PDB-4qtn: Crystal structure of the Vitamin B3 transporter PnuC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qtn

タイトル

Crystal structure of the Vitamin B3 transporter PnuC

要素

Nicotinamide riboside transporter PnuC

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / membrane transport / vitamin transport / Nicotinamide riboside uptake

機能・相同性

nicotinamide riboside transmembrane transporter activity / Nicotinamide mononucleotide transporter PnuC / Nicotinamide mononucleotide transporter / protein homotrimerization / identical protein binding / membrane / plasma membrane / Nicotinamide riboside / Nicotinamide riboside transporter PnuC

機能・相同性情報

生物種

Neisseria mucosa ATCC 25996 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Guskov, A. / Jaehme, M. / Slotboom, D.J.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the Vitamin B3 transporter PnuC
著者: Jaehme, M. / Guskov, A. / Slotboom, D.J.

履歴

登録	2014年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qtn.cif.gz	298.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qtn.ent.gz	255 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qtn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qtn_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qtn_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	4qtn_validation.xml.gz	31.9 KB	表示
CIF形式データ	4qtn_validation.cif.gz	41.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/4qtn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/4qtn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4a8k-2 2m3g-d 2jl9-1 1hhs-3 4a8o-1 3hdi-d 1hht-3 1hhs-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nicotinamide riboside transporter PnuC

B: Nicotinamide riboside transporter PnuC

C: Nicotinamide riboside transporter PnuC

ヘテロ分子

86.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.320, 112.930, 120.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	2 - 236
2	1	B	2 - 236
1	2	A	2 - 235
2	2	C	2 - 235
1	3	B	2 - 235
2	3	C	2 - 235

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質

Nicotinamide riboside transporter PnuC

分子量: 28245.893 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 28-263 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Neisseria mucosa ATCC 25996 (バクテリア)
遺伝子: pnuC, NEIMUCOT_05996 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2ZZC1

#2: 化合物

ChemComp-NNR / Nicotinamide riboside / 3-(aminocarbonyl)-1-beta-D-ribofuranosylpyridinium / ニコチンアミドリボシド

分子量: 255.247 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₅N₂O₅

#3: 糖

ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₂₈O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.13 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 15% PEG3350, 0.1 M Succinic Acid, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 0.9794, 0.9800, 0.972

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月27日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9794	1
2	0.98	1
3	0.972	1

反射

解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 31993 / Num. obs: 31933 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

反射シェル

解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique all: 3134 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DA+		データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.8→48.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.911 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 55.299 / SU ML: 0.438 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.629 / ESU R Free: 0.344 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27582	1597	5 %	RANDOM
R_work	0.24392	-	-	-
all	0.24554	31993	-	-
obs	0.24554	30336	99.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 117.737 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5674	0	134	0	5808

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.02	5982
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.219	1.964	8169
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.044	5	704
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.608	22.57	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.426	15	869
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.626	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	960
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4281
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.983	6.103	2825
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.378	9.148	3526
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.769	6.4	3157
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.534	59.022	26163
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	310	0.15
1	2	B	310	0.15
2	1	A	309	0.12
2	2	C	309	0.12
3	1	B	309	0.16
3	2	C	309	0.16

