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- PDB-4qns: Crystal structure of bromodomain from Plasmodium faciparum GCN5, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qns
タイトルCrystal structure of bromodomain from Plasmodium faciparum GCN5, PF3D7_0823300
要素Histone acetyltransferase GCN5, putative
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / bromodomain / histone / malaria
機能・相同性
機能・相同性情報


: / histone H3 acetyltransferase activity / histone acetyltransferase complex / chromatin remodeling / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone acetyltransferase GCN5 / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain ...Histone acetyltransferase GCN5 / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Histone acetyltransferase GCN5
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.497 Å
データ登録者Fonseca, M. / Tallant, C. / Knapp, S. / Loppnau, P. / von Delft, F. / Wernimont, A.K. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Hui, R. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of bromodomain from Plasmodium faciparum GCN5, PF3D7_0823300
著者: Fonseca, M. / Tallant, C. / Knapp, S. / Loppnau, P. / Hui, R. / Wernimont, A.K. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C.
履歴
登録2014年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone acetyltransferase GCN5, putative
B: Histone acetyltransferase GCN5, putative
C: Histone acetyltransferase GCN5, putative
D: Histone acetyltransferase GCN5, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,87022
ポリマ－50,4904
非ポリマー1,38018
水8,179454
1
A: Histone acetyltransferase GCN5, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0016
ポリマ－12,6221
非ポリマー3785
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histone acetyltransferase GCN5, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1287
ポリマ－12,6221
非ポリマー5056
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Histone acetyltransferase GCN5, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8774
ポリマ－12,6221
非ポリマー2543
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Histone acetyltransferase GCN5, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8655
ポリマ－12,6221
非ポリマー2424
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
B: Histone acetyltransferase GCN5, putative
ヘテロ分子

C: Histone acetyltransferase GCN5, putative
ヘテロ分子

A: Histone acetyltransferase GCN5, putative
D: Histone acetyltransferase GCN5, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,87022
ポリマ－50,4904
非ポリマー1,38018
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_447-x-1,y-1/2,-z+21
crystal symmetry operation2_548-x,y-1/2,-z+31
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7210 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area21450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.217, 98.871, 50.439
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.630, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細AUTHORS HAVE INDICATED THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

