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- PDB-4qmk: Crystal structure of type III effector protein ExoU (exoU) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qmk
タイトルCrystal structure of type III effector protein ExoU (exoU)
要素Type III secretion system effector protein ExoU
キーワードTOXIN / type III secretion system / Pseudomonas fluorescens A506 / type III effector protein ExoU / Infectious Diseases / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / membrane localization domain / PLA2 domain / patatin-like phospholipase domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #100 / Cytosolic phospholipase A2 catalytic domain / Cytosolic phospholipase A2 catalytic domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / :
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Tyson, G.H. / Zhang, A. / Hauser, A.R. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: A Novel Phosphatidylinositol 4,5-Bisphosphate Binding Domain Mediates Plasma Membrane Localization of ExoU and Other Patatin-like Phospholipases.
著者: Tyson, G.H. / Halavaty, A.S. / Kim, H. / Geissler, B. / Agard, M. / Satchell, K.J. / Cho, W. / Anderson, W.F. / Hauser, A.R.
履歴
登録2014年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Database references
改定 1.22015年2月25日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type III secretion system effector protein ExoU
B: Type III secretion system effector protein ExoU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,6143
ポリマ－145,5362
非ポリマー781
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area49620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.218, 115.341, 88.443
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 22 - 639 / Label seq-ID: 34 - 651

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Type III secretion system effector protein ExoU


分子量: 72768.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: A506 / 遺伝子: exoU, PflA506_5017 / プラスミド: pEcoli (from Clontech) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/Magic / 参照: UniProt: I2BZ03
#2: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.46 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: protein: 5.8 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 500 mM NaCl, 5 mM BME. Crystallization conditions: The Classics II Suite (#G7:79): 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris (pH 6.5), 25% (w/v) PEG ...詳細: protein: 5.8 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 500 mM NaCl, 5 mM BME. Crystallization conditions: The Classics II Suite (#G7:79): 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris (pH 6.5), 25% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月14日 / 詳細: Be Lenses/Diamond Laue Mono
放射モノクロメーター: Diamond[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 43226 / Num. obs: 43226 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 54.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique all: 1696 / % possible all: 75.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TU3

3tu3


解像度: 2.5→29.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 21.65 / SU ML: 0.231 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.527 / ESU R Free: 0.312 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26978 2190 5.1 %RANDOM
Rwork0.2059 ---
obs0.20912 41015 94.83 %-
all-41015 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.685 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.35 Å20 Å2-5.52 Å2
2--2.7 Å20 Å2
3----4.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7904 0 4 206 8114
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0198079
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.028017
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6091.98310941
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.979318402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.92851031
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.45624.27356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.085151406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6411571
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21261
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0219197
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021758
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 29380 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 136 -
Rwork0.324 2344 -
obs-2344 74.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.04310.40760.12221.1019-1.50783.5106-0.02640.1015-0.0082-0.1822-0.0004-0.14650.44190.29950.02680.1350.05280.09750.066-0.03090.221421.569615.570138.3331
23.059-0.0622-0.77320.02570.12882.1086-0.0110.32830.1841-0.0396-0.0151-0.00510.08410.00180.02610.1762-0.02320.09480.20670.080.25097.881432.930915.7826
32.5105-1.5657-0.41973.70530.71462.28230.11060.2519-0.1594-0.2608-0.01010.18320.38190.0737-0.10050.1713-0.00890.05910.095-0.05010.178813.378617.563118.9048
41.52951.1062-0.3012.22-1.29431.31630.00020.09280.03440.0511-0.0521-0.14850.03390.17590.0520.08190.00050.08740.0562-0.02220.196720.140817.464242.9745
53.3284-0.28981.61424.0934-0.37794.41510.06950.2194-0.0399-0.21240.01940.30960.1056-0.0425-0.08890.1031-0.00090.12620.02080.00060.2524-6.0551-3.223935.8539
60.8502-0.98230.24496.4661-0.74822.0613-0.0536-0.03-0.0803-0.07250.10730.32810.0278-0.1196-0.05370.05090.00010.10430.00770.01080.2719-9.176732.333535.2433
71.8905-0.14210.03231.27012.15613.75120.2969-0.2125-0.09470.3408-0.2905-0.04140.7004-0.5159-0.00640.2718-0.08340.07450.12110.03830.1251-22.635712.7838-14.6852
810.38031.7034-0.15870.9293-0.97552.2479-0.07510.3180.00460.1469-0.03470.0203-0.3501-0.42960.10980.0960.04920.06220.3718-0.10.1716-15.196433.363510.4608
91.40651.34811.24474.03270.65784.57570.5519-0.31040.02950.1777-0.2902-0.16561.0798-0.1543-0.26170.3568-0.05860.00940.24650.01040.1353-14.944617.45386.6883
101.6306-0.7178-0.55751.49071.50613.53190.1511-0.23210.23390.1144-0.1349-0.02010.1427-0.4129-0.01620.1007-0.01560.10150.1916-0.03610.1433-25.076820.012-16.7845
112.50690.90130.65622.36141.02831.52750.27180.0968-0.15890.43010.0686-0.23530.42330.4286-0.34040.22990.16760.00840.2422-0.08930.28295.93365.0708-18.0966
124.03890.3574-0.02257.44152.61616.7473-0.10750.05430.0553-0.46980.0965-0.2491-0.83660.41310.0110.1699-0.03480.11570.12690.06720.23391.183538.8155-8.9981
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A22 - 116
2X-RAY DIFFRACTION2A117 - 177
3X-RAY DIFFRACTION3A178 - 309
4X-RAY DIFFRACTION4A310 - 459
5X-RAY DIFFRACTION5A460 - 552
6X-RAY DIFFRACTION6A553 - 639
7X-RAY DIFFRACTION7B22 - 116
8X-RAY DIFFRACTION8B117 - 151
9X-RAY DIFFRACTION9B152 - 272
10X-RAY DIFFRACTION10B309 - 429
11X-RAY DIFFRACTION11B430 - 559
12X-RAY DIFFRACTION12B560 - 639

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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