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- PDB-4qwo: 1.52 Angstrom Crystal Structure of A42R Profilin-like Protein fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qwo
タイトル1.52 Angstrom Crystal Structure of A42R Profilin-like Protein from Monkeypox Virus Zaire-96-I-16
要素Profilin
キーワードVIRAL PROTEIN / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / A42R / profilin-like
機能・相同性
機能・相同性情報


Profilin conserved site / Profilin signature. / Profilin / Profilin / : / Profilin / Profilin superfamily / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Profilin
類似検索 - 構成要素
生物種Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2022
タイトル: Structure of the Monkeypox virus profilin-like protein A42R reveals potential functional differences from cellular profilins.
著者: Minasov, G. / Inniss, N.L. / Shuvalova, L. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F.
履歴
登録2014年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22022年10月12日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Profilin
B: Profilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6427
ポリマ－36,0062
非ポリマー6365
水8,071448
1
A: Profilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4353
ポリマ－18,0031
非ポリマー4332
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Profilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2064
ポリマ－18,0031
非ポリマー2043
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.617, 50.498, 119.617
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Profilin


分子量: 18002.826 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
株: Zaire-96-I-16 / 遺伝子: A42R / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: Q8V4T7

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非ポリマー , 5種, 453分子

#2: 化合物 ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル


分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O9
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.53 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: Protein: 2.43 mg/ml, 0.5 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer pH(8.3), 5mM BME; Screen: PACT (D6), 0.1M MMT buffer (pH 9.0), 25%(w/v) PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月16日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→30 Å / Num. all: 39686 / Num. obs: 39686 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 14.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 31.4
反射 シェル解像度: 1.52→1.55 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.547 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 1955 / Rsym value: 0.547 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.52→28.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 2.255 / SU ML: 0.042
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Isotropically Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16644 1991 5 %RANDOM
Rwork0.14057 ---
all0.14186 37630 --
obs0.14186 37630 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.299 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.76 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.36 Å20 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→28.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2105 0 41 448 2594
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192402
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022406
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5171.9893278
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78335545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7065310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.69222.91796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.76815403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.2461520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212722
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02538
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7640.8551174
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7630.8551173
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1821.2851500
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.1821.2851501
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3941.1151228
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3941.1151228
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.0821.5551777
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.30310.0743149
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.718.1552844
LS精密化 シェル解像度: 1.52→1.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 138 -
Rwork0.17 2705 -
obs-2705 99.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.5032-3.731-2.03763.88581.09428.46590.06430.4394-0.1475-0.2982-0.23050.2199-0.08920.01840.16630.06980.0073-0.00470.04340.00770.0369.650516.9282.7409
21.5155-0.32810.10871.52990.21881.40510.02280.08980.1113-0.0904-0.02-0.1594-0.12680.0498-0.00280.02220.00640.0180.01720.01820.03315.565219.716713.0959
32.157-0.40540.242211.2152-6.37917.2887-0.0168-0.08940.1170.03370.0888-0.2204-0.01920.1703-0.0720.00750.0132-0.00270.0382-0.02010.020820.389518.973825.35
40.7045-0.14790.17491.27120.40061.3177-0.0231-0.023-0.00360.05730.00890.0121-0.0128-0.05720.01420.01060.00890.00970.01650.00450.01529.774313.024218.7195
57.4694-4.8213.10815.8626-3.6359.7148-0.0740.0550.0182-0.17340.0437-0.03240.0540.16570.03030.02-0.01090.00570.0144-0.01060.01573.7388-9.04523.8201
62.6494-0.94691.91011.6443-1.36454.0913-0.08540.1808-0.0276-0.0453-0.02230.01970.10450.23170.10770.02440.00370.01270.02720.00130.0214-2.4696-9.64689.0846
71.3506-0.3079-0.25981.57760.36681.9217-0.16350.0581-0.14020.01480.02530.11960.1772-0.12080.13820.0365-0.01260.01730.0173-0.01590.0407-12.854-11.625411.3422
81.13660.1512-0.67321.0392-0.14931.5288-0.0953-0.0437-0.02110.05420.04490.00880.05020.07230.05030.02290.0161-0.00040.01880.00690.0116-4.3413-4.457516.0313
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2A11 - 54
3X-RAY DIFFRACTION3A55 - 65
4X-RAY DIFFRACTION4A66 - 133
5X-RAY DIFFRACTION5B2 - 12
6X-RAY DIFFRACTION6B13 - 28
7X-RAY DIFFRACTION7B29 - 65
8X-RAY DIFFRACTION8B66 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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