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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qnw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of EasA, an old yellow enzyme from Aspergillus fumigatus | ||||||
![]() | Chanoclavine-I aldehyde reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ergot alkaloid / old yellow enzyme / alpha/beta barrel / reductase | ||||||
機能・相同性 | ![]() chanoclavine-I aldehyde reductase / ergot alkaloid biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-NH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NADPH dehydrogenase activity / FMN binding / oxidoreductase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lamb, A.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of an Aspergillus fumigatus old yellow enzyme (EasA) involved in ergot alkaloid biosynthesis. 著者: Chilton, A.S. / Ellis, A.L. / Lamb, A.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 93.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 69.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 790.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 792.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1oyaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43976.770 Da / 分子数: 1 / 断片: EasA / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-FMN / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.38 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 230 mM ammonium sulfate, 100mM MES, pH 6.0, and 30% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年1月29日 |
放射 | モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97945 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→38.41 Å / Num. all: 44595 / Num. obs: 43809 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 23.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.399 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 6332 / % possible all: 97.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 1OYA 解像度: 1.8→35.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 2.095 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.117 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.593 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.63 Å
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拘束条件 |
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