+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4r0g | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Lpg0393 from Legionella pneumophila | ||||||
![]() | Uncharacterized protein | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / Vps9 / GEF | ||||||
機能・相同性 | Lpg0393, helical bundle domain / Helical bundle domain / HBD domain-containing protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sohn, Y.S. / Shin, H.C. / Oh, B.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Lpg0393 of Legionella pneumophila Is a Guanine-Nucleotide Exchange Factor for Rab5, Rab21 and Rab22 著者: Sohn, Y.S. / Shin, H.C. / Park, W.S. / Ge, J. / Kim, C.H. / Lee, B.L. / Heo, W.D. / Jung, J.U. / Rigden, D.J. / Oh, B.H. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 203.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 166.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 432.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 449.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL ASSEMBLY: UNKNOWN |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33457.371 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: lpg0393 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.93 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 8% PEG 8000, 0.1M HEPES, 8% ethylene glycol, 13% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 61472 / Num. obs: 43800 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.1 % / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 24.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.7 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 170.96 Å2 / Biso mean: 79.96 Å2 / Biso min: 30.24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→34.039 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
|