PDB-4qq8: Crystal structure of the formolase FLS in space group P 43 21 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qq8

タイトル

Crystal structure of the formolase FLS in space group P 43 21 2

要素

Formolase

キーワード

LYASE / formaldehyde lyase

機能・相同性

機能・相同性情報

acetolactate synthase complex / acetolactate synthase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / flavin adenine dinucleotide binding / lyase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.88 Å

データ登録者

Shen, B.W. / Siegel, J.B. / Stoddard, B.L.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Computational protein design enables a novel one-carbon assimilation pathway.
著者: Siegel, J.B. / Smith, A.L. / Poust, S. / Wargacki, A.J. / Bar-Even, A. / Louw, C. / Shen, B.W. / Eiben, C.B. / Tran, H.M. / Noor, E. / Gallaher, J.L. / Bale, J. / Yoshikuni, Y. / Gelb, M.H. / ...

履歴

登録	2014年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月8日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qq8.cif.gz	834.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qq8.ent.gz	692 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qq8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qq8_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qq8_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	4qq8_validation.xml.gz	73.3 KB	表示
CIF形式データ	4qq8_validation.cif.gz	100 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/4qq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/4qq8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qpzC 2agoS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3iae-1 4qpz-2 3eya-3 2ag1-d 4qpz-1 4rjk-2 3d7k-1 4rji-d 3eya-1 2uz1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (9) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Formolase

B: Formolase

C: Formolase

D: Formolase

ヘテロ分子

248 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.742, 144.742, 269.553
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	A	A	2 - 564	2 - 564
2	1	GLY	GLY	B	B	2 - 564	2 - 564
1	2	ALA	ALA	A	A	2 - 563	2 - 563
2	2	ALA	ALA	C	C	2 - 563	2 - 563
1	3	ALA	ALA	A	A	2 - 563	2 - 563
2	3	ALA	ALA	D	D	2 - 563	2 - 563
1	4	ALA	ALA	B	B	2 - 563	2 - 563
2	4	ALA	ALA	C	C	2 - 563	2 - 563
1	5	ALA	ALA	B	B	2 - 563	2 - 563
2	5	ALA	ALA	D	D	2 - 563	2 - 563
1	6	TYR	TYR	C	C	2 - 570	2 - 570
2	6	TYR	TYR	D	D	2 - 570	2 - 570

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Formolase / Benzaldehyde lyase 分子量: 61442.684 Da / 分子数: 4 / 変異: W89R, L90T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: bznB / 参照: UniProt: Q9F4L3
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸分子量: 425.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.18 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 14 to 16 % PEG3000, 100 mM TrisHCl, 150 mM Calcium acetate., pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 70 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月22日

放射

モノクロメーター: yale mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.88→127.52 Å / Num. all: 65530 / Num. obs: 64154 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 47.85 Å² / R_sym value: 0.132 / Net I/σ(I): 9.96

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
2.88-2.98	5.2	2.11	6122	0.845	1	95.1
2.98-3.1	5	2.51	6163	0.664	1	95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER	MR	位相決定
REFMAC	5.8.0071	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2AGO

2ago

解像度: 2.88→127.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 31.903 / SU ML: 0.253 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.309 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19874	3185	5 %	RANDOM
R_work	0.16907	-	-	-
obs	0.17054	60906	97.84 %	-
all	-	61944	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.234 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.88→127.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16708	0	124	50	16882

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	17210
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	16565
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.484	1.961	23479
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.037	3	37913
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.615	5	2266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.901	23.788	689
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.954	15	2577
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.327	15	107
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	2715
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	19865
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	3858
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.963	3.297	9067
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.952	3.296	9066
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.141	4.946	11332
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.142	4.947	11333
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.531	3.565	8142
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.53	3.566	8142
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.094	5.24	12148
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.461	26.472	18684
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.46	26.474	18685

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	33961	0.06
1	2	B	33961	0.06
2	1	A	34055	0.05
2	2	C	34055	0.05
3	1	A	34197	0.04
3	2	D	34197	0.04
4	1	B	33820	0.06
4	2	C	33820	0.06
5	1	B	34178	0.05
5	2	D	34178	0.05
6	1	C	34398	0.05
6	2	D	34398	0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.88→2.955 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.311	215	-
R_work	0.296	4291	-
obs	-	-	94.33 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9021	0.1203	-0.2641	0.8965	0.2798	0.939	0.0973	-0.0936	0.1959	-0.0187	-0.0058	0.0237	-0.2292	-0.0939	-0.0915	0.1487	0.0132	-0.0035	0.1325	-0.0184	0.0689	-6.3104	-27.6974	17.9395
2	0.8684	-0.0561	-0.3279	0.7806	0.2048	1.0307	0.0568	0.0742	0.0737	-0.1647	0.0841	-0.306	-0.0927	0.2826	-0.1409	0.1367	-0.0895	0.0472	0.2571	-0.1156	0.206	28.2543	-36.6465	8.2723
3	0.8591	-0.1891	0.3765	0.9175	0.1061	0.8889	0.0594	0.0126	-0.0842	-0.0572	-0.032	0.089	0.0932	-0.1534	-0.0274	0.1153	-0.064	-0.0016	0.1278	0.0051	0.0204	-16.8242	-66.9517	9.5611
4	0.8603	0.1218	0.2801	0.8912	-0.0966	0.9846	0.0639	-0.1115	-0.1725	0.161	0.0406	-0.2536	0.1837	0.2215	-0.1045	0.2155	0.0532	-0.0651	0.195	-0.0657	0.1579	18.369	-76.2417	16.0511
5	0.0724	0.0097	0.1386	0.0147	0.0601	0.4126	0.0782	-0.061	0.0036	0.0055	0.01	-0.0284	0.157	-0.0084	-0.0882	0.1139	-0.0161	0.01	0.2081	-0.0559	0.064	2.4769	-54.956	8.6255

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 564
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	601 - 602
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 564
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	601 - 602
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 570
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	601 - 602
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 570
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	601 - 602
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	701 - 729

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