PDB-4qqp: Crystal structure of C1QL3 mutant D207A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qqp

タイトル

Crystal structure of C1QL3 mutant D207A

要素

Complement C1q-like protein 3

キーワード

PROTEIN BINDING / Jelly roll fold / C1q / Brain-specific angiogenesis inhibitor G-protein coupled receptor 3 / extracellular

機能・相同性

機能・相同性情報

postsynaptic density assembly / collagen trimer / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / regulation of synapse organization / synaptic cleft / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / glutamatergic synapse / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.464 Å

データ登録者

Ressl, S. / Brunger, A.T.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structures of C1q-like Proteins Reveal Unique Features among the C1q/TNF Superfamily.
著者: Ressl, S. / Vu, B.K. / Vivona, S. / Martinelli, D.C. / Sudhof, T.C. / Brunger, A.T.

履歴

登録	2014年6月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月6日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qqp.cif.gz	68.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qqp.ent.gz	51.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qqp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/4qqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/4qqp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qpyC 4qq2C 4qqhC 4qqlC 4qqoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4qqh-1 4qq2-d 2jg9-1 2jg9-2 1o91-d 3tyj-1 4qql-2 4qql-1 2z5w-1 4qqo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Complement C1q-like protein 3

ヘテロ分子

15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Complement C1q-like protein 3

ヘテロ分子

A: Complement C1q-like protein 3

ヘテロ分子

A: Complement C1q-like protein 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.590, 76.590, 126.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- CD
2	1	A-202- CD
3	1	A-203- CD
4	1	A-304- HOH
5	1	A-316- HOH
6	1	A-323- HOH
7	1	A-375- HOH
8	1	A-398- HOH
9	1	A-404- HOH
10	1	A-409- HOH
11	1	A-423- HOH

#1: タンパク質	Complement C1q-like protein 3 / C1q and tumor necrosis factor-related protein 13 / C1q/TNF-related protein 13 / CTRP13 / Gliacolin 分子量: 15136.782 Da / 分子数: 1 / 変異: D207A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: C1ql3, C1ql, Ctrp13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ESN4
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.73 %
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 30% PEG400, 0.1 Na-acetate, 0.01M CdCl2, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.008 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月9日
放射	モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.46→45.72 Å / Num. obs: 22351 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Ice	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.464→45.719 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2028	1148	5.15 %	random
R_work	0.172	-	-	-
all	0.172	-	-	-
obs	0.1739	22274	89.73 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.464→45.719 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1014	0	6	133	1153

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1063
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.144	1444
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.617	379
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	150
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	189

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.464-1.5306	0.2664	160	0.2245	2669	X-RAY DIFFRACTION	92
1.5306-1.6113	0.2006	145	0.1927	2678	X-RAY DIFFRACTION	92
1.6113-1.7123	0.1859	158	0.1719	2658	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7123-1.8445	0.2107	144	0.1643	2708	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8445-2.0301	0.1924	141	0.1597	2624	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0301-2.3239	0.1995	156	0.1574	2614	X-RAY DIFFRACTION	90
2.3239-2.9278	0.202	129	0.1767	2595	X-RAY DIFFRACTION	87
2.9278-45.7415	0.1985	115	0.1718	2580	X-RAY DIFFRACTION	83

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2782	0.1218	0.0736	1.1892	-0.2498	3.1719	0.0306	-0.0065	-0.0247	-0.0057	-0.0074	-0.0082	0.1206	0.0611	0.118	0.0689	0.0069	0.0128	0.0475	-0.0146	0.0083	45.6335	55.2217	22.5154
2	6.3991	1.6028	2.0657	3.2037	0.4859	2.5591	0.0483	0.1214	-0.3595	-0.0136	0.1138	-0.0684	0.1467	0.0637	-0.1897	0.0425	0.0139	-0.022	0.1084	-0.0018	0.1583	54.7839	55.1901	39.465
3	1.5043	0.5123	0.6162	1.4111	0.7988	1.9452	0.0191	0.0837	-0.276	-0.0204	-0.0121	-0.1289	0.243	0.1526	-0.0989	0.0824	0.0287	-0.0013	0.0555	-0.0099	0.0982	49.9139	53.5642	25.0277
4	0.971	-0.1823	-0.5864	0.845	-0.0773	0.8585	-0.012	0.0187	-0.0383	-0.0892	0.0138	-0.1062	0.0793	0.1418	0.1095	0.0547	0.0037	0.0084	0.0791	-0.011	0.0064	51.9782	61.0833	19.0333
5	0.327	0.1549	-0.0749	0.9007	-0.0945	0.9746	0.0349	-0.1923	-0.081	0.1914	0.0144	-0.0657	0.0638	0.0786	0.0394	0.0673	0.0088	-0.0082	0.0882	0.0221	0.0337	48.0279	61.7866	40.4273
6	1.7072	-0.3552	-0.883	0.7525	0.3154	0.4818	0.1075	-0.0322	0.1112	-0.0921	0.0116	-0.2242	-0.1638	0.1482	-0.0235	0.0568	-0.0192	0.0249	0.1153	0.0149	0.0701	56.0252	70.3893	26.9935
7	0.5367	0.1635	-0.2039	0.9628	0.0072	1.686	0.0096	-0.1646	-0.0672	0.1614	0.0246	0.0227	0.0235	-0.05	-0.0246	0.0689	0.0048	0.0001	0.0887	0.0118	0.0314	43.3753	64.5177	41.215
8	2.7584	-1.8968	-1.0603	1.3292	0.6115	0.9593	0.0234	0.2235	0.0577	-0.1753	-0.0173	-0.2295	-0.0776	0.1326	-0.0126	0.0794	-0.0151	0.0432	0.1004	0.004	0.0865	54.1806	69.3255	16.2831
9	0.8622	-0.3859	0.0848	1.1022	-0.4895	3.5915	-0.0504	-0.0805	-0.2202	0.0164	-0.0077	0.0369	0.1315	0.0754	-0.0103	0.0463	0.0142	-0.0003	0.0757	0.0231	0.078	52.2357	59.4181	34.5331
10	0.4934	-0.0764	-0.0698	0.3253	-0.0471	1.0943	-0.0444	0.034	-0.0213	-0.0526	0.0052	0.0157	0.0814	-0.0541	-0.0951	0.0691	0.0018	0.009	0.0597	0.004	-0.0029	43.7713	60.5326	22.7105

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 8:16)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 17:22)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 23:36)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 37:56)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 57:73)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 74:82)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 83:99)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 100:107)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 108:122)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 123:137)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)