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- PDB-4qya: Crystal structure of human transthyretin variant V30M in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qya
タイトルCrystal structure of human transthyretin variant V30M in complex with luteolin
要素Transthyretin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / AMYLOID FIBRILS / Vitamin A / Retinol-binding Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport ...Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family ...Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LU2 / Transthyretin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / MOLREP / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Begum, A. / Olofsson, A. / Sauer-Eriksson, A.E.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: The flavonoid luteolin, but not luteolin-7-o-glucoside, prevents a transthyretin mediated toxic response.
著者: Iakovleva, I. / Begum, A. / Pokrzywa, M. / Walfridsson, M. / Sauer-Eriksson, A.E. / Olofsson, A.
履歴
登録2014年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2145
ポリマ－27,6192
非ポリマー5953
水4,828268
1
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子

A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,42910
ポリマ－55,2384
非ポリマー1,1916
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
Buried area6410 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area19980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.894, 85.854, 63.685
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

LU2

21A-201-

LU2

31A-201-

LU2

41A-201-

LU2

51A-201-

LU2

61A-201-

LU2

71B-201-

LU2

81B-201-

LU2

91B-201-

LU2

101B-201-

LU2

111B-201-

LU2

121B-201-

LU2

131A-376-

HOH

141B-364-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA


分子量: 13809.426 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-147 / 変異: V30M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物 ChemComp-LU2 / 2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-dihydroxy-4H-chromen-4-one / Luteolin / ルテオリン