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.495	116	-
R_work	0.46	2211	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8626	0.5439	-2.0607	0.2002	0.6979	7.9255	0.4059	0.6215	0.3981	-0.0021	0.0247	-0.0272	-0.1098	-0.2587	-0.4306	0.2256	0.1696	0.0866	0.5595	0.1667	0.4934	56.2929	81.7197	43.6112
2	21.347	14.7886	-10.3842	11.8508	-5.7375	6.4138	-0.5316	0.7533	-1.2197	-0.1174	0.1549	-0.8932	0.4919	-0.6488	0.3767	0.9379	0.0895	0.0036	1.0197	0.0231	0.8741	60.7163	74.0632	23.947
3	1.0062	1.5759	-1.7058	3.1771	-0.3969	10.7451	-0.1574	0.3189	0.2013	-0.5505	0.383	0.4026	-0.4938	-0.3174	-0.2256	0.2189	0.2349	-0.0593	0.9231	0.0392	0.372	50.3767	75.1536	41.4376
4	13.2403	-11.6515	5.4467	13.7525	-4.7364	2.2436	-0.0046	1.1528	-1.2432	-0.2115	0.4953	1.2118	0.0236	0.4971	-0.4908	0.7805	-0.1039	0.0171	0.8303	-0.0708	0.4622	48.7862	67.504	29.4165
5	15.846	11.8047	-13.1566	8.805	-9.813	10.9447	-0.7402	-0.7853	-1.7709	-0.5378	-0.626	-1.2281	0.5686	0.5906	1.3662	1.1986	-0.0856	0.0291	1.7217	-0.1061	0.9972	52.5816	58.3424	26.9985
6	7.5442	2.3184	1.3745	2.4349	-1.678	3.0664	0.2884	0.5347	0.0457	-0.4416	0.2793	0.8389	0.941	-0.0313	-0.5677	0.4286	-0.0143	0.154	1.1467	-0.0654	1.0428	40.0644	69.5321	42.5881
7	30.2845	34.0507	8.2211	48.0716	11.7649	2.8957	-0.201	0.0809	0.3071	-0.1053	0.336	-0.2953	-0.1057	0.0865	-0.135	0.632	0.1606	0.1102	0.679	-0.0251	0.5207	47.9411	82.5247	56.5346
8	3.4828	-0.3802	0.2885	16.6853	4.0487	7.5921	-0.2174	0.2737	-0.7667	0.2607	0.4001	0.3995	1.0783	-0.1215	-0.1827	0.1917	-0.0928	-0.0392	0.657	0.0426	0.5745	42.8357	54.3969	54.2103
9	11.2782	-1.5443	4.9378	4.9929	7.1985	15.1671	0.8352	1.6271	-1.0017	-0.1926	-0.1396	-0.1074	0.2515	0.7327	-0.6956	1.0401	-0.0532	-0.1869	1.3023	-0.0985	1.0775	41.2516	47.4268	31.6212
10	11.0941	-2.7873	-2.0054	5.787	2.3782	7.0015	0.1257	0.9158	-0.5468	-0.8308	-0.3794	0.4993	0.4282	-0.2383	0.2537	0.2543	-0.0637	-0.1383	0.487	0.008	0.4053	49.716	59.3407	45.1247
11	19.5577	0.4459	-19.8293	1.6144	7.3939	58.5789	0.5084	1.0911	-0.9506	-0.184	0.3814	-0.4333	-1.3814	0.9123	-0.8898	1.0345	0.154	0.2076	0.9437	0.118	0.8503	62.4809	56.6362	27.0847
12	8.1734	-0.9919	-5.2846	3.8666	1.7197	11.2731	0.4397	0.4376	0.1776	-0.3993	-0.1207	0.0371	-1.0316	-0.2933	-0.3191	0.1567	0.026	-0.0929	0.3012	0.0478	0.4112	55.695	68.6725	48.2978
13	26.2087	13.1645	-12.7727	10.2978	-6.8725	6.3032	0.6184	-0.3584	1.2324	0.1531	-0.17	-0.4887	-0.3466	0.2605	-0.4484	0.3581	-0.0894	-0.0943	0.7337	-0.0209	0.5693	93.0581	70.1955	61.107
14	12.9416	-0.4771	-5.7094	3.2202	-3.3357	6.4662	-0.7734	0.742	-1.3617	-0.6897	0.3213	0.2445	1.1855	-0.6512	0.4521	0.3699	0.0944	0.0393	0.5761	-0.0884	0.4752	82.511	58.7057	55.1272
15	9.0417	4.1869	-0.7063	7.4607	-6.5322	7.046	-0.1811	1.2534	-1.0275	-1.3744	-0.101	-0.6327	1.4495	0.756	0.2821	0.559	0.2327	0.1162	0.8551	-0.072	0.5763	90.0599	54.7856	42.5351