-
要素

#1: タンパク質
Histone acetyltransferase GCN5, putative


分子量: 12622.471 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: gcn5, PF08_0034, PFNF54_02299 / プラスミド: pet15mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8IB67
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.34 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 2.0 M Ammonium sulfate 0.1 M sodium acetate pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97623 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→29 Å / Num. all: 74520 / Num. obs: 74224 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 11.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 13.9 / Scaling rejects: 42
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
1.5-1.526.10.4873.921749356795.8
8.2-296.30.06232.5296646897.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
Aimless0.3.5データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.497→28.999 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1868 3595 4.85 %random
Rwork0.1563 ---
obs0.1578 74191 99.59 %-
all-74496 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.09 Å2 / Biso mean: 16.5608 Å2 / Biso min: 5.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.497→28.999 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3493 0 80 454 4027
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063856
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.055233
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044538
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006673
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6221489
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4968-1.51650.23661240.22172606273095
1.5165-1.53730.18031210.179126942815100
1.5373-1.55920.22351070.174627352842100
1.5592-1.58250.20491450.16527332878100
1.5825-1.60720.2031520.171227252877100
1.6072-1.63360.22611360.170226612797100
1.6336-1.66170.2051370.169827172854100
1.6617-1.69190.20121320.16262706283899
1.6919-1.72450.17491630.163326772840100
1.7245-1.75970.21671420.152327272869100
1.7597-1.79790.17021130.143927522865100
1.7979-1.83980.17161420.146527042846100
1.8398-1.88580.19991320.147527182850100
1.8858-1.93670.19391580.156527362894100
1.9367-1.99370.20231250.156426852810100
1.9937-2.0580.18521390.155527552894100
2.058-2.13160.1771300.151627142844100
2.1316-2.21690.16551650.143227142879100
2.2169-2.31770.18111360.150227102846100
2.3177-2.43990.16591410.153927302871100
2.4399-2.59270.2311570.163827082865100
2.5927-2.79270.20371280.169927512879100
2.7927-3.07340.17511420.168827232865100
3.0734-3.51750.20121550.15712699285499
3.5175-4.42920.15861250.13432751287699
4.4292-29.00410.17051480.15432765291399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4353-1.7386-2.73333.08711.46793.7039-0.10190.0809-0.06420.0152-0.01340.1073-0.0162-0.10450.00790.07540.0074-0.01990.0910.02230.1181-44.815137.428751.9799
21.1623-0.17480.07511.9493-0.52731.3395-0.0143-0.0289-0.0966-0.0096-0.0816-0.09940.1490.10680.02750.10930.00860.00060.11380.01260.1132-30.102621.214452.1418
31.6282-0.759-2.22352.86490.22993.32150.0070.1938-0.0252-0.07750.02950.15290.0837-0.211-0.0270.1104-0.0111-0.01230.09540.02990.1269-42.499627.471454.1908
41.1787-0.1029-0.03991.3867-0.03520.6907-0.0928-0.2024-0.01430.15310.0662-0.09940.05320.0263-0.01190.0939-0.0038-0.00230.08140.01040.1103-31.050531.50856.1559
51.3507-0.8046-0.24632.66090.13951.00430.03420.08270.1058-0.2079-0.0082-0.1120.0249-0.0849-0.00760.0865-0.00460.01220.05970.00040.0966-28.864835.685246.5863
63.0883-1.4862-1.62551.23891.07551.7966-0.03880.05920.1798-0.01590.0656-0.112-0.08820.0904-0.02230.07860.0074-0.01220.11560.01050.0742-26.236163.037124.6597
72.48480.0343-1.19870.28020.23972.63760.004-0.29120.00630.1634-0.04050.08490.21230.13230.07180.16280.0012-0.0010.15180.01610.1573-38.781760.315241.615
80.9586-0.3629-0.13140.45540.2991.0503-0.03550.04960.01730.0488-0.0334-0.01550.00580.02110.06420.08770.0121-0.00950.0868-0.00830.0689-34.955660.374227.4403
93.8632-0.81471.93852.8328-1.11853.0858-0.0706-0.3660.31390.11180.05090.0849-0.4038-0.2590.07470.12430.03530.00190.1592-0.03150.1274-28.509968.349566.3287
100.93040.4276-0.26730.7589-0.34321.8073-0.0014-0.03650.06350.0112-0.0503-0.0632-0.15660.11470.04390.09860.0021-0.00920.08260.00040.0809-10.482765.891759.2222
114.3279-2.04210.69632.3818-0.88391.702-0.134-0.19430.44670.0381-0.03150.135-0.28-0.07740.05080.14520.0185-0.03750.0999-0.03770.1804-22.863574.355462.1263
121.44492.28580.64715.29382.21521.3739-0.25360.22090.5016-0.2768-0.01970.2987-0.3406-0.09050.13890.20190.0577-0.07750.17490.01510.2465-29.563875.76156.1614
131.17180.3293-0.11090.7195-0.08790.8936-0.0173-0.00950.04810.0445-0.00050.0126-0.0304-0.06450.02030.06820.0057-0.00720.0688-0.01090.0597-20.142458.839559.1932
143.9311.7661-1.11222.5198-0.99852.6615-0.03650.1797-0.5742-0.30220.0561-0.24710.20580.13760.0410.12560.01330.02230.1114-0.04130.2344-5.526338.448342.734
154.2219-0.27770.0191.47481.32081.22440.0009-0.231-0.33520.25210.0419-0.14140.1511-0.063-0.02420.1126-0.0018-0.0050.07370.00790.1171-19.572438.746949.9147
162.2244-0.93230.35532.7290.21441.3839-0.01680.0259-0.0484-0.22540.04140.2982-0.0616-0.25640.03790.110.0281-0.02340.13190.02270.0916-25.495651.171540.6357
175.51870.579-2.8472.1461-1.2753.3343-0.06780.4943-0.4123-0.43460.1881-0.16880.13440.0586-0.01290.1805-0.00680.00420.1526-0.0610.1406-11.898642.505336.2689
181.20650.1279-0.02651.00450.25810.7567-0.02510.0919-0.0629-0.06580.0175-0.10460.07070.0271-0.02830.07110.00430.00690.0615-0.00490.0766-12.711748.077148.3094
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1355 through 1374 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1375 through 1402 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1403 through 1411 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1412 through 1440 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1441 through 1460 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1355 through 1381 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1382 through 1402 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1403 through 1460 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 1360 through 1373 )C0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1374 through 1402 )C0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1403 through 1411 )C0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1412 through 1417 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 1418 through 1460 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 1359 through 1374 )D0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 1375 through 1381 )D0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 1382 through 1402 )D0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 1403 through 1411 )D0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 1412 through 1460 )D0

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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