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万見
- PDB-4qu7: Crystal structure of a G-rich RNA sequence binding factor 1 (GRSF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qu7
タイトルCrystal structure of a G-rich RNA sequence binding factor 1 (GRSF1) from Homo sapiens at 2.50 A resolution
要素
  • G-rich sequence factor 1
  • RNA 5'-(*AP*GP*GP*GP*AP*UP)-3'
キーワードRNA Binding Protein/RNA / Canonical RNA binding domain / RRM_6 / PF14259 / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY / RNA-BINDING PROTEIN / RNA Binding Protein-RNA complex / Partnership for T-Cell Biology / TCELL
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mitochondrial RNA catabolic process / Mitochondrial RNA degradation / ribonucleoprotein granule / mitochondrial RNA catabolic process / morphogenesis of embryonic epithelium / anterior/posterior pattern specification / tRNA processing / regulation of RNA splicing / mitochondrial nucleoid / Viral mRNA Translation ...positive regulation of mitochondrial RNA catabolic process / Mitochondrial RNA degradation / ribonucleoprotein granule / mitochondrial RNA catabolic process / morphogenesis of embryonic epithelium / anterior/posterior pattern specification / tRNA processing / regulation of RNA splicing / mitochondrial nucleoid / Viral mRNA Translation / mRNA processing / G-quadruplex RNA binding / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GRSF-1, RNA recognition motif 2 / GRSF-1, RNA recognition motif 1 / GRSF-1, RNA recognition motif 3 / : / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily ...GRSF-1, RNA recognition motif 2 / GRSF-1, RNA recognition motif 1 / GRSF-1, RNA recognition motif 3 / : / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / G-rich sequence factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG) / Partnership for T-Cell Biology (TCELL)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a G-rich RNA sequence binding factor 1 (GRSF1) from Homo sapiens at 2.50 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) / Partnership for T-Cell Biology (TCELL)
履歴
登録2014年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: G-rich sequence factor 1
B: G-rich sequence factor 1
C: G-rich sequence factor 1
D: G-rich sequence factor 1
U: RNA 5'-(*AP*GP*GP*GP*AP*UP)-3'
V: RNA 5'-(*AP*GP*GP*GP*AP*UP)-3'
X: RNA 5'-(*AP*GP*GP*GP*AP*UP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8247
ポリマ－42,8247
非ポリマー00
水3,279182
1
A: G-rich sequence factor 1
U: RNA 5'-(*AP*GP*GP*GP*AP*UP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1952
ポリマ－11,1952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: G-rich sequence factor 1
V: RNA 5'-(*AP*GP*GP*GP*AP*UP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1952
ポリマ－11,1952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: G-rich sequence factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2401
ポリマ－9,2401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: G-rich sequence factor 1
X: RNA 5'-(*AP*GP*GP*GP*AP*UP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1952
ポリマ－11,1952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.540, 72.320, 103.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
G-rich sequence factor 1 / GRSF-1


分子量: 9239.583 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRSF1, NM_002092 / プラスミド: pET22bNoHis / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Gold(DE3) / 参照: UniProt: Q12849
#2: RNA鎖 RNA 5'-(*AP*GP*GP*GP*AP*UP)-3'


分子量: 1955.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細SEQUENCE EXPRESSION OF THE CONSTRUCT (RESIDUES 400-480) REQUIRED THE MUTATION OF THE N-TERMINAL ...SEQUENCE EXPRESSION OF THE CONSTRUCT (RESIDUES 400-480) REQUIRED THE MUTATION OF THE N-TERMINAL LEU400 TO METHIONINE (L400M).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20.0% polyethylene glycol 6000, 0.1M TRIS pH 8.5, 1mM AGGGAU, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月2日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→42.507 Å / Num. obs: 14045 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 50.312 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.5-2.570.5460.8791.6316810079821.05297.5
2.57-2.640.6550.72723391103110220.86499.1
2.64-2.710.7540.5872.531039649520.70198.8
2.71-2.80.8260.463330929709490.55397.8
2.8-2.890.8540.3723.526779168890.45297.1
2.89-2.990.90.3134.328958898820.37399.2
2.99-3.10.9290.273529408888820.32599.3
3.1-3.230.9630.196.927128208130.22699.1
3.23-3.370.9710.1428.826017987940.1799.5
3.37-3.540.9870.09512.225397867790.11499.1
3.54-3.730.9880.08912.721727407140.10796.5
3.73-3.950.9920.07614.621826936780.09197.8
3.95-4.230.9960.0641621956666590.07698.9
4.23-4.560.9960.05120.319846126040.06198.7
4.56-50.9960.05618.918185725680.06799.3
5-5.590.9960.05916.914985295130.07297
5.59-6.460.9950.06116.814904694670.07499.6
6.46-7.910.9970.04820.512424033940.05797.8
7.91-11.180.9980.03127.48693243090.03895.4
11.1810.02137.25502051950.02695.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
PHASER2.3.0位相決定
XSCALEJuly 4, 2012データスケーリング
BUSTER-TNT2.10.0精密化
XDSデータ削減
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WEZ

