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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qt7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the c-Src SH3 domain in complex with a peptide from the Hepatitis C virus NS5A-protein | ||||||
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![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE ACTIVATOR / beta shandwich / SH3 domain / Proline rich motifs / VIRAL PROTEIN / TRANSFERASE-TRANSFERASE ACTIVATOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions / Co-stimulation by CD28 ...Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions / Co-stimulation by CD28 / Co-inhibition by CTLA4 / EPHA-mediated growth cone collapse / Ephrin signaling / G alpha (i) signalling events / GP1b-IX-V activation signalling / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / VEGFR2 mediated cell proliferation / RET signaling / Receptor Mediated Mitophagy / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / RAF activation / PIP3 activates AKT signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Activated NTRK3 signals through PI3K / Downstream signal transduction / Downregulation of ERBB4 signaling / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of RUNX3 expression and activity / MAP2K and MAPK activation / Integrin signaling / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / DCC mediated attractive signaling / MET activates PTK2 signaling / Extra-nuclear estrogen signaling / EPHB-mediated forward signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / VEGFA-VEGFR2 Pathway / connexin binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / progesterone receptor signaling pathway / immune system process / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell-cell junction / cell junction / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / cell differentiation / cytoskeleton / endosome membrane / regulation of cell cycle / mitochondrial inner membrane / cell adhesion / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase activity / focal adhesion / RNA-directed RNA polymerase activity / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Camara-Artigas, A. / Bacarizo, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the c-Src-SH3 domain in complex with a proline-rich motif of NS5A protein from the hepatitis C virus. 著者: Bacarizo, J. / Martinez-Rodriguez, S. / Camara-Artigas, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 50.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 35.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 415.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 415.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4jz4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6905.498 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain, UNP residues 85-141 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P00523, non-specific protein-tyrosine kinase |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1314.624 Da / 分子数: 1 / 断片: Proline rich peptide, UNP residues 349-359 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized. / 由来: (合成) ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.59 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS Mosaicity: 0.23 ° |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2M Ammonium sulphate, 0.1M sodium chloride, 0.86mM methyl-beta-cyclodextrin, 0.1M Hepes, pH 7, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2012年11月28日 詳細: vertical focusing mirror (VFM) and a horizontal focusing mirror (HFM), manufactured by IRELEC. | ||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) channel-cut crystal monochromator and a pair of KB mirrors プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9334 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.55→24.98 Å / Num. obs: 14570 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 7.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 23.7 / Scaling rejects: 6 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4JZ4 解像度: 1.55→24.979 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 22.26 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 42.62 Å2 / Biso mean: 10.5396 Å2 / Biso min: 3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→24.979 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5
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