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万見
- PDB-4qt4: Crystal structure of Peptidyl-tRNA hydrolase from a Gram-positive... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qt4
タイトルCrystal structure of Peptidyl-tRNA hydrolase from a Gram-positive bacterium, Streptococcus pyogenes at 2.19 Angstrom resolution shows the Closed Structure of the Substrate Binding Cleft
要素Peptidyl-tRNA hydrolase
キーワードHYDROLASE / Pth / peptidyl-tRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-tRNA hydrolase / peptidyl-tRNA hydrolase activity / translation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidyl-tRNA hydrolase / Peptidyl-tRNA hydrolase signature 2. / Peptidyl-tRNA hydrolase signature 1. / Peptidyl-tRNA hydrolase / Peptidyl-tRNA hydrolase, conserved site / Peptidyl-tRNA hydrolase superfamily / Peptidyl-tRNA hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-tRNA hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes NZ131 (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Singh, A. / Gautam, L. / Sinha, M. / Bhushan, A. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
引用ジャーナル: FEBS Open Bio / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of peptidyl-tRNA hydrolase from a Gram-positive bacterium, Streptococcus pyogenes at 2.19 angstrom resolution shows the closed structure of the substrate-binding cleft.
著者: Singh, A. / Gautam, L. / Sinha, M. / Bhushan, A. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
履歴
登録2014年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2014年8月6日ID: 4Q55
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月3日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-tRNA hydrolase
B: Peptidyl-tRNA hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4492
ポリマ－42,4492
非ポリマー00
水5,062281
1
A: Peptidyl-tRNA hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2251
ポリマ－21,2251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Peptidyl-tRNA hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2251
ポリマ－21,2251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.024, 43.028, 65.100
Angle α, β, γ (deg.)90.33, 105.78, 112.51
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-tRNA hydrolase / PTH


分子量: 21224.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes NZ131 (化膿レンサ球菌)
株: NZ131 / 遺伝子: pth, Spy49_0005 / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: B5XIP6, peptidyl-tRNA hydrolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.35 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月26日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→35.37 Å / Num. obs: 17325 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 2.19→2.23 Å / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / Rsym value: 0.157 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JC4

4jc4


解像度: 2.19→35.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.371 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19847 884 5.1 %RANDOM
Rwork0.16844 ---
obs0.17002 16439 97.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.196 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.14 Å20.15 Å20.51 Å2
2---0.41 Å20.06 Å2
3----0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→35.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2978 0 0 281 3259
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.589
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.965
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.031
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.137
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.006
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.009
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.066
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.064
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.687
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.687
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
LS精密化 シェル解像度: 2.193→2.25 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 64 -
Rwork0.197 1174 -
obs--92.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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