1wez


解像度: 2.5→42.507 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9292 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8934 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 2. NCS RESTRAINTS WERE IMPOSED BY AUTOBUSTER'S LSSR PROCEDURE (-AUTONCS). ...詳細: 1. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 2. NCS RESTRAINTS WERE IMPOSED BY AUTOBUSTER'S LSSR PROCEDURE (-AUTONCS). 3. LEU400 WAS MUTATED TO MET (START CODON) FOR EXPRESSION OF THE CONSTRUCT 400-480.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2537 704 5.03 %RANDOM
Rwork0.1917 ---
obs0.1948 14006 98.4 %-
原子変位パラメータBiso max: 124.23 Å2 / Biso mean: 44.378 Å2 / Biso min: 15.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.8663 Å20 Å20 Å2
2--1.2026 Å20 Å2
3---8.6636 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.358 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→42.507 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2530 229 0 182 2941
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1244SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes59HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes405HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2881HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion374SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion100SINUSOIDAL1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3126SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2881HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3945HARMONIC21.03
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.43
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.05
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.7 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2909 152 5.38 %
Rwork0.2381 2671 -
all0.2409 2823 -
obs--98.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5948-0.87140.47912.4883-1.45092.33610.0750.14090.0837-0.1153-0.01140.0577-0.1931-0.1075-0.06360.01720.0458-0.00590.02620.0041-0.0720.5081-12.3002-13.1006
21.17820.0916-1.08190.4148-1.265800.00060.00590.0964-0.01640.0242-0.0715-0.05310.1061-0.0248-0.11030.15160.00920.11490.152-0.018829.347-7.6129-25.8486
33.87592.3082-0.25884.46062.58122.99830.2353-0.51620.2465-0.3467-0.21980.2466-0.54420.1767-0.01560.10050.0064-0.0646-0.1046-0.0175-0.1619.11639.1908-7.3462
40-0.7972-1.26730.9512.35272.24510.0044-0.1218-0.17750.06610.0108-0.04430.0241-0.0441-0.01520.0130.15020.04820.0423-0.152-0.06736.82175.60161.3713
52.40440.62320.39823.4161.01072.0832-0.0753-0.21630.1740.26750.08540.04150.0642-0.0533-0.0101-0.0457-0.00340.007-0.0379-0.0082-0.104512.3136-10.772414.6278
63.89180.9981-0.05270.80630.37345.828-0.1043-0.09550.09370.06870.2938-0.1032-0.03230.5423-0.1894-0.1124-0.0115-0.0090.0281-0.0989-0.109226.27935.258721.0099
72.2648-0.6822.76320.9032-0.81160-0.0077-0.0342-0.12260.04280.0262-0.0010.19040.1048-0.0186-0.03680.152-0.1520.1988-0.0376-0.165632.0475-3.284832.8837
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|400 - 480}A400 - 480
2X-RAY DIFFRACTION2{U|802 - 804}U802 - 804
3X-RAY DIFFRACTION3{B|400 - 478}B400 - 478
4X-RAY DIFFRACTION4{V|802 - 805}V802 - 805
5X-RAY DIFFRACTION5{C|400 - 478}C400 - 478
6X-RAY DIFFRACTION6{D|400 - 476}D400 - 476
7X-RAY DIFFRACTION7{X|802 - 804}X802 - 804

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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