970.0722-0.02980.1509-0.03720.18870.02310.0244-0.04210.04610.0458-0.09420.08320.0496-0.06890.08930.0637-0.05110.047-0.04270.13872.935-203.976535.7456
200.18620.1460.01920.11950.02960.17120.0548-0.0337-0.07570.0704-0.02-0.06760.07230.0084-0.03480.16280.0256-0.08340.02740.0240.107254.8228-207.546759.9717
210.0515-0.02-0.03440.191-0.09340.1757-0.01990.01440.00750.06650.01930.02270.0498-0.00350.00060.1513-0.0042-0.0160.01730.02270.074122.3299-209.678561.5123
220.0460.0075-0.0230.1209-0.00270.05330.0238-0.013-0.00290.0179-0.00750.09860.0348-0.0013-0.01630.0719-0.00690.00260.03080.02760.12531.5402-170.185144.7366
230.08580.04750.01290.3566-0.0210.1112-0.00470.01010.0026-0.04030.00880.08250.03890.0141-0.00410.0432-0.0118-0.04160.03660.01010.12240.5922-167.936918.1605
240.12510.0192-0.00750.40470.03430.02950.0159-0.0062-0.009-0.091-0.00060.0182-0.0010.0193-0.01530.10950.0015-0.03540.0389-0.00030.069323.9077-164.7334-3.6648
250.06540.07950.0430.4115-0.04080.06710.0087-0.0089-0.0056-0.08140.0097-0.02320.02410.0093-0.01840.08410.01120.0470.0554-0.02240.07457.7555-160.8015-0.3638
260.03180.01260.00530.18970.01290.03520.01740.00060.0008-0.01650.0223-0.07150.01270.0247-0.03970.02460.01560.01340.0467-0.02070.097336.076-145.67633.106
270.1394-0.0107-0.00740.40440.09680.05660.0175-0.0013-0.02010.0940.0072-0.04520.0276-0.0039-0.02470.08060.0139-0.03570.0433-0.00450.087461.9071-163.610757.7566
280.1552-0.03140.0820.2991-0.05190.06170.02210.00340.00010.0687-0.01120.00520.02380.0035-0.01090.1117-0.0040.0040.0410.01170.058230.0417-169.449468.0106
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 250
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 244
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 240
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 242
5X-RAY DIFFRACTION5E3 - 233
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 244
7X-RAY DIFFRACTION7G2 - 242
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 226
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 204
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 195
11X-RAY DIFFRACTION11K2 - 212
12X-RAY DIFFRACTION12L1 - 222
13X-RAY DIFFRACTION13M1 - 233
14X-RAY DIFFRACTION14N1 - 196
15X-RAY DIFFRACTION15O1 - 250
16X-RAY DIFFRACTION16P1 - 244
17X-RAY DIFFRACTION17Q1 - 240
18X-RAY DIFFRACTION18R1 - 242
19X-RAY DIFFRACTION19S3 - 233
20X-RAY DIFFRACTION20T2 - 244
21X-RAY DIFFRACTION21U2 - 242
22X-RAY DIFFRACTION22V1 - 226
23X-RAY DIFFRACTION23W1 - 204
24X-RAY DIFFRACTION24X1 - 195
25X-RAY DIFFRACTION25Y2 - 212
26X-RAY DIFFRACTION26A301 - 379
27X-RAY DIFFRACTION26B301 - 362
28X-RAY DIFFRACTION26C301 - 348
29X-RAY DIFFRACTION26D301 - 356
30X-RAY DIFFRACTION26E301 - 318
31X-RAY DIFFRACTION26F301 - 367
32X-RAY DIFFRACTION26G401 - 483
33X-RAY DIFFRACTION26H401 - 466
34X-RAY DIFFRACTION26I401 - 473
35X-RAY DIFFRACTION26J301 - 385
36X-RAY DIFFRACTION26K401 - 477
37X-RAY DIFFRACTION26L301 - 369
38X-RAY DIFFRACTION26M301 - 381
39X-RAY DIFFRACTION26N301 - 361
40X-RAY DIFFRACTION26O301 - 342
41X-RAY DIFFRACTION26P301 - 352
42X-RAY DIFFRACTION26Q301 - 331
43X-RAY DIFFRACTION26R301 - 350
44X-RAY DIFFRACTION26S301 - 324
45X-RAY DIFFRACTION26T301 - 362
46X-RAY DIFFRACTION26U301 - 362
47X-RAY DIFFRACTION26V401 - 458
48X-RAY DIFFRACTION26W301 - 368
49X-RAY DIFFRACTION26X201 - 266
50X-RAY DIFFRACTION26Y401 - 469
51X-RAY DIFFRACTION26Z401 - 481
52X-RAY DIFFRACTION26a301 - 384
53X-RAY DIFFRACTION26b201 - 266
54X-RAY DIFFRACTION27a1 - 233
55X-RAY DIFFRACTION28b1 - 196

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る