分子量: 286.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10O6
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: V30M-TTR CONCENTRATION WAS 5 MG/ML IN 10 MM SODIUMPHOSPHATE, PH 7.6, 100 MM POTASSIUMCLORIDE. V30M-TTR WAS CO-CRYSTALLIZED AT ROOM TEMPERATURE WITH 5 MOLAR EXCESS OF LUTEOLIN IN 3.5% V/V ...詳細: V30M-TTR CONCENTRATION WAS 5 MG/ML IN 10 MM SODIUMPHOSPHATE, PH 7.6, 100 MM POTASSIUMCLORIDE. V30M-TTR WAS CO-CRYSTALLIZED AT ROOM TEMPERATURE WITH 5 MOLAR EXCESS OF LUTEOLIN IN 3.5% V/V GLYCEROL AND 1.3-1.6 M SODIUM CITRATE AT PH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月17日
放射モノクロメーター: Triode electrostatic focusing / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→24 Å / Num. obs: 26524 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2.5 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 43.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: MOLREP / 解像度: 1.7→23.806 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1975 1338 5.05 %
Rwork0.1625 --
obs0.1643 26481 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→23.806 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1794 0 43 268 2105
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072001
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1022757
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.765715
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074302
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007356
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.760.23831090.21062388X-RAY DIFFRACTION96
1.76-1.83050.24481380.18752492X-RAY DIFFRACTION100
1.8305-1.91380.21241230.17312475X-RAY DIFFRACTION100
1.9138-2.01460.24211320.16422501X-RAY DIFFRACTION100
2.0146-2.14080.20661230.16262523X-RAY DIFFRACTION100
2.1408-2.30590.18061320.15332482X-RAY DIFFRACTION100
2.3059-2.53770.21721530.16912520X-RAY DIFFRACTION100
2.5377-2.90440.20561560.16862511X-RAY DIFFRACTION100
2.9044-3.65710.17141340.15122558X-RAY DIFFRACTION100
3.6571-23.80830.17851380.15392693X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.0657-4.1964.10273.7421-2.90933.3019-0.2553-0.72690.14870.14790.1438-0.1433-0.1157-0.18260.10250.13030.0225-0.02320.138-0.00620.1181-22.1323-8.0924-1.6656
20.252-0.5707-0.08742.5517-0.96781.09030.0584-0.0639-0.07010.1352-0.00520.39570.0567-0.0297-0.07770.11940.01250.01380.0873-0.00660.1532-33.4553-4.2713-5.3248
34.2543-1.97210.33383.08510.31681.09240.18180.0269-0.1127-0.28040.0229-0.24940.16360.1303-0.07170.15470.01380.01290.0907-0.00550.1662-16.7316-24.3437-7.8981
40.7379-0.5475-0.94042.84350.93222.9934-0.25350.0197-0.56990.09590.01850.23150.25060.00260.13770.1269-0.0050.00830.0890.03110.1635-20.2121-23.4824-4.0317
52.2559-0.9150.58361.1549-0.4830.746-0.1207-0.1814-0.07260.15910.04610.0097-0.0510.07970.05420.11860.0098-0.00440.08910.02040.1002-18.6185-15.9191-0.2347
62.8112-0.5244-1.34451.94990.85211.54420.08310.5263-0.56070.3586-0.79840.49340.3505-1.253-0.4169-0.036-0.2851-0.23620.1234-0.3853-0.1898-35.5723-12.0852-11.4091
72.77930.1030.14713.0729-1.87272.0337-0.118-0.52310.15-0.3057-0.2245-0.01210.139-0.56430.0440.11570.0256-0.04180.1784-0.04830.1222-31.6934-13.3276-17.1776
84.8565-2.98122.40332.6569-1.85052.73160.00040.2888-0.2679-0.04940.1242-0.00470.2226-0.2498-0.12380.1520.0016-0.02590.11740.02860.0746-15.0649-15.2397-10.2644
98.6240.43791.31378.85651.29942.5944-0.0860.47380.0860.08280.6844-0.85830.09310.5370.02150.1993-0.0113-0.07360.22910.0540.2456-3.9663-13.5396-1.0759
103.45-1.14071.86671.0587-0.63830.9553-0.0503-0.2246-0.06820.0430.0359-0.0801-0.0985-0.03950.07520.12250.0125-0.0360.1090.00810.0862-19.4712-7.0496-5.6122
115.02690.29762.9321.29080.42562.4065-0.0835-0.34090.18370.1478-0.0954-0.1413-0.0067-0.20120.0620.12350.0044-0.04210.1106-0.00160.091-18.5398-5.914-9.4483
124.69283.79343.59854.08472.9932.786-0.27340.54920.2331-0.38250.07020.3386-0.24240.07820.09080.10360.0001-0.0310.1418-0.040.1137-19.4775-7.9026-30.214
130.1671-0.2057-0.33961.85770.92140.97360.07470.0222-0.059-0.1751-0.0387-0.3321-0.06870.0103-0.10610.1186-0.00810.02120.12590.00060.1434-8.5896-3.2002-26.9671
144.6713.6315-1.4316.2091-2.06472.5472-0.0423-0.1627-0.28380.20110.09580.22550.3113-0.0696-0.0130.16580.00150.02920.1149-0.00550.2022-21.7785-24.6525-23.855
152.05430.6673-0.12322.32310.02222.0871-0.13630.1237-0.1213-0.170.0223-0.1379-0.112-0.01690.08720.1050.01290.00340.1272-0.01360.1089-15.7244-14.5692-31.6747
162.63121.41150.20141.98770.71310.91430.01480.0018-0.27690.03480.0121-0.09280.0765-0.1246-0.00030.1014-0.0007-0.0110.1055-0.04060.1433-24.7932-19.4878-29.6614
173.8864-0.4276-0.49252.07610.9912.68090.19-0.0349-0.15450.0696-0.1397-0.69240.14250.50180.03630.07060.0123-0.05010.0940.0180.2006-5.25-8.9165-20.4342
182.16510.5096-1.73461.4081-0.22122.4042-0.19560.1930.38570.47740.0625-0.34150.08760.0763-0.01350.1632-0.0266-0.09120.119-0.00260.2105-7.8844-10.2218-14.1825
194.94692.27610.7942.25650.76391.7697-0.0666-0.1778-0.1997-0.10520.0647-0.1039-0.1669-0.01920.00280.1139-0.0181-0.01640.1213-0.02830.1119-24.9112-16.0103-21.5637
204.4468-0.12140.0577.90621.37283.4043-0.086-0.15220.5326-0.33850.25280.5933-0.3691-0.39610.08950.20390.0225-0.11490.4435-0.1490.4435-36.9643-13.7847-31.3275
213.79971.25692.3451.50921.22782.0365-0.06450.0919-0.0323-0.2259-0.05720.12-0.1395-0.25470.0820.122-0.013-0.02650.1253-0.01540.0875-22.2871-6.9874-26.2872
225.45780.33932.96581.81190.67583.0424-0.13840.3110.0218-0.33-0.12320.0733-0.19210.07440.00030.12120.0291-0.06890.1076-0.00910.0762-22.5532-5.6965-22.0652
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 18 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 19 through 28 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 29 through 40 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 41 through 48 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 49 through 74 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 75 through 82 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 83 through 90 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 91 through 97 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 98 through 103 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 104 through 112 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 113 through 125 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 10 through 18 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 19 through 28 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 29 through 40 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 41 through 58 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 59 through 74 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 75 through 82 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 83 through 90 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 91 through 97 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 98 through 103 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 104 through 112 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 113 through 125 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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