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万見
- PDB-4qts: Crystal structure of Csm3-Csm4 subcomplex in the type III-A CRISP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qts
タイトルCrystal structure of Csm3-Csm4 subcomplex in the type III-A CRISPR-Cas interference complex
要素
  • CRISPR type III-associated RAMP protein Csm3
  • CRISPR type III-associated RAMP protein Csm4
キーワードRNA BINDING PROTEIN / CRISPR-associated protein / ferredoxin-like fold / Type III-A CRISPR-Cas system
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to virus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Csm4, C-terminal / CRISPR Csm4 C-terminal domain / CRISPR-associated RAMP Csm3 / CRISPR type III-associated RAMP protein Csm4 / : / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR system Cms protein Csm4 / CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.105 Å
データ登録者Numata, T. / Inanaga, H. / Osawa, T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the Csm3-Csm4 subcomplex in the type III-A CRISPR-Cas interference complex.
著者: Numata, T. / Inanaga, H. / Sato, C. / Osawa, T.
履歴
登録2014年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR type III-associated RAMP protein Csm4
B: CRISPR type III-associated RAMP protein Csm4
C: CRISPR type III-associated RAMP protein Csm3
D: CRISPR type III-associated RAMP protein Csm3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,7316
ポリマ－148,6014
非ポリマー1312
水00
1
A: CRISPR type III-associated RAMP protein Csm4
C: CRISPR type III-associated RAMP protein Csm3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3663
ポリマ－74,3002
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area25880 Å2
手法PISA
2
B: CRISPR type III-associated RAMP protein Csm4
D: CRISPR type III-associated RAMP protein Csm3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3663
ポリマ－74,3002
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area25770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.653, 96.319, 194.797
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CRISPR type III-associated RAMP protein Csm4 / CRISPR type III-A/Mtube-associated RAMP protein Csm4


分子量: 43922.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
遺伝子: csm4, MJ1668 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q59062
#2: タンパク質 CRISPR type III-associated RAMP protein Csm3 / CRISPR type III-A/Mtube-associated RAMP protein Csm3


分子量: 30377.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
遺伝子: csm3, MJ1669 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q59063
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 50mM HEPES-Na (pH 6.8), 200mM potassium chrolide, 30% v/v Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月11日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, liquid nitrogen cooling
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 25906 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 30283 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.105→43.46 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2882 1296 5 %RANDOM
Rwork0.2251 ---
obs0.2282 25882 99.32 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.105→43.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8020 0 2 0 8022
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038154
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70410896
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1123185
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0291196
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031359
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.1047-3.2290.34261400.299266499
3.229-3.37590.33291430.28542707100
3.3759-3.55380.31751430.27392728100
3.5538-3.77630.3191430.25292701100
3.7763-4.06770.32591430.2362732100
4.0677-4.47660.31371440.21782720100
4.4766-5.12350.24971460.18932776100
5.1235-6.45170.27351470.23092795100
6.4517-43.46430.271470.2092278795

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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