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- PDB-4qqp: Crystal structure of C1QL3 mutant D207A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qqp
タイトルCrystal structure of C1QL3 mutant D207A
要素Complement C1q-like protein 3
キーワードPROTEIN BINDING / Jelly roll fold / C1q / Brain-specific angiogenesis inhibitor G-protein coupled receptor 3 / extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic density assembly / collagen trimer / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / regulation of synapse organization / synaptic cleft / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / glutamatergic synapse / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / C1q domain / C1q domain / C1q domain profile. / Complement component C1q domain. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Jelly Rolls ...: / C1q domain / C1q domain / C1q domain profile. / Complement component C1q domain. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Complement C1q-like protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.464 Å
データ登録者Ressl, S. / Brunger, A.T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structures of C1q-like Proteins Reveal Unique Features among the C1q/TNF Superfamily.
著者: Ressl, S. / Vu, B.K. / Vivona, S. / Martinelli, D.C. / Sudhof, T.C. / Brunger, A.T.
履歴
登録2014年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月6日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement C1q-like protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8117
ポリマ－15,1371
非ポリマー6746
水2,396133
1
A: Complement C1q-like protein 3
ヘテロ分子

A: Complement C1q-like protein 3
ヘテロ分子

A: Complement C1q-like protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,43421
ポリマ－45,4103
非ポリマー2,02318
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
Buried area6210 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area13030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.590, 76.590, 126.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

CD

21A-202-

CD

31A-203-

CD

41A-304-

HOH

51A-316-

HOH

61A-323-

HOH

71A-375-

HOH

81A-398-

HOH

91A-404-

HOH

101A-409-

HOH

111A-423-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Complement C1q-like protein 3 / C1q and tumor necrosis factor-related protein 13 / C1q/TNF-related protein 13 / CTRP13 / Gliacolin


分子量: 15136.782 Da / 分子数: 1 / 変異: D207A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: C1ql3, C1ql, Ctrp13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ESN4
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.73 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 30% PEG400, 0.1 Na-acetate, 0.01M CdCl2, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.008 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月9日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→45.72 Å / Num. obs: 22351 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceIceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.464→45.719 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2028 1148 5.15 %random
Rwork0.172 ---
all0.172 ---
obs0.1739 22274 89.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.464→45.719 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1014 0 6 133 1153
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071063
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1441444
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.617379
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054150
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006189
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.464-1.53060.26641600.22452669X-RAY DIFFRACTION92
1.5306-1.61130.20061450.19272678X-RAY DIFFRACTION92
1.6113-1.71230.18591580.17192658X-RAY DIFFRACTION92
1.7123-1.84450.21071440.16432708X-RAY DIFFRACTION92
1.8445-2.03010.19241410.15972624X-RAY DIFFRACTION89
2.0301-2.32390.19951560.15742614X-RAY DIFFRACTION90
2.3239-2.92780.2021290.17672595X-RAY DIFFRACTION87
2.9278-45.74150.19851150.17182580X-RAY DIFFRACTION83
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.27820.12180.07361.1892-0.24983.17190.0306-0.0065-0.0247-0.0057-0.0074-0.00820.12060.06110.1180.06890.00690.01280.0475-0.01460.008345.633555.221722.5154
26.39911.60282.06573.20370.48592.55910.04830.1214-0.3595-0.01360.1138-0.06840.14670.0637-0.18970.04250.0139-0.0220.1084-0.00180.158354.783955.190139.465
31.50430.51230.61621.41110.79881.94520.01910.0837-0.276-0.0204-0.0121-0.12890.2430.1526-0.09890.08240.0287-0.00130.0555-0.00990.098249.913953.564225.0277
40.971-0.1823-0.58640.845-0.07730.8585-0.0120.0187-0.0383-0.08920.0138-0.10620.07930.14180.10950.05470.00370.00840.0791-0.0110.006451.978261.083319.0333
50.3270.1549-0.07490.9007-0.09450.97460.0349-0.1923-0.0810.19140.0144-0.06570.06380.07860.03940.06730.0088-0.00820.08820.02210.033748.027961.786640.4273
61.7072-0.3552-0.8830.75250.31540.48180.1075-0.03220.1112-0.09210.0116-0.2242-0.16380.1482-0.02350.0568-0.01920.02490.11530.01490.070156.025270.389326.9935
70.53670.1635-0.20390.96280.00721.6860.0096-0.1646-0.06720.16140.02460.02270.0235-0.05-0.02460.06890.00480.00010.08870.01180.031443.375364.517741.215
82.7584-1.8968-1.06031.32920.61150.95930.02340.22350.0577-0.1753-0.0173-0.2295-0.07760.1326-0.01260.0794-0.01510.04320.10040.0040.086554.180669.325516.2831
90.8622-0.38590.08481.1022-0.48953.5915-0.0504-0.0805-0.22020.0164-0.00770.03690.13150.0754-0.01030.04630.0142-0.00030.07570.02310.07852.235759.418134.5331
100.4934-0.0764-0.06980.3253-0.04711.0943-0.04440.034-0.0213-0.05260.00520.01570.0814-0.0541-0.09510.06910.00180.0090.05970.004-0.002943.771360.532622.7105
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 8:16)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 17:22)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 23:36)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 37:56)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 57:73)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 74:82)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 83:99)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 100:107)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 108:122)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 123:137)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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