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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qu7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a G-rich RNA sequence binding factor 1 (GRSF1) from Homo sapiens at 2.50 A resolution | ||||||
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![]() | RNA Binding Protein/RNA / Canonical RNA binding domain / RRM_6 / PF14259 / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY / RNA-BINDING PROTEIN / RNA Binding Protein-RNA complex / Partnership for T-Cell Biology / TCELL | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of mitochondrial RNA catabolic process / mitochondrial RNA catabolic process / Mitochondrial RNA degradation / ribonucleoprotein granule / morphogenesis of embryonic epithelium / tRNA processing / anterior/posterior pattern specification / : / mitochondrial nucleoid / regulation of RNA splicing ...positive regulation of mitochondrial RNA catabolic process / mitochondrial RNA catabolic process / Mitochondrial RNA degradation / ribonucleoprotein granule / morphogenesis of embryonic epithelium / tRNA processing / anterior/posterior pattern specification / : / mitochondrial nucleoid / regulation of RNA splicing / Viral mRNA Translation / G-quadruplex RNA binding / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) / Partnership for T-Cell Biology (TCELL) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a G-rich RNA sequence binding factor 1 (GRSF1) from Homo sapiens at 2.50 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) / Partnership for T-Cell Biology (TCELL) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 158.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 123.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 476.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 477.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1wezS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9239.583 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: RNA鎖 | 分子量: 1955.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | SEQUENCE EXPRESSION OF THE CONSTRUCT (RESIDUES 400-480) REQUIRED THE MUTATION OF THE N-TERMINAL ...SEQUENCE EXPRESSION | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20.0% polyethylene glycol 6000, 0.1M TRIS pH 8.5, 1mM AGGGAU, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月2日 詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→42.507 Å / Num. obs: 14045 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 50.312 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 9.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1WEZ 解像度: 2.5→42.507 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9292 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8934 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: 1. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 2. NCS RESTRAINTS WERE IMPOSED BY AUTOBUSTER'S LSSR PROCEDURE (-AUTONCS). ...詳細: 1. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 2. NCS RESTRAINTS WERE IMPOSED BY AUTOBUSTER'S LSSR PROCEDURE (-AUTONCS). 3. LEU400 WAS MUTATED TO MET (START CODON) FOR EXPRESSION OF THE CONSTRUCT 400-480.
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原子変位パラメータ | Biso max: 124.23 Å2 / Biso mean: 44.378 Å2 / Biso min: 15.91 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.358 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→42.507 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.7 Å / Total num. of bins used: 7
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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