16	5.033	9.3219	-1.0052	17.5039	-1.7409	3.7569	-0.3972	0.2095	-0.2358	-0.8269	0.1642	-0.606	-0.1447	0.9841	0.233	0.0757	0.0149	0.0613	0.6475	0.0914	0.5258	87.1518	72.2456	52.1511
17	4.877	3.3674	4.245	10.332	2.4252	3.8598	0.1634	0.011	-0.2988	0.5104	0.0193	0.4133	0.3587	0.2061	-0.1827	0.4313	0.1417	0.3268	1.0183	-0.0656	0.4296	90.8027	67.2497	39.4751
18	1.767	-1.5033	1.3932	37.5006	-12.9104	4.8972	-0.1517	0.6588	0.8202	-1.3243	-0.144	0.4609	0.3377	0.3353	0.2957	0.7687	0.2235	0.0646	1.0187	-0.0042	0.7151	84.4744	63.2111	28.9141
19	9.9557	-0.7559	-1.0444	3.0585	-4.4304	7.013	0.1192	0.765	0.2128	-0.1645	-0.0685	0.1269	-0.023	0.0048	-0.0506	0.7388	-0.0036	-0.0618	0.7167	0.1462	0.6578	88.3174	77.4121	40.0154
20	14.073	-2.3259	11.914	2.4402	-1.7573	13.1485	-0.0194	-0.0012	0.2557	-0.1039	0.106	-0.1422	-0.0493	-0.0116	-0.0866	0.187	-0.0686	0.1076	0.4268	0.022	0.4776	77.9212	83.4537	52.5766
21	11.2971	-1.0904	-3.575	9.2315	11.8429	15.7859	0.9014	1.7753	-1.1446	-3.0157	-0.3697	-0.4807	-3.7807	-0.5223	-0.5317	1.4255	0.3775	0.041	1.7666	0.0465	0.7252	77.1607	79.6777	23.3485
22	6.4941	2.3438	1.4586	11.5487	2.557	0.7356	-0.1004	0.9381	-0.0156	-0.8415	0.0953	-0.1453	-0.1724	0.2816	0.0052	0.1019	0.0216	0.0457	0.7529	0.1347	0.3484	75.4817	75.0915	40.6209
23	12.3125	0.6851	1.0808	16.8704	11.749	12.7202	-0.4472	0.8706	-2.6252	-1.3011	0.3229	-0.1441	1.0411	0.7165	0.1243	1.0044	0.1047	0.1648	0.8923	-0.1522	0.8145	76.6764	56.5673	31.1018
24	4.941	0.4873	-1.0079	14.1976	5.8996	9.4316	-0.0066	0.1234	0.1681	0.5633	0.1279	-0.0152	0.6316	0.4558	-0.1213	0.0484	0.039	-0.0343	0.4231	0.0433	0.3214	77.187	69.8517	52.0142
25	5.4393	-0.5502	-1.3322	6.429	2.1172	8.261	0.1581	0.2929	-0.7499	-0.3107	-0.1295	0.4945	1.2884	0.1045	-0.0286	0.3455	-0.0937	-0.0989	0.528	-0.0602	0.6845	53.0392	45.3189	57.3873
26	3.5196	0.0801	-2.158	1.2417	-1.8644	8.2596	0.1489	-0.1183	-1.3482	-0.1273	-0.1748	0.3759	1.2211	-0.593	0.026	0.5181	-0.0523	-0.1928	0.3853	-0.0141	0.6828	61.1806	41.5184	58.7049
27	14.0264	-2.1617	-8.8985	0.3706	2.1636	30.6765	-0.1262	1.1381	-1.4557	0.0208	-0.1537	0.2062	2.4945	0.8852	0.2798	0.8458	0.1435	-0.1202	0.4704	-0.1613	0.7553	64.8274	34.7946	48.9076
28	43.3369	10.097	16.1471	14.5421	-1.9532	21.7512	0.2542	0.7263	-1.4416	0.12	0.2847	-1.7356	0.371	0.7955	-0.5389	1.0122	0.1001	-0.0603	0.6981	-0.2567	0.7432	70.618	36.2029	40.2894
29	5.0472	-1.8696	2.8125	8.754	-4.586	12.9515	-0.3032	1.1144	-0.9557	-1.1441	-0.2461	-0.3214	0.8334	0.2029	0.5492	0.6233	0.0566	-0.1105	0.5827	-0.0735	0.9753	72.2622	34.6603	57.2756
30	26.0927	-9.722	-6.0855	12.9351	2.5485	13.2882	0.3223	0.2018	-0.5112	0.1494	-0.2551	0.2888	0.067	-0.0394	-0.0672	0.563	-0.1405	-0.0747	0.4726	0.0719	0.501	64.2098	45.0432	74.1942
31	24.012	4.2288	-12.4765	6.1653	-3.6338	7.751	0.4223	-0.8536	0.1006	0.1792	-0.2011	-0.4296	0.2764	0.6091	-0.2211	0.3234	0.1168	-0.1656	0.4138	-0.0145	0.3726	82.9011	52.0201	65.667
