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- PDB-4qtr: Computational design of co-assembling protein-DNA nanowires -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qtr
タイトルComputational design of co-assembling protein-DNA nanowires
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*C)-3')
  • dualENH
キーワードde novo design/DNA / helix-turn-helix / DNA-binding protein / double-stranded DNA / de novo design-DNA complex
機能・相同性Homeodomain-like / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Mou, Y. / Mayo, S.L.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Computational design of co-assembling protein-DNA nanowires.
著者: Mou, Y. / Yu, J.Y. / Wannier, T.M. / Guo, C.L. / Mayo, S.L.
履歴
登録2014年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references
改定 1.22015年9月30日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dualENH
B: dualENH
C: dualENH
D: dualENH
E: DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*C)-3')
G: DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*A)-3')
H: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3208
ポリマ－54,3208
非ポリマー00
水00
1
A: dualENH
B: dualENH
E: DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1604
ポリマ－27,1604
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area12430 Å2
手法PISA
2
C: dualENH
D: dualENH
G: DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*C)-3')
H: DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1604
ポリマ－27,1604
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area12610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.098, 90.098, 158.923
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number93
Space group name H-MP4222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
dualENH


分子量: 8683.909 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: A computationally designed protein using wild-type engrailed homeodomain as the backbone template
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*C)-3')


分子量: 4878.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: A short NA strand with engrailed homeodomain binding motifs
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*CP*A)-3')


分子量: 4914.243 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: A short NA strand with engrailed homeodomain binding motifs

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.57 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7
詳細: 800 mM, NaCl, 0.2 M Potassium thiocyanate, 20% w/v polyethylene glycerol 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.0332
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月23日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→39.2 Å / Num. obs: 15510 / 冗長度: 10.7 % / Rsym value: 0.022 / Net I/σ(I): 102.5
反射 シェル解像度: 2.86→3.02 Å / 冗長度: 9.7 % / Rsym value: 6.972 / % possible all: 88.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HHD

3hhd


解像度: 3.2→36.35 Å / SU ML: 0.58 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 39.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 1136 10.01 %
Rwork0.264 --
obs0.27 11351 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→36.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1610 1293 0 0 2903
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123110
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.324496
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.7451133
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061499
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01361
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2003-3.34590.49431370.3991237X-RAY DIFFRACTION100
3.3459-3.52220.41521380.33921235X-RAY DIFFRACTION99
3.5222-3.74260.40991380.36121250X-RAY DIFFRACTION100
3.7426-4.03130.37491390.32941246X-RAY DIFFRACTION100
4.0313-4.43630.32821410.29741268X-RAY DIFFRACTION100
4.4363-5.07680.3561430.28341287X-RAY DIFFRACTION100
5.0768-6.39050.33071450.29591304X-RAY DIFFRACTION100
6.3905-36.35540.27221550.20291388X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.84243.4345-0.44532.32890.11130.5635-2.27261.9566-3.4554-1.3087-0.46011.07180.3278-1.14970.6830.8714-0.232-0.56922.83550.03682.248912.823880.93952.9441
20.63012.2098-1.78096.6884-6.44316.6730.9503-0.7099-0.0598-0.290.7798-1.5593-0.8171-2.8902-1.69171.01050.3861-0.32262.77750.41181.744415.597883.73877.4731
34.4183-1.5331-0.76215.4731-0.98754.4672-0.99040.434-0.9566-1.4210.75381.5284-1.04310.7699-0.07851.2834-0.1069-0.41111.64480.15671.551537.830973.291731.5231
41.9376-0.74340.57370.37080.38297.66170.39461.1240.2965-0.3019-0.76250.5048-0.5809-0.36860.16891.3555-0.1504-0.12771.28940.12881.084640.987274.779226.5573
54.1597-1.60140.47841.70390.51260.80340.50533.0494-3.3075-2.24772.0670.9459-0.75860.01750.27841.3772-0.60310.17780.9809-0.08091.500339.645961.17352.4584
61.649-2.20871.19673.3632-0.32364.9860.5131-0.2978-0.7120.225-0.7415-0.3605-0.8656-1.35630.28022.38830.6643-0.2209-1.00920.12231.551944.072565.380340.7549
72.6943-1.15662.17233.151-4.73087.2781.9341-0.91230.2870.7919-2.1132-1.523-1.88921.3435-0.07382.61490.2521-0.47750.8631-0.29651.379747.104875.57545.1071
83.2838-1.19640.49790.48660.11013.1769-1.16-0.26722.8486-0.43521.2007-0.4004-2.9386-0.57670.02451.9804-0.1127-0.01141.11570.3161.107337.410672.060848.4134
98.508-4.11230.64777.821.16331.97140.0837-1.86770.2416-0.49081.5294-0.8931.90120.3457-0.01371.9452-0.0358-0.46880.8774-0.13380.877652.656464.116748.0748
102.1973-3.44530.32965.77780.56393.2168-0.5520.32181.27331.37490.4673-2.6154-1.2811.08220.24711.985-0.02070.08760.9204-0.00661.485450.728876.34873.5199
118.50762.2043-2.56792.2182-1.44741.2120.74591.3983-0.28371.37570.4965-2.13323.40641.6734-0.75611.94710.4547-0.36521.0564-0.18661.034741.572173.085669.6837
121.4529-1.1545-0.4211.45160.68452.5326-1.19360.6752-1.35050.10611.34620.2136-0.82910.1701-0.47551.6227-0.13970.14221.0498-0.28271.029855.981874.102868.1762
134.484-1.2269-0.24040.634-0.39820.69020.3509-2.0717-3.16671.49330.53120.78181.8354-2.6937-0.6211.8291-0.51860.08772.09730.40431.94413.413369.954117.103
143.21070.2821-0.09743.378-1.11124.64-0.7881-0.7944-0.13730.3017-0.3839-1.17080.4842-1.67460.73491.7812-0.4615-0.28542.11540.23151.623535.21680.76213.3572
152.84940.7892.52727.16411.73236.31610.9746-0.7343-0.5789-0.63870.2037-1.0367-1.1268-0.9649-0.58162.3631-0.07770.03822.20980.08451.720835.943485.427717.3923
164.8220.1027-1.06853.5157-1.03695.0525-1.78682.3479-1.1772-1.09250.9274-0.6721-0.5712-0.42370.22362.8452-0.3628-0.06961.8185-0.07082.13517.116469.057318.3217
172.86781.23732.13183.5731.78863.66571.2956-1.288-0.05850.8207-1.8576-0.15730.0726-0.32760.45511.7467-0.1166-0.22071.2105-0.04511.668556.241666.333856.8096
184.2727-2.91222.15263.53770.2651.3432-0.596-0.55320.0661-0.58060.0218-0.7472-0.41640.51930.50952.4265-0.2079-0.21061.69710.16571.65857.394469.536559.604
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 27 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 28 through 59 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 6 through 27 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 28 through 59 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 5 through 9 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 10 through 22 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 23 through 35 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 36 through 41 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 42 through 61 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 5 through 27 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 28 through 41 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 42 through 59 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 1 through 9 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 10 through 15 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 1 through 8 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 9 through 16 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'G' and (resid 1 through 16 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'H' and (resid 1 through 16 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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