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- PDB-4qyi: 1.95 Angstrom resolution crystal structure of a hypoxanthine-guan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qyi
タイトル1.95 Angstrom resolution crystal structure of a hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase (hpt-2) from Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' with HEPES molecule in the active site
要素(Hypoxanthine ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / Hypoxanthine-Guanine Phosphoribosyltransferase / Salvage of nucleosides and nucleotides / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / Glycosyltransferase / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / nucleotide binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hypoxanthine phosphoribosyl transferase / : / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Hypoxanthine phosphoribosyltransferase / Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Shuvalova, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.95 Angstrom resolution crystal structure of a hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase (hpt-2) from Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' with HEPES molecule in the active site
著者: Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Shuvalova, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2014年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
B: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
C: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
D: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
E: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,72626
ポリマ－105,9415
非ポリマー1,78621
水6,666370
1
A: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
D: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7598
ポリマ－42,3312
非ポリマー4286
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area15630 Å2
手法PISA
2
B: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
C: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,17010
ポリマ－42,4072
非ポリマー7648
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area15090 Å2
手法PISA
3
E: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子

E: Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,59316
ポリマ－42,4072
非ポリマー1,18714
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_456-x-1,y,-z+11
Buried area5450 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area14930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)172.779, 117.009, 56.883
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.96, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-345-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15B
25C
16B
26D
17B
27E
18C
28D
19C
29E
110D
210E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUAA4 - 1727 - 175
21GLUGLUBB4 - 1727 - 175
12GLUGLUAA4 - 1727 - 175
22GLUGLUCC4 - 1727 - 175
13GLUGLUAA4 - 1737 - 176
23GLUGLUDD4 - 1737 - 176
14GLUGLUAA4 - 1737 - 176
24GLUGLUEE4 - 1737 - 176
15ILEILEBB3 - 1736 - 176
25ILEILECC3 - 1736 - 176
16ILEILEBB3 - 1736 - 176
26ILEILEDD3 - 1736 - 176
17ILEILEBB3 - 1736 - 176
27ILEILEEE3 - 1736 - 176
18ILEILECC3 - 1736 - 176
28ILEILEDD3 - 1736 - 176
19ILEILECC3 - 1736 - 176
29ILEILEEE3 - 1736 - 176
110ILEILEDD3 - 1736 - 176
210ILEILEEE3 - 1736 - 176

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

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要素

-
Hypoxanthine ... , 2種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 Hypoxanthine phosphoribosyltransferase


分子量: 21127.225 Da / 分子数: 1 / 断片: hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames Ancestor / 遺伝子: BAS4712, BA_5074, GBAA_5074, hpt-2, hpt2 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic
参照: UniProt: Q81KC7, UniProt: A0A6L8PVA4*PLUS, hypoxanthine phosphoribosyltransferase
#2: タンパク質
Hypoxanthine phosphoribosyltransferase


分子量: 21203.342 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames Ancestor / 遺伝子: BAS4712, BA_5074, GBAA_5074, hpt-2, hpt2 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: Q81KC7, UniProt: A0A6L8PVA4*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 391分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THE ASYMMETRIC UNIT WOULD CONTAIN 6 MOLECULES FROM WHICH ONE CHAIN (F) WAS NOT MODELED DUE TO HUGE ...THE ASYMMETRIC UNIT WOULD CONTAIN 6 MOLECULES FROM WHICH ONE CHAIN (F) WAS NOT MODELED DUE TO HUGE DISORDER. THIS MISSING CHAIN WAS NOT SPECIFIED UNDER REMARK 465 FOR MISSING RESIDUES EITHER.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.42 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: protein: 7 mg/mL in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 500 mM NaCl, 5 mM BME crystallization: The PACT Suite C10 (#34): 0.2 M MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7.0, 20% (w/v) PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月29日 / 詳細: Be lenses
放射モノクロメーター: Diamond[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 81640 / Num. obs: 81640 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 3512 / % possible all: 85.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3O7M

