PDB-4qva: Unliganded crystal structure of Feline Norovirus P Domain co-crys...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qva

タイトル

Unliganded crystal structure of Feline Norovirus P Domain co-crystallized with N-glycolylneuraminic acid

要素

VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Feline Norovirus / Viral capsid protein / P domain / Protruding Domain

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus cat/GIV.2/CU081210E/USA/2010 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Singh, B.K. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: Virology / 年: 2015
タイトル: Structural analysis of a feline norovirus protruding domain.
著者: Singh, B.K. / Glatt, S. / Ferrer, J.L. / Koromyslova, A.D. / Leuthold, M.M. / Dunder, J. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2014年7月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月4日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qva.cif.gz	346.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qva.ent.gz	288.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qva.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qva_validation.pdf.gz	421.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qva_full_validation.pdf.gz	423.4 KB	表示
XML形式データ	4qva_validation.xml.gz	26.3 KB	表示
CIF形式データ	4qva_validation.cif.gz	38.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/4qva ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/4qva	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4quzC 4qv2C 4qvjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4k4x-1 2f8e-d 3ver-d 3klv-d 4k4v-1 3ol8-3 4wzq-d 3ol8-2 3ol7-4 2d7s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: VP1

B: VP1

73.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.530, 99.380, 69.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.040, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	CHAIN A
2	1	CHAIN B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Auth seq-ID: 225 - 565 / Label seq-ID: 1 - 341

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	CHAIN A	A	A
2	CHAIN B	B	B

#1: タンパク質	VP1 分子量: 36662.984 Da / 分子数: 2 / 断片: P domain (UNP RESIDUES 225-565) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Norovirus cat/GIV.2/CU081210E/USA/2010 (ウイルス) 遺伝子: JF781268 / プラスミド: MBP-HTSHP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H8YRY9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.25 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG 4000, Glycerol, 2-propanol, Sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM30A / 波長: 0.978131 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月8日

放射

モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978131 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→45.6 Å / Num. obs: 39483 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 18.23 Å² / R_merge(I) obs: 0.132 / Χ²: 0.956 / Net I/σ(I): 6.97

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.1-2.16	0.757	0.52	2.17	7685	3140	2842	0.644	90.5
2.16-2.21	0.851	0.401	2.47	8270	3071	2950	0.493	96.1
2.21-2.28	0.858	0.39	2.61	7831	2945	2827	0.479	96
2.28-2.35	0.888	0.34	3.24	7463	2884	2702	0.418	93.7
2.35-2.43	0.902	0.321	3.14	7385	2786	2656	0.395	95.3
2.43-2.51	0.905	0.312	3.3	7280	2750	2613	0.383	95
2.51-2.61	0.899	0.264	3.86	6940	2589	2466	0.324	95.2
2.61-2.71	0.947	0.221	4.35	6670	2514	2378	0.271	94.6
2.71-2.83	0.958	0.197	4.96	6338	2403	2265	0.242	94.3
2.83-2.97	0.96	0.173	5.53	5983	2307	2154	0.213	93.4
2.97-3.13	0.978	0.126	7.29	5743	2205	2057	0.155	93.3
3.13-3.32	0.984	0.096	9.52	5270	2091	1921	0.118	91.9
3.32-3.55	0.99	0.074	12.21	4898	1946	1785	0.092	91.7
3.55-3.84	0.992	0.063	13.7	4593	1871	1698	0.079	90.8
3.84-4.2	0.994	0.058	14.91	3983	1635	1475	0.071	90.2
4.2-4.7	0.995	0.047	17.72	3499	1528	1327	0.059	86.8
4.7-5.42	0.994	0.047	18.14	3411	1352	1204	0.058	89.1
5.42-6.64	0.995	0.049	16.51	2970	1148	1031	0.061	89.8
6.64-9.39	0.995	0.052	18.92	2080	900	737	0.064	81.9
9.39-45.6	0.997	0.035	22.69	1103	508	395	0.043	77.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.69 Å	45.63 Å
Translation	6.69 Å	45.63 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.3	位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.18→35.527 Å / FOM work R set: 0.8306 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2282	1760	4.98 %
R_work	0.196	-	-
obs	0.1976	35321	92.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 76.4 Å² / B_iso mean: 30.17 Å² / B_iso min: 12.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.18→35.527 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4720	0	0	404	5124

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4856
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.992	6645
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	726
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	883
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.064	1719

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2845	X-RAY DIFFRACTION	5.834	TORSIONAL
1	2	B	2845	X-RAY DIFFRACTION	5.834	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.18-2.2389	0.2882	141	0.2577	2679	2820	96
2.2389-2.3048	0.256	139	0.2364	2652	2791	96
2.3048-2.3792	0.3087	136	0.2435	2575	2711	94
2.3792-2.4642	0.2725	138	0.2363	2625	2763	95
2.4642-2.5628	0.3188	138	0.2381	2630	2768	95
2.5628-2.6794	0.2598	138	0.2284	2651	2789	95
2.6794-2.8207	0.2901	136	0.2214	2605	2741	94
2.8207-2.9973	0.2639	137	0.2102	2610	2747	93
2.9973-3.2286	0.2358	135	0.1989	2561	2696	93
3.2286-3.5532	0.1945	133	0.1754	2547	2680	92
3.5532-4.0667	0.1897	134	0.1662	2533	2667	90
4.0667-5.1212	0.1767	130	0.1429	2470	2600	89
5.1212-35.5318	0.1519	125	0.1662	2423	2548	85

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4843	-0.0836	-0.1061	0.7627	-0.1139	0.6836	-0.0411	0.044	-0.0185	0.055	0.0156	-0.042	0.0456	-0.0029	0.0264	0.1195	-0.0042	0.0045	0.139	0.0136	0.204	32.8957	-11.8919	129.3627
2	1.3515	0.2172	-0.1915	1.0581	-0.1543	0.717	-0.0594	-0.1501	-0.2533	0.2185	0.0276	-0.1749	0.0552	0.0623	0.0285	0.2252	0.0347	-0.0229	0.2066	0.0284	0.2267	32.9959	-22.962	144.9696
3	0.6601	-0.055	-0.0092	0.7852	-0.2515	0.9923	-0.0134	0.1204	0.0073	-0.0653	-0.0071	-0.1407	-0.0868	0.0443	0.0014	0.1432	-0.0218	-0.0048	0.1639	0.0104	0.2189	35.8089	-2.9318	123.5611
4	0.5687	-0.1329	0.1505	0.9687	0.2795	0.6366	-0.0583	0.0372	0.0229	0.0475	0.0322	0.1526	-0.022	-0.0112	0.0187	0.1432	-0.0074	-0.0063	0.1735	-0.002	0.2454	11.3459	-12.6894	129.3477
5	1.2806	-0.0764	0.1365	1.0339	0.0769	0.4811	-0.0786	-0.1739	0.0724	0.2427	0.0329	0.1588	-0.0124	-0.0379	0.0478	0.2222	0.0247	0.0265	0.2292	-0.0258	0.2212	11.2428	-1.552	144.9767
6	0.8171	-0.108	-0.0623	1.0773	0.3838	0.7783	0.0012	0.1024	-0.2243	-0.1299	-0.0467	0.1901	0.0733	-0.0425	0.031	0.1385	-0.0001	-0.0105	0.1568	-0.0224	0.2652	8.4023	-21.6636	123.521

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 225:290 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 291:453 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 454:565 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESID 225:290 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 291:453 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 454:565 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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