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- PDB-4qut: Structure of the bromodomain of human ATPase family AAA domain-co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qut
タイトルStructure of the bromodomain of human ATPase family AAA domain-containing protein 2 (ATAD2) complexed with Histone H4-K(ac)12
要素
  • ATPase family AAA domain-containing protein 2
  • Histone H4
キーワードSIGNALING PROTEIN / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / bromodomain / actyl-lysine binding / ATPase family AAA domain-containing protein 2 / epigenetics / histone / bromodomain-histone / Structural Genomics Consortium (SGC)
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleosome disassembly / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors ...nucleosome disassembly / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / telomere organization / Inhibition of DNA recombination at telomere / RNA Polymerase I Promoter Opening / Meiotic synapsis / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / G2/M DNA damage checkpoint / NoRC negatively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / histone binding / chromosome, telomeric region / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
ATPase family AAA domain-containing protein ATAD2-like / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 ...ATPase family AAA domain-containing protein ATAD2-like / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / ATPase, AAA-type, core / Histone-fold / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H4 / ATPase family AAA domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Felletar, I. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J Mol Cell Biol / 年: 2016
タイトル: Atad2 is a generalist facilitator of chromatin dynamics in embryonic stem cells.
著者: Morozumi, Y. / Boussouar, F. / Tan, M. / Chaikuad, A. / Jamshidikia, M. / Colak, G. / He, H. / Nie, L. / Petosa, C. / de Dieuleveult, M. / Curtet, S. / Vitte, A.L. / Rabatel, C. / Debernardi, ...著者: Morozumi, Y. / Boussouar, F. / Tan, M. / Chaikuad, A. / Jamshidikia, M. / Colak, G. / He, H. / Nie, L. / Petosa, C. / de Dieuleveult, M. / Curtet, S. / Vitte, A.L. / Rabatel, C. / Debernardi, A. / Cosset, F.L. / Verhoeyen, E. / Emadali, A. / Schweifer, N. / Gianni, D. / Gut, M. / Guardiola, P. / Rousseaux, S. / Gerard, M. / Knapp, S. / Zhao, Y. / Khochbin, S.
履歴
登録2014年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月6日Group: Database references
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATPase family AAA domain-containing protein 2
B: Histone H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,99614
ポリマ－16,2172
非ポリマー77912
水4,702261
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area9340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.980, 78.980, 139.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1433-

HOH

21A-1458-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ATPase family AAA domain-containing protein 2 / AAA nuclear coregulator cancer-associated protein / ANCCA


分子量: 15453.514 Da / 分子数: 1 / 断片: bromodomain (residues 981-1108) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATAD2, L16, PRO2000 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-R3-pRARE2 / 参照: UniProt: Q6PL18, EC: 3.6.1.3
#2: タンパク質・ペプチド Histone H4


分子量: 763.841 Da / 分子数: 1 / 断片: histone H4 tail / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62805
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.13 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: apo crystals grew in 1.8-2.2 M ammonium sulphate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5-6.5. Soaking performed in 28-32% PEG 3350, 50 mM bis-tris pH 5.5, 50 mM ammonium phosphate and 20% ethylene glycol, ...詳細: apo crystals grew in 1.8-2.2 M ammonium sulphate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5-6.5. Soaking performed in 28-32% PEG 3350, 50 mM bis-tris pH 5.5, 50 mM ammonium phosphate and 20% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年11月13日
放射モノクロメーター: Flat graphite crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→34.34 Å / Num. all: 28321 / Num. obs: 28319 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.665 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3895 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb id: 3DAI

3dai


解像度: 1.7→34.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 2.705 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17952 1441 5.1 %RANDOM
Rwork0.16231 ---
all0.189 28319 --
obs0.16319 26877 97.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.379 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20.03 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.11 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.186 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1116 0 49 261 1426
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0191283
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021275
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5482.0131725
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84932953
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8435163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.3123.09971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.60815247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2581518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2187
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211415
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02287
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1731.188570
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0811.179569
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7941.764717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8151.77718
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1071.604713
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1071.604713
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1562.187993
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.98613.4641764
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.98413.4841765
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 118 -
Rwork0.353 1784 -
obs--91.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
146.3253-9.572928.095816.47971.446130.5533-1.0162-1.56241.61010.409-0.45011.2903-0.5465-2.08971.46620.13550.05930.10360.307-0.03060.5033-9.69245.0886.598
21.2444-0.4345-1.16740.67290.34641.82130.02990.0950.0323-0.05930.00730.0035-0.02850.023-0.03730.01760.0052-0.00610.05860.00770.027316.65442.01-4.966
310.58641.83521.84922.70210.13733.5028-0.08170.6409-0.0588-0.23330.11940.11850.1263-0.1406-0.03770.0432-0.01780.01240.1025-0.00510.0413-2.4234.8941.961
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A979 - 984
2X-RAY DIFFRACTION2A985 - 1090
3X-RAY DIFFRACTION2B9 - 13
4X-RAY DIFFRACTION3A1091 - 1108

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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