3o7m


解像度: 1.95→27.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 8.896 / SU ML: 0.126 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25243 4060 5 %RANDOM
Rwork0.22135 ---
obs0.22288 76977 98.53 %-
all-76977 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.655 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.81 Å20 Å2-3.35 Å2
2--1.96 Å2-0 Å2
3---2.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→27.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6803 0 100 370 7273
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0197245
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.027176
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8031.9899803
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.145316615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.6715896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.82925.466322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.672151369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.6661526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.21147
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027989
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021513
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A104220.12
12B104220.12
21A105320.11
22C105320.11
31A102350.12
32D102350.12
41A102040.12
42E102040.12
51B107450.1
52C107450.1
61B104360.11
62D104360.11
71B104020.11
72E104020.11
81C107000.1
82D107000.1
91C108210.1
92E108210.1
101D101420.12
102E101420.12
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 261 -
Rwork0.294 5043 -
obs-5043 87.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8715-0.5534-2.34151.31381.14898.8221-0.04510.54230.0206-0.2779-0.11020.58210.2139-0.43250.15520.49470.1987-0.07060.53440.06970.5191-61.986121.2682.7395
21.5154-1.1680.01262.65150.45862.3240.19160.26860.1399-0.2219-0.06380.239-0.05010.0009-0.12780.42490.20790.0320.48270.08110.3757-51.187122.78968.8635
33.72758.3277-1.436721.23741.759110.048-0.19720.369-0.2454-0.30490.5004-0.63770.4927-0.5843-0.30320.64910.1908-0.08810.6611-0.17950.6889-41.5828-0.34116.9453
41.9331-1.4467-0.36392.51830.85951.7950.1730.1693-0.024-0.16490.08440.33090.0313-0.1416-0.25740.38830.1690.05480.44590.05630.2679-46.903916.631414.8468
51.36561.90334.43072.91836.637415.24930.0252-0.0693-0.1440.0104-0.14960.20510.1166-0.40760.12440.59250.1463-0.06120.61980.07560.8429-49.96157.216712.9585
63.8773-0.03562.64671.92611.13826.32370.28630.104-0.558-0.1297-0.03050.46770.2368-0.4232-0.25580.38820.1420.00090.47970.05290.4995-55.26811.370512.1329
73.58940.1768-1.82253.1707-0.02812.89640.07670.6914-0.6989-0.5084-0.15150.23650.4697-0.13650.07490.65460.2227-0.10550.701-0.0320.4895-53.99112.53-3.0311
84.21631.35921.040611.7975.04445.04360.1038-0.3242-0.01520.16460.0259-0.2426-0.14160.1161-0.12970.27540.00280.09580.1890.02880.0459-11.98577.32735.8311
92.5916-0.99820.90132.2241-0.36661.14820.29990.1594-0.4596-0.136-0.10910.27990.1073-0.1359-0.19090.30320.0630.0650.2135-0.04110.1505-21.8898-2.919522.7852
1013.4691-9.0988-6.28638.08172.03185.5112-0.1121-0.71830.83070.35220.5678-0.4635-0.34640.1656-0.45570.34690.13350.04580.4157-0.12770.2076-34.760816.012824.34
112.3102-0.47430.18790.3151-0.64281.89990.0723-0.2163-0.1320.01420.06020.1163-0.197-0.2977-0.13250.39990.12320.06940.3992-0.04630.2332-33.36716.909223.3313
124.9217-0.3451.61881.00470.40462.9501-0.0041-0.4426-0.10970.04470.05940.443-0.1924-0.4891-0.05530.35020.06680.12840.36810.05450.2472-32.34662.977131.1133
137.0281-1.72821.67774.4151-0.82092.9068-0.0606-0.46880.63210.23370.07480.2169-0.4299-0.3364-0.01410.45980.06140.16310.2902-0.05220.1435-15.852515.932732.6957
146.07511.61010.582613.66847.859810.89310.25770.6242-0.6481-0.9029-0.36150.57710.1845-0.53060.10380.44640.1702-0.00790.3534-0.12710.2094-9.862-7.84687.3993
