PDB-4qrg: Crystal structure of I86L mutant of papain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qrg

タイトル

Crystal structure of I86L mutant of papain

要素

Papain

キーワード

HYDROLASE / protease / zymogen

機能・相同性

機能・相同性情報

papain / serpin family protein binding / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Carica papaya (パパイア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.497 Å

データ登録者

Dutta, S. / Choudhury, D. / Roy, S. / Biswas, S.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Pro-peptide regulates the substrate specificity and zymogen activation process of papain: A structural and mechanistic insight
著者: Dutta, S. / Choudhury, D. / Roy, S. / Biswas, S.

履歴

登録	2014年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qrg.cif.gz	253.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qrg.ent.gz	211.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qrg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qrg_validation.pdf.gz	450 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qrg_full_validation.pdf.gz	457.3 KB	表示
XML形式データ	4qrg_validation.xml.gz	24 KB	表示
CIF形式データ	4qrg_validation.cif.gz	33 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/4qrg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/4qrg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qrvC 4qrxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4qrv-1 4qrv-2 2rfd-2 3sqb-3 1qn3-2 3gc0-d 6tg0-1 2r25-d 6p68-3 6njq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (15)

登録構造単位

A: Papain

B: Papain

ヘテロ分子

82.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Papain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Papain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.722, 75.218, 116.463
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.210, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Papain / Papaya proteinase I / PPI 分子量: 41067.570 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 27-345 / 変異: I86L, C132A, V139S, G143S, K281R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Carica papaya (パパイア) / プラスミド: pET30 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00784, papain
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.93 % / Mosaicity: 0.364 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 8% PEG 4000, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM14 / 波長: 0.9737 Å

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9737 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.497→50 Å / Num. obs: 25630 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 33.83 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Χ²: 1.39 / Net I/σ(I): 6.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.5-2.54	3.4	0.556	1255	0.759	97.4
2.54-2.59	3.6	0.533	1252	0.69	99.7
2.59-2.64	3.7	0.469	1272	0.653	100
2.64-2.69	3.8	0.442	1291	0.623	100
2.69-2.75	3.9	0.388	1262	0.648	100
2.75-2.82	3.9	0.314	1275	0.66	100
2.82-2.89	3.9	0.293	1283	0.7	100
2.89-2.96	3.9	0.265	1256	0.755	100
2.96-3.05	3.9	0.211	1292	0.764	100
3.05-3.15	3.9	0.164	1267	0.774	100
3.15-3.26	3.9	0.145	1302	0.884	100
3.26-3.39	3.9	0.115	1254	0.858	100
3.39-3.55	3.9	0.1	1305	1.044	100
3.55-3.73	3.9	0.086	1255	1.168	100
3.73-3.97	3.9	0.072	1312	1.194	100
3.97-4.27	3.9	0.064	1277	1.842	100
4.27-4.7	3.9	0.07	1302	2.089	100
4.7-5.38	3.9	0.076	1288	3.048	100
5.38-6.78	3.9	0.068	1289	3.04	100
6.78-50	3.8	0.041	1341	5.349	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.497→39.339 Å / FOM work R set: 0.8497 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2225	2011	7.85 %
R_work	0.1567	-	-
obs	0.1619	25603	99.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 138.66 Å² / B_iso mean: 49.68 Å² / B_iso min: 12.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.497→39.339 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4799	0	3	113	4915

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4923
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.082	6658
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	678
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	867
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.161	1784

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4972-2.5597	0.2875	143	0.2239	1548	1691	93
2.5597-2.6288	0.2405	128	0.2058	1692	1820	100
2.6288-2.7062	0.2486	147	0.1924	1709	1856	100
2.7062-2.7935	0.2549	139	0.1857	1673	1812	100
2.7935-2.8933	0.271	149	0.1812	1667	1816	100
2.8933-3.0091	0.2603	144	0.1818	1698	1842	100
3.0091-3.146	0.2236	140	0.1701	1670	1810	100
3.146-3.3118	0.2604	144	0.1615	1711	1855	100
3.3118-3.5192	0.2499	138	0.1638	1689	1827	100
3.5192-3.7907	0.2132	150	0.1418	1686	1836	100
3.7907-4.1718	0.1891	140	0.133	1698	1838	100
4.1718-4.7746	0.1711	148	0.1249	1721	1869	100
4.7746-6.012	0.2161	146	0.1468	1701	1847	100
6.012-39.3436	0.2046	155	0.147	1729	1884	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4024	-0.5007	0.5376	1.4466	0.1416	5.4442	0.03	-0.494	-0.2051	0.2666	-0.0742	0.1284	0.6464	-0.0131	0.0059	0.3526	-0.0191	0.0821	0.2313	0.0367	0.29	-7.4253	-11.2072	78.2688
2	2.5912	-0.6272	-1.1432	2.6633	0.2694	2.4622	0.1138	0.1388	0.163	-0.1962	-0.1871	0.1329	-0.5579	0.0018	0.15	0.2924	-0.038	0.0056	0.1441	-0.0014	0.346	-3.058	0.4271	58.6602
3	2.3762	0.4265	0.0659	1.9115	-0.1142	1.4338	-0.0147	0.1642	0.0397	-0.0522	0.0213	-0.0498	0.0435	0.0604	0.0132	0.1544	0.0268	0.0031	0.1022	0.0141	0.2046	4.9401	2.6021	55.8646
4	6.8052	0.9595	-0.8274	2.8016	-0.2222	4.7372	0.1504	-0.3205	0.5189	-0.0492	-0.0151	0.0229	-0.3479	0.1292	-0.1557	0.4071	-0.008	0.0664	0.3626	-0.0271	0.2354	35.0866	-3.2803	-18.7483
5	3.1634	0.168	-2.2771	3.1486	-0.3187	5.4228	-0.3014	-0.3125	-0.5162	-0.0194	-0.1052	0.1235	0.2064	-0.0044	0.3636	0.3999	0.0261	0.0247	0.3715	0.0121	0.2936	25.3483	-12.7147	-9.0503
6	1.1711	0.7061	-0.3867	4.6383	-1.8686	3.5806	0.2432	-0.3521	-0.0111	0.848	-0.1913	0.2395	-0.4956	0.0318	-0.022	0.4354	-0.1087	0.108	0.4366	0.0215	0.3825	24.9593	-16.8454	7.5038

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 4 THROUGH 74 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 75 THROUGH 113 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 114 THROUGH 319 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESID 3 THROUGH 58 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 59 THROUGH 106 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 107 THROUGH 319 )

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