PDB-4qtq: Structure of a Xanthomonas Type IV Secretion System related protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qtq

タイトル

Structure of a Xanthomonas Type IV Secretion System related protein

要素

XAC2610 protein

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR / Beta-sandwich / calcium binding motif / Beta-propeller fragment / Peptidoglycan hydrolase inhibitor / Immunity protein Xanthomonas

機能・相同性

metal ion binding / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)

手法

X線回折 /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Souza, D.P. / Guzzo, C.R. / Farah, C.S.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Bacterial killing via a type IV secretion system.
著者: Souza, D.P. / Oka, G.U. / Alvarez-Martinez, C.E. / Bisson-Filho, A.W. / Dunger, G. / Hobeika, L. / Cavalcante, N.S. / Alegria, M.C. / Barbosa, L.R. / Salinas, R.K. / Guzzo, C.R. / Farah, C.S.

履歴

登録	2014年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qtq.cif.gz	100.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qtq.ent.gz	77.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qtq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/4qtq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/4qtq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ew7-d 3chg-1 4cp3-d 4zpw-2 1ooh-d 3gi1-1 1r29-1 1zth-3 4m0h-1 6v1r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: XAC2610 protein

ヘテロ分子

23.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	160.457, 37.695, 43.252
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.61, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	XAC2610 protein 分子量: 23317.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア) 株: 306 / 遺伝子: XAC2610, Xanthomonas axonopodis pv. citri / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RP / 参照: UniProt: Q8PJC5
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.1 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM BIS-TRIS-HCL PH 5.5, 200 mM AMMONIUM SULPHATE AND 25% (W/V) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年11月25日
放射	モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX HF OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→38.78 Å / Num. all: 16929 / Num. obs: 16066 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 89.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK		データスケーリング
SHELXDE		位相決定
REFMAC	5.8.0073	精密化
d*TREK		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2→38.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 10.989 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24072	859	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20013	-	-	-
obs	0.20224	16066	95.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.205 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.25 Å²	0 Å²	-0.55 Å²
2-	-	-0.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→38.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1590	0	1	180	1771

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	1643
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.186	1.96	2237
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.695	3	3525
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.638	5	216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.214	26.267	75
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.011	15	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.059	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	252
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	1906
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	346
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.644	3.211	843
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.645	3.207	842
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.84	4.802	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.84	4.806	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.507	3.428	800
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.503	3.428	800
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.549	5.055	1179
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.572	27.11	1853
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.398	26.254	1792

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	59	-
R_work	0.366	1110	-
obs	-	-	88.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.1844	-1.4016	1.4813	0.8436	1.2198	4.3035	-0.4388	0.3303	0.0089	0.7003	-0.1684	0.2324	1.5442	-0.2082	0.6073	0.7246	-0.1857	0.1725	0.1491	0.0911	0.2805	21.987	2.479	6.937
2	1.9553	3.0807	0.8746	11.0675	9.9733	17.659	-0.2057	-0.0645	-0.0256	0.3973	0.154	0.2894	0.2012	0.5455	0.0517	0.2134	0.0374	0.0927	0.0919	0.0382	0.1428	32.428	9.439	17.619
3	2.0719	-1.4163	-2.641	2.1649	1.7886	3.3921	-0.0924	-0.1529	-0.1233	0.1777	-0.0468	-0.1227	0.1125	0.1284	0.1392	0.0907	-0.025	0.0346	0.2238	0.0707	0.099	28.565	16.313	15.019
4	3.4795	-4.4538	-2.6597	9.5706	4.7641	2.5159	0.1892	-0.2627	-0.1112	0.0826	-0.1369	-0.2837	-0.0337	0.0163	-0.0523	0.1194	-0.0266	0.0241	0.1439	0.0383	0.1598	37.954	12.195	5.755
5	0.6673	-0.7045	-0.6706	0.8211	1.1668	4.2596	-0.0597	-0.1735	-0.0381	0.0416	0.1319	0.0414	0.2806	-0.242	-0.0722	0.1755	-0.0211	0.0392	0.0975	0.0404	0.1431	25.08	13.068	6.822
6	3.656	3.2543	9.6909	3.2761	9.6175	28.3361	-0.1308	-0.3542	0.4881	0.2735	-0.6365	0.2625	0.6884	-1.7169	0.7673	0.4992	-0.228	-0.0488	0.4198	0.1504	0.5426	14.328	10.316	1.621
7	4.0302	-0.1431	-2.6944	2.1078	2.7218	5.1165	0.2234	0.2458	-0.3221	0.1946	-0.0092	-0.2667	0.123	-0.204	-0.2143	0.2491	-0.0315	-0.0242	0.0546	0.0584	0.2844	27.062	9.298	-2.457
8	2.8797	-2.4393	-1.7885	2.2675	1.8009	2.3582	0.0997	0.036	-0.08	-0.0549	-0.0852	-0.0853	0.089	-0.4338	-0.0145	0.1613	-0.012	0.0334	0.1569	-0.0071	0.1556	23.738	20.21	2.369
9	14.5295	6.8106	10.5388	3.1997	4.9532	7.677	0.018	1.6715	-1.1452	-0.0253	0.7881	-0.5292	-0.0715	1.2002	-0.8061	0.3075	0.0187	0.0546	0.2457	-0.1737	0.2668	39.596	10.991	-6.725
10	9.0654	-3.591	0.7062	1.4478	-0.0325	2.6758	0.0892	0.0403	0.1627	-0.0572	-0.0232	-0.0871	-0.1032	-0.0683	-0.066	0.123	0.0177	0.058	0.0516	0.0321	0.1621	27.644	22.371	-5.276
11	3.9312	-4.606	-1.4583	8.4192	5.4301	6.9756	0.0695	0.0128	-0.2765	-0.0909	-0.12	0.338	0.1336	-0.4284	0.0506	0.0789	-0.0433	0.0036	0.0923	0.0192	0.0917	17.393	16.513	-7.425
12	10.8852	-4.6307	-6.0238	2.5743	3.6652	5.6948	0.158	-0.5482	-0.0176	-0.0298	-0.0559	-0.102	0.1345	-0.2924	-0.1021	0.103	-0.002	0.0139	0.2717	0.0063	0.0516	10.333	24.134	-7.83
13	11.3982	2.8567	1.7866	1.4866	2.8027	7.4781	-0.2089	0.882	-0.3932	-0.1089	0.4542	-0.1541	-0.2155	0.8714	-0.2453	0.0625	0.013	0.0482	0.2459	-0.029	0.0955	26.667	18.48	-15.665
14	21.5081	-7.4764	-12.5374	3.6967	5.8314	9.3414	0.2458	0.5405	0.2797	0.0724	-0.198	-0.0266	0.0953	-0.468	-0.0477	0.1047	-0.0051	0.0438	0.3785	-0.0099	0.0272	9.589	24.888	-13.667
15	22.3207	-1.985	-11.7295	0.5081	1.5723	8.2603	0.1704	0.8079	0.5193	-0.0244	0.0335	-0.1878	0.0619	-0.9789	-0.2039	0.1244	-0.0088	0.0754	0.5316	-0.165	0.1481	6.794	27.719	-18.058

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	60 - 66
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	67 - 78
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	79 - 100
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	101 - 118
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	119 - 137
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	138 - 144
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	145 - 157
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	158 - 179
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	180 - 187
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	188 - 198
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	199 - 214
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	215 - 228
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	229 - 236
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	237 - 243
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	244 - 267

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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