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- PDB-4qpq: Mechanistic basis of plasmid-specific DNA binding of the F plasmi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qpq
タイトルMechanistic basis of plasmid-specific DNA binding of the F plasmid regulatory protein, TraM
要素
  • Relaxosome protein TraM
  • sbmA DNA1
  • sbmA DNA2
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / RHH Motif / DNA Binding / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TraM protein, DNA-binding / Relaxosome protein TraM / TraM, DNA-binding domain / TraM protein, DNA-binding / Integration host factor (IHF)-like DNA-binding domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Relaxosome protein TraM
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.106 Å
データ登録者Peng, Y. / Lu, J. / Wong, J. / Edwards, R.A. / Frost, L.S. / Glover, J.N.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Mechanistic Basis of Plasmid-Specific DNA Binding of the F Plasmid Regulatory Protein, TraM.
著者: Peng, Y. / Lu, J. / Wong, J.J. / Edwards, R.A. / Frost, L.S. / Mark Glover, J.N.
履歴
登録2014年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月22日Group: Database references
改定 1.22014年12月17日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Relaxosome protein TraM
B: Relaxosome protein TraM
C: Relaxosome protein TraM
D: Relaxosome protein TraM
E: Relaxosome protein TraM
F: Relaxosome protein TraM
G: Relaxosome protein TraM
H: Relaxosome protein TraM
P: sbmA DNA1
Q: sbmA DNA2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,35910
ポリマ－65,35910
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20580 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area28940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.057, 87.057, 217.843
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (resseq 2:51 )
21chain B and (resseq 2:51 )
31chain C and (resseq 2:51 )
41chain D and (resseq 2:51 )
51chain E and (resseq 2:51 )
61chain F and (resseq 2:51 )
71chain G and (resseq 2:51 )
81chain H and (resseq 2:51 )

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 2 - 51 / Label seq-ID: 1 - 50

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain A and (resseq 2:51 )AA
2chain B and (resseq 2:51 )BB
3chain C and (resseq 2:51 )CC
4chain D and (resseq 2:51 )DD
5chain E and (resseq 2:51 )EE
6chain F and (resseq 2:51 )FF
7chain G and (resseq 2:51 )GG
8chain H and (resseq 2:51 )HH

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.955814, -0.078361, 0.283336), (0.225301, -0.814385, 0.534806), (0.188837, 0.57501, 0.796055)-62.2052, 65.470398, -13.3782
2given(0.993804, 0.111114, -0.002758), (-0.102919, 0.92931, 0.354671), (0.041971, -0.35219, 0.934987)-40.5914, 11.7165, 10.7568
3given(-0.961199, 0.118068, 0.249314), (0.131972, -0.596828, 0.791441), (0.242241, 0.793635, 0.558089)-105.359001, 69.199303, -18.589001
4given(-0.973357, 0.224862, 0.044863), (0.211116, 0.95522, -0.207329), (-0.089475, -0.192334, -0.977242)-92.423302, 5.92663, -40.789001
5given(0.95245, 0.179377, -0.246299), (-0.12593, -0.504333, -0.854277), (-0.277454, 0.844673, -0.457763)-69.218102, 21.1262, -54.327
6given(-0.999002, -0.042894, 0.012418), (-0.041197, 0.992585, 0.114362), (-0.017231, 0.113736, -0.993362)-49.560799, 4.5565, -48.917702
7given(0.940784, -0.14108, -0.308256), (-0.316061, -0.693855, -0.647048), (-0.1226, 0.70616, -0.697358)-26.115299, 21.422899, -59.280102
詳細Four dimers bound to double stranded DNA

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要素

#1: タンパク質
Relaxosome protein TraM


分子量: 6017.867 Da / 分子数: 8 / 断片: F-Tram RHH Domain, UNP residues 2-54 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: traM, ECOK12F071 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10026
#2: DNA鎖 sbmA DNA1


分子量: 8663.552 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA
#3: DNA鎖 sbmA DNA2