153.60837.2904-0.186419.26241.9581.40410.25880.0574-0.07420.4633-0.0893-0.3271-0.13760.184-0.16950.32590.0190.12510.508-0.04880.0871-1.17535.514117.2448
161.9644-0.2691.10971.4948-0.35421.39560.0560.36270.2045-0.0953-0.12440.0209-0.17590.04450.06840.41550.10380.16740.35620.02790.0976-14.430516.494912.2077
173.8066-2.7050.45922.27210.68623.7616-0.08460.74530.5041-0.0897-0.3349-0.2642-0.59890.21530.41950.57120.04240.17120.49970.12510.2459-14.308225.23656.8489
183.79330.58724.07521.1559-0.34387.64790.07991.42340.0122-0.3531-0.1548-0.06920.09471.1540.0750.62920.29440.25251.05010.06190.1183-6.57319.90092.1184
193.6462-2.39850.91453.0645-1.79084.88770.43280.7808-0.5593-0.5807-0.28730.56080.5725-0.097-0.14550.50210.15320.01320.4389-0.13790.2313-15.4075-3.33718.732
206.304-4.8273.66436.6414.411925.0302-0.2176-0.40420.92090.3546-0.1513-0.0877-0.911-0.13970.36890.9285-0.07210.26660.9303-0.19911.1792-53.487643.67112.9776
215.4325-1.9961-6.41792.2035.108713.18250.13310.63120.5006-0.3823-0.0290.2528-0.4643-0.3219-0.10410.77830.2344-0.07690.65720.31090.5566-47.475138.0703-9.089
224.12060.1603-2.50931.84540.29611.66080.03380.66630.3583-0.4060.03060.2698-0.0348-0.2816-0.06440.59890.24450.04070.63560.19840.2946-43.101228.6975-1.5465
236.812-0.85812.65392.7669-2.10484.4187-0.0039-0.11710.6234-0.17630.06160.0102-0.2847-0.8168-0.05770.51220.28520.11860.42660.0330.3231-36.847628.78422.1754
243.1752-0.31030.32480.5474-0.5730.8815-0.07930.43050.7103-0.07990.08-0.0678-0.2876-0.0858-0.00070.6330.18770.10850.4550.13870.3116-31.375931.29470.8792
258.85353.38835.96929.61170.81454.3106-0.19120.00151.00610.0435-0.4501-0.3277-0.20890.00310.64130.95430.19030.0940.7450.31150.8919-35.814544.71332.4944
269.8004-1.03552.08143.6931-1.79925.95640.1631-0.4160.89080.3596-0.05810.1805-0.58140.1038-0.10490.60170.16150.05430.44660.03640.5663-49.565237.545513.346
2711.43822.67961.5014.81490.18763.03410.1868-0.4450.06410.0217-0.11840.57750.1347-0.3207-0.06840.239-0.03940.01980.12170.03790.2254-102.83942.162435.1314
2813.0502-5.2853.63115.5589-0.42891.98190.1722-0.046-0.12020.1653-0.2005-0.09880.07170.08790.02840.2833-0.0891-0.00780.14540.11360.2031-79.289241.932842.0944
293.2956-0.79310.96161.5919-0.51321.73990.3914-0.1847-0.87130.1046-0.14050.08950.4440.0087-0.25090.4261-0.0616-0.11320.13390.08830.46-83.822727.223237.2934
3010.3928-9.4911-2.310910.40663.59151.77710.5401-0.3352-0.31320.1678-0.1237-0.26230.4257-0.2789-0.41640.643-0.1781-0.08330.43940.31080.7701-87.251821.2646.4886
314.5714-1.3913-0.75313.89810.2811.99320.1119-0.2992-0.57520.3618-0.1243-0.10430.34950.03940.01230.4701-0.1063-0.0840.22120.17150.3555-82.524727.80245.3823
323.48660.78790.23641.45720.21482.45860.4082-0.5397-0.60510.3295-0.21730.24590.3524-0.4811-0.19090.3998-0.15610.0070.22220.11430.3894-98.477234.160840.5518
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 35
2X-RAY DIFFRACTION2A36 - 68
3X-RAY DIFFRACTION3A69 - 78
4X-RAY DIFFRACTION4A79 - 100
5X-RAY DIFFRACTION5A101 - 115
6X-RAY DIFFRACTION6A116 - 133
7X-RAY DIFFRACTION7A134 - 173
8X-RAY DIFFRACTION8B3 - 20
9X-RAY DIFFRACTION9B21 - 62
10X-RAY DIFFRACTION10B63 - 73
11X-RAY DIFFRACTION11B74 - 106
12X-RAY DIFFRACTION12B107 - 149
13X-RAY DIFFRACTION13B150 - 173
14X-RAY DIFFRACTION14C3 - 12
15X-RAY DIFFRACTION15C13 - 24
16X-RAY DIFFRACTION16C25 - 106
17X-RAY DIFFRACTION17C107 - 123
18X-RAY DIFFRACTION18C124 - 150
19X-RAY DIFFRACTION19C151 - 173
20X-RAY DIFFRACTION20D3 - 12
21X-RAY DIFFRACTION21D13 - 32
22X-RAY DIFFRACTION22D33 - 53
23X-RAY DIFFRACTION23D54 - 74
24X-RAY DIFFRACTION24D75 - 130
25X-RAY DIFFRACTION25D131 - 148
26X-RAY DIFFRACTION26D151 - 173
27X-RAY DIFFRACTION27E2 - 15
28X-RAY DIFFRACTION28E16 - 34
29X-RAY DIFFRACTION29E35 - 101
30X-RAY DIFFRACTION30E102 - 115
31X-RAY DIFFRACTION31E116 - 130
32X-RAY DIFFRACTION32E131 - 174

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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