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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qmm | ||||||
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タイトル | MST3 IN COMPLEX WITH AT-9283, 4-[(2-{4-[(CYCLOPROPYLCARBAMOYL)AMINO]-1H-PYRAZOL-3-YL}-1H-BENZIMIDAZOL-6-YL)METHYL]MORPHOLIN-4-IUM | ||||||
![]() | Serine/threonine-protein kinase 24 | ||||||
![]() | Transferase/transferase inhibitor / PROTEIN KINASE / MST3 / STK24 / STERILE 20-LIKE KINASE / ATP-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / PHOSPHOPROTEIN / SERINE/THREONINE-TRANSFERASE / Transferase-transferase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Apoptotic execution phase / regulation of axon regeneration / execution phase of apoptosis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / positive regulation of axon regeneration / Apoptotic cleavage of cellular proteins / cellular response to starvation / negative regulation of cell migration / cellular response to oxidative stress / protein autophosphorylation ...Apoptotic execution phase / regulation of axon regeneration / execution phase of apoptosis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / positive regulation of axon regeneration / Apoptotic cleavage of cellular proteins / cellular response to starvation / negative regulation of cell migration / cellular response to oxidative stress / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / cadherin binding / Golgi membrane / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleolus / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Olesen, S.H. / Watts, C. / Zhu, J.-Y. / Schonbrunn, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Discovery of Diverse Small-Molecule Inhibitors of Mammalian Sterile20-like Kinase 3 (MST3). 著者: Olesen, S.H. / Zhu, J.Y. / Martin, M.P. / Schonbrunn, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 138.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 106.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 745.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 747.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4qmlC ![]() 4qmnC ![]() 4qmoC ![]() 4qmpC ![]() 4qmqC ![]() 4qmsC ![]() 4qmtC ![]() 4qmuC ![]() 4qmvC ![]() 4qmwC ![]() 4qmxC ![]() 4qmyC ![]() 4qmzC ![]() 4qnaC ![]() 4qo9C ![]() 3ckwS ![]() 4qmr C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | monomer per ASU |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 35023.934 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 1-303 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9Y6E0, non-specific serine/threonine protein kinase |
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-非ポリマー , 5種, 192分子 ![](data/chem/img/35R.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-35R / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
配列の詳細 | THE CRYSTALLIZ |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.15 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 12.5 mg/mL MST3, 1 mM AT-9283, 25 mM TRIS, 50 MM HEPES pH 7.5, 125 mM SODIUM CHLORIDE, 100 mM MAGNESIUM CHLORIDE, 15% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月19日 |
放射 | モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→20 Å / Num. obs: 29959 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.035 / Net I/σ(I): 41.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.58 / Rsym value: 0.188 / % possible all: 87.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 3CKW 解像度: 1.852→19.89 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.87 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.852→19.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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