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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qn8 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of an effector protein VipE from Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 | ||||||
![]() | VipE | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | BETA-MERCAPTOETHANOL / VipE![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tan, K. / Xu, X. / Cui, H. / Liu, S. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of an effector protein VipE from Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 著者: Tan, K. / Xu, X. / Cui, H. / Liu, S. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 196.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 168.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 455.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS EXPERIMENTALLY UNKNOWN. The protein is predicted to be monomeric. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17548.945 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 1-153 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Philadelphia 1 / 遺伝子: lpg2813, vipE / プラスミド: p15TvLic / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-BME / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.2 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Bis-Tris, 1.5M Ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月16日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→30.5 Å / Num. all: 48733 / Num. obs: 48733 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 23.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 24.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.629 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.751→30.434 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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