分子量: 8552.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Tris, pH 7.0 and 17.5% PEG1000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月16日
放射モノクロメーター: unknown / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→1000 Å / Num. all: 15891 / Num. obs: 15891 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.2 % / Biso Wilson estimate: 86.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 0.984 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.1-3.210.78815370.9751100
3.21-3.3490.4515520.9621100
3.34-3.4910.50.56915370.9281100
3.49-3.6814.40.41815490.9561100
3.68-3.9114.70.30515660.9531100
3.91-4.21150.16215670.9941100
4.21-4.6315.50.10515941.0121100
4.63-5.316.70.09815991.0531100
5.3-6.6818.20.07916321.0241100
6.68-100019.30.03117580.945199.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.3_1479精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.106→46.956 Å / FOM work R set: 0.811 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2316 764 4.83 %RANDOM
Rwork0.2237 ---
obs0.2241 15804 99.72 %-
all-15804 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 252.19 Å2 / Biso mean: 120.58 Å2 / Biso min: 50.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.106→46.956 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3133 1147 0 0 4280
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034442
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5946221
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.023721
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001605
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0061719
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A384X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
12B384X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
13C384X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
14D384X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
15E384X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
16F384X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
17G384X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
18H384X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1065-3.34630.2521430.23462910305399
3.3463-3.68290.2831650.226729163081100
3.6829-4.21550.25681620.231529643126100
4.2155-5.310.24371460.229830423188100
5.31-46.96140.19881480.214432083356100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0649-0.08050.22636.3912.8495.6083-0.38490.1812-0.2998-0.51720.65930.91081.3243-0.8565-0.29310.9437-0.2561-0.1070.9797-0.02490.4542-54.714914.5875-33.4032
25.1071-0.769-1.7042.4629-1.69724.05580.24360.24610.1672-0.81230.1728-0.360.063-0.7412-0.56010.83790.0013-0.04891.35930.0770.7412-59.409726.1029-39.1498
33.6124-1.60160.58048.0595-0.79893.44460.73070.58990.3617-1.257-0.1742-0.7629-0.4779-0.396-0.53620.720.117-0.0570.85710.26140.6851-22.272228.7756-41.5392
45.8832-1.70361.11127.40140.54453.59410.68410.218-0.498-0.9622-0.2271-0.60231.22760.342-0.45991.01770.24580.0990.79840.07090.8087-16.450517.0873-40.811
55.71850.23250.51633.1701-3.40539.9302-0.1617-0.2515-0.2232-0.08760.92430.4521.455-1.1569-0.74370.8095-0.0082-0.03580.9470.03280.6164-35.536115.3318-7.3217
64.02840.52891.13746.21580.77289.55460.2571-0.32620.06220.5749-0.4291-0.9090.24980.6065-0.05630.59690.1659-0.20091.0016-0.08760.6403-27.953826.8164-4.6632
72.35410.9631-1.33795.5154-2.14628.27340.2453-0.64941.12040.46980.22710.1306-0.74740.4946-0.32490.52130.1475-0.00950.9643-0.16070.88328.796322.8393-7.384
83.9523-1.48532.31193.7778-2.42936.70140.09580.43720.0468-0.36830.5260.24210.7393-0.1186-0.43510.70690.18260.04890.78120.00410.90684.468411.9423-14.3284
91.94050.07331.26181.2897-0.2241.0783-0.5483-0.4970.63480.1680.0687-0.208-0.0789-0.25650.39710.68130.0726-0.10641.3005-0.02461.0098-24.49727.4902-23.8091
102.02772.02041.38790.92550.6141.3018-0.46170.02570.84960.00080.1282-0.133-0.0957-0.21330.16670.630.2364-0.0621.28820.04661.0553-26.257327.4345-22.207
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA2 - 51
2X-RAY DIFFRACTION2chain DD2 - 53
3X-RAY DIFFRACTION3chain BB2 - 53
4X-RAY DIFFRACTION4chain CC2 - 53
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE2 - 51
6X-RAY DIFFRACTION6chain HH2 - 52
7X-RAY DIFFRACTION7chain FF2 - 53
8X-RAY DIFFRACTION8chain GG2 - 51
9X-RAY DIFFRACTION9chain PP1 - 28
10X-RAY DIFFRACTION10chain QQ1 - 28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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