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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qt4 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Peptidyl-tRNA hydrolase from a Gram-positive bacterium, Streptococcus pyogenes at 2.19 Angstrom resolution shows the Closed Structure of the Substrate Binding Cleft | |||||||||
要素 | Peptidyl-tRNA hydrolaseAlternative ribosome-rescue factor B | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Pth / peptidyl-tRNA (細菌の翻訳) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Streptococcus pyogenes NZ131 (化膿レンサ球菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å | |||||||||
データ登録者 | Singh, A. / Gautam, L. / Sinha, M. / Bhushan, A. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P. | |||||||||
引用 | ジャーナル: FEBS Open Bio / 年: 2014 タイトル: Crystal structure of peptidyl-tRNA hydrolase from a Gram-positive bacterium, Streptococcus pyogenes at 2.19 angstrom resolution shows the closed structure of the substrate-binding cleft. 著者: Singh, A. / Gautam, L. / Sinha, M. / Bhushan, A. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4qt4.cif.gz | 88.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4qt4.ent.gz | 68 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4qt4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/4qt4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/4qt4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4jc4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21224.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes NZ131 (化膿レンサ球菌) 株: NZ131 / 遺伝子: pth, Spy49_0005 / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: B5XIP6, peptidyl-tRNA hydrolase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.35 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月26日 / 詳細: Mirror |
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.19→35.37 Å / Num. obs: 17325 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 22.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.19→2.23 Å / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / Rsym value: 0.157 / % possible all: 97.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4JC4 解像度: 2.19→35.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.371 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.196 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.19→35.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.193→2.25 Å / Total num. of bins used: 20
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