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- PDB-4qp6: Crystal Structure of ERK2 in complex with 5H-pyrrolo[2,3-b]pyrazine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qp6
タイトルCrystal Structure of ERK2 in complex with 5H-pyrrolo[2,3-b]pyrazine
要素Mitogen-activated protein kinase 1
キーワードtransferase/transferase inhibitor / Kinase / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phospho-PLA2 pathway / interleukin-34-mediated signaling pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process ...phospho-PLA2 pathway / interleukin-34-mediated signaling pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / response to epidermal growth factor / Signaling by NODAL / Signaling by MAP2K mutants / ERKs are inactivated / RSK activation / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Regulation of the apoptosome activity / positive regulation of macrophage proliferation / regulation of cellular pH / outer ear morphogenesis / Signaling by LTK in cancer / regulation of Golgi inheritance / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / ERBB signaling pathway / labyrinthine layer blood vessel development / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / IFNG signaling activates MAPKs / regulation of stress-activated MAPK cascade / Frs2-mediated activation / positive regulation of macrophage chemotaxis / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / Activation of the AP-1 family of transcription factors / regulation of cytoskeleton organization / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / ERK/MAPK targets / response to exogenous dsRNA / pseudopodium / MAPK1 (ERK2) activation / lung morphogenesis / face development / positive regulation of telomere maintenance / Recycling pathway of L1 / Bergmann glial cell differentiation / thyroid gland development / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / peptidyl-threonine phosphorylation / negative regulation of cell differentiation / regulation of ossification / MAP kinase activity / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mitogen-activated protein kinase / Signal attenuation / phosphatase binding / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Growth hormone receptor signaling / Schwann cell development / stress-activated MAPK cascade / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / NPAS4 regulates expression of target genes / ERK1 and ERK2 cascade / phosphotyrosine residue binding / myelination / NCAM signaling for neurite out-growth / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / cellular response to amino acid starvation / Negative regulation of FGFR3 signaling / ESR-mediated signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / thymus development / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Regulation of PTEN gene transcription / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Spry regulation of FGF signaling / Signal transduction by L1 / B cell receptor signaling pathway / response to nicotine / FCGR3A-mediated phagocytosis / Oncogene Induced Senescence / FCERI mediated MAPK activation / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / regulation of protein stability / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / caveola / Negative regulation of MAPK pathway / epidermal growth factor receptor signaling pathway / long-term synaptic potentiation / Interferon gamma signaling
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5H-pyrrolo[2,3-b]pyrazine / IMIDAZOLE / Mitogen-activated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Yin, J. / Wang, W.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Fragment-based discovery of potent ERK2 pyrrolopyrazine inhibitors.
著者: Burdick, D.J. / Wang, S. / Heise, C. / Pan, B. / Drummond, J. / Yin, J. / Goeser, L. / Magnuson, S. / Blaney, J. / Moffat, J. / Wang, W. / Chen, H.
履歴
登録2014年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references
改定 1.22025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 1
B: Mitogen-activated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5635
ポリマ－85,2562
非ポリマー3073
水00
1
A: Mitogen-activated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8163
ポリマ－42,6281
非ポリマー1882
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mitogen-activated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7472
ポリマ－42,6281
非ポリマー1191
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.533, 82.533, 275.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 1 / MAP kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform ...MAP kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK / Mitogen-activated protein kinase 2 / MAP kinase 2 / MAPK 2


分子量: 42627.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK1, ERK2, PRKM1, PRKM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28482, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-36N / 5H-pyrrolo[2,3-b]pyrazine


分子量: 119.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5N3
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG3350, 0.2 M proline, and 0.1 M HEPES pH7.5, in a 24-well Linbro plates incubated at 4C, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 18239 / Num. obs: 18239 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 3.1→3.11 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→49.273 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 24.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2509 1649 5 %
Rwork0.2128 --
obs0.2147 -99.91 %
all-18239 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→49.273 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5533 0 23 0 5556
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035693
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8477711
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9492149
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064842
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003990
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.19120.361310.30112637X-RAY DIFFRACTION100
3.1912-3.29420.28951370.28012621X-RAY DIFFRACTION100
3.2942-3.41190.31741330.26252611X-RAY DIFFRACTION100
3.4119-3.54850.25051550.24512587X-RAY DIFFRACTION100
3.5485-3.70990.29171370.21722610X-RAY DIFFRACTION100
3.7099-3.90540.22471590.19392609X-RAY DIFFRACTION100
3.9054-4.150.22751340.1952602X-RAY DIFFRACTION100
4.15-4.47020.22171690.17832576X-RAY DIFFRACTION100
4.4702-4.91970.25291500.17862595X-RAY DIFFRACTION100
4.9197-5.63080.20631320.20532626X-RAY DIFFRACTION100
5.6308-7.09080.3014990.22642660X-RAY DIFFRACTION100
7.0908-49.27930.22231130.19562625X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.93-0.35740.03021.38740.22580.6845-0.3235-0.5365-0.31860.37040.4520.30110.0533-0.04210.08460.34020.20080.06970.41920.13580.3803-21.5075-28.7997-18.4463
22.4371-0.25680.56641.5197-0.84381.6894-0.1614-0.1076-0.0149-0.05350.0413-0.1549-0.0210.1435-0.01610.15880.00190.0170.184-0.01170.21454.9421-31.6286-27.9225
31.0723-0.52730.37060.7368-0.52810.6317-0.0495-0.1118-0.22790.24260.0055-0.34830.3650.3506-0.00620.36370.1289-0.09150.30580.02510.29153.9209-61.797-53.3162
40.6255-0.07030.86631.34370.91772.9206-0.1641-0.01480.0377-0.03410.04720.0989-0.3274-0.2112-0.04680.267-0.0013-0.01520.2493-0.00570.2566-12.3941-42.0217-62.8109
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 12:108 OR RESID 335:360 ) )A12 - 108
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 12:108 OR RESID 335:360 ) )A335 - 360
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 109:334 )A109 - 334
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND ( RESID 12:108 OR RESID 335:357 ) )B12 - 108
5X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND ( RESID 12:108 OR RESID 335:357 ) )B335 - 357
6X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 109:334 )B109 - 334

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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