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- PDB-4qnc: Crystal structure of a SemiSWEET in an occluded state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qnc
タイトルCrystal structure of a SemiSWEET in an occluded state
要素chemical transport protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


D-glucose transmembrane transporter activity / D-glucose transmembrane transport / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Monooxygenase - #290 / PQ-loop repeat / PQ loop repeat / Monooxygenase / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PENTADECANE / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Sugar transporter SemiSWEET
類似検索 - 構成要素
生物種Leptospira biflexa serovar Patoc (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.388 Å
データ登録者Yan, X. / Yuyong, T. / Liang, F. / Perry, K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structures of bacterial homologues of SWEET transporters in two distinct conformations.
著者: Xu, Y. / Tao, Y. / Cheung, L.S. / Fan, C. / Chen, L.Q. / Xu, S. / Perry, K. / Frommer, W.B. / Feng, L.
履歴
登録2014年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月17日Group: Database references
改定 1.22014年12月17日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: chemical transport protein
B: chemical transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,72510
ポリマ－21,4502
非ポリマー2,2768
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5070 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area9750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.907, 51.833, 46.963
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.87, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 chemical transport protein


分子量: 10724.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leptospira biflexa serovar Patoc (バクテリア)
株: Patoc 1 / ATCC 23582 / Paris / 遺伝子: LEPBI_I1613 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0SR19
#2: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 化合物
ChemComp-MYS / PENTADECANE / ペンタデカン


分子量: 212.415 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H32
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 11

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.5
詳細: 100mM HEPES pH7.5, 150mM (NH4)2SO4, 10% PEG400, lipid cubic phase, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 23-ID-D10.9794
シンクロトロンAPS 23-ID-B20.9794
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2013年8月16日
2
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double crystal cryo-cooled Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2x-ray1
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.388→50 Å / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.203 / Rsym value: 0.203 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.556 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.556 / % possible all: 79.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.388→36.774 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2758 310 4.64 %
Rwork0.2662 --
obs0.2666 6684 93.84 %
all-6683 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.388→36.774 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1332 0 146 14 1492
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051500
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9751992
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.176608
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046231
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005217
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.388-3.00840.33351580.29243034X-RAY DIFFRACTION91
3.0084-36.77820.25271520.25773340X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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