32	10.1316	12.9855	11.5269	34.2613	12.0619	13.6115	0.3069	0.6871	-0.8023	-2.1039	0.1241	-2.4749	0.7392	0.7074	-0.431	0.693	0.1717	0.17	1.0646	-0.361	1.1562	88.3115	39.4807	49.4583
33	17.1463	-3.3492	-9.9588	10.5368	8.357	9.9736	1.2821	-0.5623	1.3993	-1.1023	-0.3229	-0.6298	-1.2026	-0.0709	-0.9593	1.3915	0.0798	-0.069	1.0832	-0.0859	1.3008	86.1574	33.4726	40.8751
34	5.6922	-0.0406	-0.6168	3.8818	-4.1298	9.6044	-0.1391	0.2903	-0.5731	-0.6158	-0.401	-0.0789	1.3162	0.3301	0.5402	0.2744	0.1718	-0.0603	0.4003	-0.081	0.4354	75.6504	47.5662	54.4622
35	11.8371	-7.7205	0.0177	5.2029	0.2772	2.0202	0.7607	2.519	0.5687	-0.7023	-1.6583	-0.0069	1.3327	-0.3554	0.8976	2.1745	-0.1399	-0.133	1.5434	-0.3447	1.0173	67.7269	44.3751	33.9415
36	5.6274	0.9348	2.5812	5.6042	4.0114	13.5739	0.1495	0.1741	-0.151	0.1215	-0.3723	0.5203	1.0176	-0.5005	0.2228	0.139	0.0483	-0.0554	0.321	0.0394	0.3999	65.6986	51.9967	57.9421

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 35
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	36 - 42
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	43 - 68
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	69 - 80
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	81 - 87
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	88 - 112
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	113 - 121
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	122 - 144
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	145 - 156
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	157 - 195
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	196 - 205
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	206 - 236
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	2 - 17
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	18 - 31
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	32 - 51
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	52 - 66
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	67 - 77
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	78 - 87
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	88 - 106
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	107 - 139
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	140 - 154
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	155 - 192
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	193 - 206
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	207 - 236
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	2 - 41
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	42 - 69
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	70 - 78
28	X-RAY DIFFRACTION	28	C	79 - 87
29	X-RAY DIFFRACTION	29	C	88 - 104
30	X-RAY DIFFRACTION	30	C	105 - 120
31	X-RAY DIFFRACTION	31	C	121 - 137
32	X-RAY DIFFRACTION	32	C	138 - 149
33	X-RAY DIFFRACTION	33	C	150 - 156
34	X-RAY DIFFRACTION	34	C	157 - 195
35	X-RAY DIFFRACTION	35	C	196 - 205
36	X-RAY DIFFRACTION	36	C	206 - 236

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)