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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qqo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of C1QL3 mutant D205A | ||||||
要素 | Complement C1q-like protein 3 | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / Jelly roll fold / C1q / Brain-specific angiogenesis inhibitor G-protein coupled receptor 3 / extracellular | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 postsynaptic density assembly / collagen trimer / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / regulation of synapse organization / synaptic cleft / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / glutamatergic synapse / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.031 Å | ||||||
データ登録者 | Ressl, S. / Brunger, A.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2015 タイトル: Structures of C1q-like Proteins Reveal Unique Features among the C1q/TNF Superfamily. 著者: Ressl, S. / Vu, B.K. / Vivona, S. / Martinelli, D.C. / Sudhof, T.C. / Brunger, A.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4qqo.cif.gz | 42.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4qqo.ent.gz | 29.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4qqo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4qqo_validation.pdf.gz | 435.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4qqo_full_validation.pdf.gz | 437.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4qqo_validation.xml.gz | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4qqo_validation.cif.gz | 11.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/4qqo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/4qqo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15136.782 Da / 分子数: 1 / 変異: D205A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: C1ql3, C1ql, Ctrp13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9ESN4 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.23 % |
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結晶化 | 温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Bis-Tris, 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月25日 |
放射 | モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97945 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→44 Å / Num. obs: 6805 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3.7 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.03 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.161 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Rsym value: 0.209 / % possible all: 94.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.031→34.24 Å / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 23.4 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.031→34.24 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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