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- PDB-4qnp: Crystal structure of the 2009 pandemic H1N1 influenza virus neura... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qnp
タイトルCrystal structure of the 2009 pandemic H1N1 influenza virus neuraminidase with a neutralizing antibody
要素
  • (neutralizing antibody, ...) x 2
  • Neuraminidase
キーワードHYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / influenza / neuraminidase / antibody / neutralizing antibody / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / B cell differentiation / viral budding from plasma membrane / membrane => GO:0016020 / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane ...exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / B cell differentiation / viral budding from plasma membrane / membrane => GO:0016020 / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Neuraminidase / Immunoglobulin kappa constant / Neuraminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wan, H.Q. / Yang, H. / Shore, D.A. / Garten, R.J. / Couzens, L. / Gao, J. / Jiang, L.L. / Carney, P.J. / Villanueva, J. / Stevens, J. / Eichelberger, M.C.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural characterization of a protective epitope spanning A(H1N1)pdm09 influenza virus neuraminidase monomers.
著者: Wan, H. / Yang, H. / Shore, D.A. / Garten, R.J. / Couzens, L. / Gao, J. / Jiang, L. / Carney, P.J. / Villanueva, J. / Stevens, J. / Eichelberger, M.C.
履歴
登録2014年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuraminidase
B: Neuraminidase
F: neutralizing antibody, light chain
E: neutralizing antibody, heavy chain
L: neutralizing antibody, light chain
H: neutralizing antibody, heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,92416
ポリマ－180,0316
非ポリマー1,89410
水3,261181
1
A: Neuraminidase
B: Neuraminidase
F: neutralizing antibody, light chain
E: neutralizing antibody, heavy chain
L: neutralizing antibody, light chain
H: neutralizing antibody, heavy chain
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
B: Neuraminidase
F: neutralizing antibody, light chain
E: neutralizing antibody, heavy chain
L: neutralizing antibody, light chain
H: neutralizing antibody, heavy chain
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
B: Neuraminidase
F: neutralizing antibody, light chain
E: neutralizing antibody, heavy chain
L: neutralizing antibody, light chain
H: neutralizing antibody, heavy chain
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
B: Neuraminidase
F: neutralizing antibody, light chain
E: neutralizing antibody, heavy chain
L: neutralizing antibody, light chain
H: neutralizing antibody, heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)727,69864
ポリマ－720,12224
非ポリマー7,57640
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-11
crystal symmetry operation4_554x,-y,-z-11
Buried area84690 Å2
ΔGint-510 kcal/mol
Surface area234280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.290, 202.951, 143.968
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12F
22L
13E
23H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERILEILEAA82 - 4671 - 386
21SERSERILEILEBB82 - 4671 - 386
12GLNGLNARGARGFC1 - 2101 - 210
22GLNGLNARGARGLE1 - 2101 - 210
13GLNGLNARGARGED1 - 2241 - 224
23GLNGLNARGARGHF1 - 2241 - 224

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Neuraminidase


分子量: 42483.363 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 82-467 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: NA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: S5N0T0, UniProt: D5KL82*PLUS, exo-alpha-sialidase

-
抗体 , 2種, 4分子 FLEH

#2: 抗体 neutralizing antibody, light chain


分子量: 23269.615 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / Cell: hybridoma / 参照: UniProt: P01837*PLUS
#3: 抗体 neutralizing antibody, heavy chain


分子量: 24262.281 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / Cell: hybridoma

-
糖 , 2種, 6分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 185分子

#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.09 M malonic acid, 0.013 M ammonium citrate tribasic, 0.006 M succinic acid, 0.015 M DL-malic acid, 0.02 M sodium acetate, 0.025 M sodium formate, 0.008 M ammonium tartrate dibasic, 0.1 M ...詳細: 0.09 M malonic acid, 0.013 M ammonium citrate tribasic, 0.006 M succinic acid, 0.015 M DL-malic acid, 0.02 M sodium acetate, 0.025 M sodium formate, 0.008 M ammonium tartrate dibasic, 0.1 M HEPES/NaOH, 10% w/v PEG8000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月15日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→47.853 Å / Num. all: 52272 / Num. obs: 48574 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4B7M

4b7m


解像度: 2.8→47.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 26.084 / SU ML: 0.243 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.346 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22379 2458 5.1 %RANDOM
Rwork0.18103 ---
all0.19 48633 --
obs0.18318 46115 92.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.269 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12635 0 116 181 12932
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0213113
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0211768
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6121.94417870
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.957327189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3451637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.6124.011541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.025152030
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3541562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21947
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02114915
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.023039
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4693.7526566
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4693.7516565
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9585.6248197
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.9585.6248198
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7983.9736546
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7983.9746547
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.4295.8689674
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.40730.01214332
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.40429.99714314
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A227910.07
12B227910.07
21F110050.1
22L110050.1
31E119890.1
32H119890.1
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 179 -
Rwork0.236 3291 -
obs--91.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5964-0.04160.0430.36870.10530.5401-0.003-0.0605-0.12820.00230.00870.00440.0563-0.0514-0.00580.1017-0.01330.0090.0132-0.00050.119345.065-29.3939-78.8716
20.58520.0809-0.15920.37270.17310.4591-0.0211-0.0708-0.09760.0198-0.0023-0.01760.05840.04960.02350.10690.00150.00440.01480.02850.096865.2434-29.317-44.9645
31.9349-0.0478-0.6280.2187-0.14560.32550.01980.1815-0.1510.0277-0.0280.0429-0.0392-0.04240.00820.0702-0.03670.00250.0844-0.06290.0942.3292-19.0855-48.1479
42.13270.158-0.03520.1016-0.09140.10360.0621-0.1881-0.2666-0.0179-0.0566-0.0247-0.00960.0516-0.00550.08-0.014-0.00940.0491-0.00040.094615.654-19.1468-34.9936
50.5388-0.2611.01310.2814-0.17312.5680.0022-0.05790.05150.049-0.0284-0.04680.1426-0.22680.02620.0766-0.04680.01040.06070.02310.0596.0279-18.8006-2.4556
60.252-0.14950.23230.1109-0.00541.7006-0.02280.0682-0.0415-0.0044-0.03370.03770.15480.13160.05650.1142-0.0080.00840.03450.01970.0704109.2558-19.1412-15.6365
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A82 - 467
2X-RAY DIFFRACTION1A501 - 506
3X-RAY DIFFRACTION2B82 - 467
4X-RAY DIFFRACTION2B501 - 506
5X-RAY DIFFRACTION3F1 - 212
6X-RAY DIFFRACTION4E1 - 224
7X-RAY DIFFRACTION5L1 - 211
8X-RAY DIFFRACTION6H1 - 224

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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