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- PDB-4qm0: Crystal structure of RORc in complex with a tertiary sulfonamide ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qm0
タイトルCrystal structure of RORc in complex with a tertiary sulfonamide inverse agonist
要素Nuclear receptor ROR-gamma
キーワードTranscription/Transcription inhibitor / nuclear receptor ligand binding domain / Transcription-Transcription inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-modulated transcription factor activity / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / oxysterol binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process ...cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-modulated transcription factor activity / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / oxysterol binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of fat cell differentiation / regulation of glucose metabolic process / adipose tissue development / lymph node development / xenobiotic metabolic process / circadian regulation of gene expression / Nuclear Receptor transcription pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-39K / Nuclear receptor ROR-gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.195 Å
データ登録者Boenig, G. / Hymowitz, S.G. / Wang, W.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2014
タイトル: Reduction in lipophilicity improved the solubility, plasma-protein binding, and permeability of tertiary sulfonamide RORc inverse agonists.
著者: Fauber, B.P. / Rene, O. / de Leon Boenig, G. / Burton, B. / Deng, Y. / Eidenschenk, C. / Everett, C. / Gobbi, A. / Hymowitz, S.G. / Johnson, A.R. / La, H. / Liimatta, M. / Lockey, P. / ...著者: Fauber, B.P. / Rene, O. / de Leon Boenig, G. / Burton, B. / Deng, Y. / Eidenschenk, C. / Everett, C. / Gobbi, A. / Hymowitz, S.G. / Johnson, A.R. / La, H. / Liimatta, M. / Lockey, P. / Norman, M. / Ouyang, W. / Wang, W. / Wong, H.
履歴
登録2014年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor ROR-gamma
C: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1956
ポリマ－58,0832
非ポリマー1,1124
水4,594255
1
A: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5973
ポリマ－29,0421
非ポリマー5562
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5973
ポリマ－29,0421
非ポリマー5562
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子

C: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1956
ポリマ－58,0832
非ポリマー1,1124
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_454-x-1,-y,z-1/21
Buried area1960 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area22370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.051, 99.051, 129.666
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor ROR-gamma / Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan ...Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan receptor C / Retinoid-related orphan receptor-gamma


分子量: 29041.543 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 262-507 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RORC, NR1F3, RORG, RZRG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51449
#2: 化合物 ChemComp-39K / N-(2-methylpropyl)-N-({5-[4-(methylsulfonyl)phenyl]thiophen-2-yl}methyl)-1-phenylmethanesulfonamide


分子量: 477.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H27NO4S3
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.09 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Bis-Tris propane pH 8.5, 200- 600 mM Sodium Potassium Tartrate and 10-15% Peg 3350 after 4 days at 19 C, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月29日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 36816 / Num. obs: 36816 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.195→42.89 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2287 3631 9.88 %5% random
Rwork0.1813 ---
obs0.1859 36750 99.85 %-
all-36816 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.195→42.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3822 0 70 255 4147
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083971
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0775346
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9711478
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07574
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004679
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1952-2.22410.2911180.2271235X-RAY DIFFRACTION97
2.2241-2.25450.22311600.22061277X-RAY DIFFRACTION100
2.2545-2.28670.25891590.19951234X-RAY DIFFRACTION100
2.2867-2.32090.25241510.19891273X-RAY DIFFRACTION100
2.3209-2.35710.2611330.20291279X-RAY DIFFRACTION100
2.3571-2.39580.29451490.20391254X-RAY DIFFRACTION100
2.3958-2.43710.26591420.19761275X-RAY DIFFRACTION100
2.4371-2.48140.22581290.20291281X-RAY DIFFRACTION100
2.4814-2.52910.25431290.20051276X-RAY DIFFRACTION100
2.5291-2.58070.24081440.1971254X-RAY DIFFRACTION100
2.5807-2.63680.21951490.18291268X-RAY DIFFRACTION100
2.6368-2.69820.25091320.18741274X-RAY DIFFRACTION100
2.6982-2.76560.25931540.1871279X-RAY DIFFRACTION100
2.7656-2.84040.2451370.18111251X-RAY DIFFRACTION100
2.8404-2.9240.24141340.17911304X-RAY DIFFRACTION100
2.924-3.01830.24031140.18111297X-RAY DIFFRACTION100
3.0183-3.12620.24571540.18961250X-RAY DIFFRACTION100
3.1262-3.25130.24891280.19211273X-RAY DIFFRACTION100
3.2513-3.39920.211390.18671310X-RAY DIFFRACTION100
3.3992-3.57830.22841370.18261262X-RAY DIFFRACTION100
3.5783-3.80240.22441270.16241304X-RAY DIFFRACTION100
3.8024-4.09580.20461480.16381259X-RAY DIFFRACTION100
4.0958-4.50750.18661390.15381288X-RAY DIFFRACTION100
4.5075-5.15880.20981310.16961281X-RAY DIFFRACTION100
5.1588-6.4960.2831420.20641293X-RAY DIFFRACTION100
6.496-42.89850.19081520.16921288X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -36.8588 Å / Origin y: 2.1328 Å / Origin z: 19.655 Å
111213212223313233
T0.0942 Å20.0302 Å2-0.0013 Å2-0.0894 Å20.0526 Å2--0.1112 Å2
L-0.0554 °20.1284 °20.1307 °2-0.1293 °2-0.1573 °2--0.5302 °2
S-0.0451 Å °0.0117 Å °-0.0206 Å °-0.0147 Å °-0.0295 Å °0.0228 Å °-0.0215 Å °-0.0612 Å °-0.0892 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 265:498 OR RESID 601:602 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 265:510 OR RESID 601:602 ) )A265 - 498
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 265:498 OR RESID 601:602 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 265:510 OR RESID 601:602 ) )A601 - 602
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 265:498 OR RESID 601:602 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 265:510 OR RESID 601:602 ) )C265 - 510
4X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 265:498 OR RESID 601:602 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 265:510 OR RESID 601:602 ) )C601 - 602

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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