PDB-4qnu: Crystal structure of CmoB bound with Cx-SAM in P21212

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qnu

タイトル

Crystal structure of CmoB bound with Cx-SAM in P21212

要素

tRNA (mo5U34)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / Rossmannfold

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA wobble uridine modification / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Kim, J. / Toro, R. / Bhosle, R. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Determinants of the CmoB carboxymethyl transferase utilized for selective tRNA wobble modification.
著者: Kim, J. / Xiao, H. / Koh, J. / Wang, Y. / Bonanno, J.B. / Thomas, K. / Babbitt, P.C. / Brown, S. / Lee, Y.S. / Almo, S.C.

履歴

登録	2014年6月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.2	2015年6月10日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qnu.cif.gz	520.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qnu.ent.gz	427.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qnu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qnu_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qnu_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	4qnu_validation.xml.gz	92.3 KB	表示
CIF形式データ	4qnu_validation.cif.gz	123.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/4qnu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/4qnu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qnvC 4qnxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4qnv-2 4qnx-2 4qnv-1 5bz0-d 4hcp-d 2vut-5 1sd0-d 4qms-d 4rh0-d 1ep9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-012596

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (mo5U34)-methyltransferase

B: tRNA (mo5U34)-methyltransferase

C: tRNA (mo5U34)-methyltransferase

D: tRNA (mo5U34)-methyltransferase

E: tRNA (mo5U34)-methyltransferase

F: tRNA (mo5U34)-methyltransferase

G: tRNA (mo5U34)-methyltransferase

H: tRNA (mo5U34)-methyltransferase

ヘテロ分子

301 kDa, 8 ポリマー
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1

A: tRNA (mo5U34)-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: tRNA (mo5U34)-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: tRNA (mo5U34)-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: tRNA (mo5U34)-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.6 kDa, 1 ポリマー
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5

E: tRNA (mo5U34)-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.6 kDa, 1 ポリマー
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6

F: tRNA (mo5U34)-methyltransferase

ヘテロ分子

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7

G: tRNA (mo5U34)-methyltransferase

ヘテロ分子

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37.6 kDa, 1 ポリマー
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8

H: tRNA (mo5U34)-methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	184.803, 347.551, 59.415
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 323 / Label seq-ID: 1 - 323

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	tRNA (mo5U34)-methyltransferase 分子量: 37052.488 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: APECO1_921, cmoB, Ecok1_17280 / プラスミド: LIC pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: A1AC32, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-GEK / (2S)-4-[{[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl}(carboxylatomethyl)sulfonio] -2-ammoniobutanoate / CARBOXY-S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 442.447 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₂N₆O₇S
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES:NaOH pH 7.5, 0.2M MgCl2, 30% (v/v) PEG400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月3日
放射	モノクロメーター: Double silicon(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.58→50 Å / Num. all: 118227 / Num. obs: 100578 / % possible obs: 85.1 % / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 2.58→2.62 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.739 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 87.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→43.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 11.117 / SU ML: 0.231 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.882 / ESU R Free: 0.338 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.256	5047	5 %	RANDOM
R_work	0.22107	-	-	-
obs	0.22284	95523	84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.483 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.13 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→43.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20633	0	290	339	21262

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	21472
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	20393
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.286	1.97	29240
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.998	3.004	46823
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.396	5	2559
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.182	23.528	978
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.748	15	3561
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.416	15	155
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	3212
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	23897
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	4990
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.601	4.477	10296
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.601	4.477	10296
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.687	6.706	12835
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.686	6.706	12836
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.092	4.852	11176
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.03	4.847	11137
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.394	7.115	16346
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.449	36.044	24089
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.449	36.044	24090
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	20037	0.08
1	2	B	20037	0.08
2	1	A	20021	0.08
2	2	C	20021	0.08
3	1	A	20541	0.07
3	2	D	20541	0.07
4	1	A	20110	0.08
4	2	E	20110	0.08
5	1	A	20601	0.06
5	2	F	20601	0.06
6	1	A	20441	0.07
6	2	G	20441	0.07
7	1	A	20470	0.07
7	2	H	20470	0.07
8	1	B	19892	0.08
8	2	C	19892	0.08
9	1	B	20250	0.07
9	2	D	20250	0.07
10	1	B	20109	0.06
10	2	E	20109	0.06
11	1	B	20071	0.07
11	2	F	20071	0.07
12	1	B	20309	0.06
12	2	G	20309	0.06
13	1	B	20133	0.08
13	2	H	20133	0.08
14	1	C	20118	0.07
14	2	D	20118	0.07
15	1	C	19946	0.08
15	2	E	19946	0.08
16	1	C	20262	0.07
16	2	F	20262	0.07
17	1	C	20090	0.07
17	2	G	20090	0.07
18	1	C	20288	0.07
18	2	H	20288	0.07
19	1	D	20207	0.06
19	2	E	20207	0.06
20	1	D	20484	0.07
20	2	F	20484	0.07
21	1	D	20735	0.06
21	2	G	20735	0.06
22	1	D	20457	0.07
22	2	H	20457	0.07
23	1	E	20188	0.07
23	2	F	20188	0.07
24	1	E	20238	0.06
24	2	G	20238	0.06
25	1	E	20210	0.07
25	2	H	20210	0.07
26	1	F	20446	0.07
26	2	G	20446	0.07
27	1	F	20544	0.06
27	2	H	20544	0.06
28	1	G	20515	0.06
28	2	H	20515	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.663 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.406	296	-
R_work	0.361	5653	-
obs	-	-	68.61 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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