[日本語] English
万見
- PDB-4qyb: 2.1 Angstrom resolution crystal structure of uncharacterized prot... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qyb
タイトル2.1 Angstrom resolution crystal structure of uncharacterized protein, disulfide-bridged dimer, from Burkholderia cenocepacia J2315
要素Uncharacterized protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-BIOLOGY / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG
機能・相同性NinX, bacteriophage P22 / Bacteriophage P22, NinX / DUF2591 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Burkholderia cenocepacia J2315 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Filippova, E.V. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Jedrzejczak, R. / Shuvalova, L. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 2.1 Angstrom resolution crystal structure of uncharacterized protein, disulfide-bridged dimer, from Burkholderia cenocepacia J2315
著者: Halavaty, A.S. / Filippova, E.V. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Jedrzejczak, R. / Shuvalova, L. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2014年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9272
ポリマ－26,9272
非ポリマー00
水1,40578
1
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein

A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8544
ポリマ－53,8544
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area5230 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area21830 Å2
手法PISA
2
A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9272
ポリマ－26,9272
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area11810 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area880 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area12650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.945, 85.634, 93.669
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 0 - 118 / Label seq-ID: 7 - 125

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 13463.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia J2315 (バクテリア)
株: J2315 / 遺伝子: BCAM1129 / プラスミド: pMCSG87 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: B4EGA9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.38 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: protein - 9.6 mg/mL in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 250 mM NaCl, 5 mM BME, crystallization - The Classics II Suite C4 (28): 560 mM Sodium citrate pH 7.0, cryo - 25% (v/v) sucrose, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: protein - 9.6 mg/mL in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 250 mM NaCl, 5 mM BME, crystallization - The Classics II Suite C4 (28): 560 mM Sodium citrate pH 7.0, cryo - 25% (v/v) sucrose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月21日 / 詳細: Be lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 14651 / Num. obs: 14651 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 40.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 49.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 746 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PUP

4pup


解像度: 2.1→28.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 16.235 / SU ML: 0.192 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25648 717 5 %RANDOM
Rwork0.21094 ---
obs0.21315 13578 92.1 %-
all-13578 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.647 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.78 Å2-0 Å20 Å2
2--5.23 Å20 Å2
3----6.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1727 0 0 78 1805
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191788
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021626
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5691.952439
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97733734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.565230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.58622.12580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.60815230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.5931519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2259
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212079
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02426
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5727 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.158 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 47 -
Rwork0.228 969 -
obs-969 90.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
126.8228-5.868-10.67851.6232-0.004520.67630.5640.08521.5843-0.0892-0.1663-0.3502-0.38251.1436-0.39780.1823-0.05480.04580.16950.0850.252.6659-26.737-20.2311
23.1671-1.1665-0.90753.4234-0.26694.86460.030.27640.2945-0.1615-0.0612-0.01-0.55820.05660.03120.2895-0.0226-0.00240.0480.04040.3472-8.4156-16.0657-16.4937
31.6617-0.10580.23042.1786-0.71393.2787-0.1084-0.05640.1838-0.17060.10050.0589-0.2978-0.14080.00790.14940.0157-0.01170.054-0.00630.3137-13.4689-25.3748-6.7193
42.641-0.1776-0.24861.0447-1.7554.7039-0.02640.1189-0.1065-0.2552-0.0202-0.1552-0.20620.01360.04660.3511-0.0070.03850.07280.00310.3808-8.493-29.7192-13.0003
56.0648-2.07950.67735.19321.25718.31540.15160.0357-0.1912-0.3167-0.0260.04420.8383-0.5133-0.12560.2746-0.1496-0.01980.10650.01690.3418-26.4915-63.7865-15.4739
61.27811.67070.73884.2713-1.07743.3591-0.08140.0552-0.1615-0.63020.208-0.20990.83720.0278-0.12660.4022-0.06190.00210.0798-0.04150.3593-18.178-67.5651-9.1995
70.93820.8019-3.20181.9938-2.402311.08460.0969-0.02580.0557-0.08340.00550.0947-0.3884-0.0096-0.10250.06610.0167-0.01630.1944-0.01950.2709-17.624-48.7826-4.7751
80.7882-0.34520.18522.88461.98974.88760.0256-0.07080.1215-0.4273-0.07630.13420.2483-0.34610.05070.1706-0.0299-0.05660.09380.00960.3122-23.1898-55.6265-11.2246
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 3
2X-RAY DIFFRACTION2A4 - 37
3X-RAY DIFFRACTION3A38 - 80
4X-RAY DIFFRACTION4A86 - 118
5X-RAY DIFFRACTION5B0 - 25
6X-RAY DIFFRACTION6B26 - 66
7X-RAY DIFFRACTION7B67 - 87
8X-RAY DIFFRACTION8B88 - 118

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る