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- PDB-4qr8: Crystal Structure of E coli pepQ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qr8
タイトルCrystal Structure of E coli pepQ
要素Xaa-Pro dipeptidase
キーワードHYDROLASE / pepQ / Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoric triester hydrolase activity / Xaa-Pro dipeptidase / proline dipeptidase activity / metallodipeptidase activity / dipeptidase activity / peptide catabolic process / aminopeptidase activity / manganese ion binding / protein homodimerization activity / proteolysis / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Xaa-Pro dipeptidase, N-terminal domain / Xaa-Pro dipeptidase / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily ...: / Xaa-Pro dipeptidase, N-terminal domain / Xaa-Pro dipeptidase / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Xaa-Pro dipeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.999 Å
データ登録者Pingwei, L.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structural basis of substrate selectivity of E. coli prolidase.
著者: Weaver, J. / Watts, T. / Li, P. / Rye, H.S.
履歴
登録2014年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xaa-Pro dipeptidase
B: Xaa-Pro dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,5676
ポリマ－100,4702
非ポリマー974
水23,6721314
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area34570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.569, 97.440, 126.936
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Xaa-Pro dipeptidase / X-Pro dipeptidase / Imidodipeptidase / Proline dipeptidase / Prolidase


分子量: 50234.973 Da / 分子数: 2 / 断片: pepQ / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: pepQ, b3847, JW3823 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21165, Xaa-Pro dipeptidase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.93 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 19% PEG MME 5000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 61440 / Num. obs: 59597 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.695 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.999→40.45 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / σ(I): 0 / 位相誤差: 21.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2114 1995 3.35 %random
Rwork0.1729 ---
obs0.1742 59597 96.73 %-
all-61440 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.999→40.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7052 0 4 1314 8370
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047246
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8029862
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3632634
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591066
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031284
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9989-2.04890.31591330.27233819X-RAY DIFFRACTION91
2.0489-2.10430.27671370.24133934X-RAY DIFFRACTION94
2.1043-2.16620.24251420.21824078X-RAY DIFFRACTION96
2.1662-2.23610.23381380.22064014X-RAY DIFFRACTION96
2.2361-2.3160.27621370.24144009X-RAY DIFFRACTION95
2.316-2.40870.21371420.18514101X-RAY DIFFRACTION97
2.4087-2.51830.2691420.18144107X-RAY DIFFRACTION98
2.5183-2.65110.25051430.1844126X-RAY DIFFRACTION97
2.6511-2.81710.22181430.1814111X-RAY DIFFRACTION97
2.8171-3.03460.2121450.17594166X-RAY DIFFRACTION98
3.0346-3.33980.19791450.16224184X-RAY DIFFRACTION98
3.3398-3.82280.18071470.14214238X-RAY DIFFRACTION99
3.8228-4.81510.16781480.12924287X-RAY DIFFRACTION99
4.8151-40.45790.18111530.15844428X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.29540.1192-0.22690.5759-0.4510.47840.0241-0.103-0.09790.0126-0.12790.0213-0.01230.2031-0.26070.0973-0.0094-0.02120.1723-0.00650.0548-19.32461.969511.0573
20.44850.0453-0.21670.30320.03180.26270.0038-0.06-0.1280.128-0.030.0214-0.00410.10630.00330.1357-0.0113-0.00280.13310.00310.105-22.7765-0.467412.4033
30.4133-0.04170.05160.3661-0.16910.0510.0306-0.0637-0.0882-0.1076-0.0111-0.0260.08650.03530.00510.11620.00690.00560.08470.00090.1066-6.40546.2269-15.6623
40.20260.4441-0.19570.8582-0.22740.2976-0.0198-0.00440.0361-0.0116-0.00060.0572-0.01260.0275-0.00060.0580.0021-0.01720.08180.00290.0815-8.759625.9559-12.6195
50.3492-0.067-0.13520.306-0.09650.3662-0.04470.21510.10370.0324-0.00390.0948-0.07320.0788-0.01140.0843-0.0205-0.0270.12970.0080.0907-38.7111.1559-20.9852
60.22660.02720.05410.18660.14390.3011-0.02990.05620.10310.01650.00180.1042-0.03590.056-0.00020.1113-0.0129-0.0160.10940.00280.1653-41.72923.2014-19.5027
70.6064-0.26650.09980.7793-0.2830.4573-0.05760.52330.00640.0307-0.1073-0.1936-0.15390.1836-0.18250.07130.00390.0364-0.0208-0.030.1014-15.8038-15.3254-17.3011
80.62360.07020.10410.5648-0.29090.20010.01640.0477-0.0731-0.02120.0043-0.040.0524-0.05340.00340.08230.01460.0010.0523-0.06310.0822-26.124-30.459-12.1737
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 83 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 84 through 163 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 164 through 268 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 269 through 443 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 3 through 88 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 89 through 163 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 164 through 235 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 236 through 443 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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