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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qlt | ||||||
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タイトル | yCP in complex with tripeptidic epoxyketone inhibitor 2 (PR924) | ||||||
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![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Proteasome / Epoxyketone / Immunoproteasome Inhibitor / Binding Analysis / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / Ub-specific processing proteases / threonine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteasome complex / peroxisome / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | de Bruin, G. / Huber, E. / Xin, B. / van Rooden, E. / Al-Ayed, K. / Kim, K. / Kisselev, A. / Driessen, C. / van der Marel, G. / Groll, M. / Overkleeft, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-based design of beta 1i or beta 5i specific inhibitors of human immunoproteasomes 著者: De Bruin, G. / Huber, E.M. / Xin, B.T. / Van Rooden, E.J. / Al-Ayed, K. / Kim, K.B. / Kisselev, A.F. / Driessen, C. / Van der Stelt, M. / Van der Marel, G.A. / Groll, M. / Overkleeft, H.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
-Proteasome subunit alpha type- ... , 6種, 12分子 AOBPCQDRESGU
#1: タンパク質 | 分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 28748.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 FT
#6: タンパク質 | 分子量: 31575.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-Proteasome subunit beta type- ... , 7種, 14分子 HVIWJXKYLZMaNb
#8: タンパク質 | 分子量: 25114.459 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 30-261 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #9: タンパク質 | 分子量: 22627.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #10: タンパク質 | 分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #11: タンパク質 | 分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 76-287 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #12: タンパク質 | 分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 20-241 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #13: タンパク質 | 分子量: 27200.893 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 21-260 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #14: タンパク質 | 分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 20-215 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 579分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/39V.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/39V.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#15: 化合物 | ChemComp-MG / #16: 化合物 | #17: 化合物 | #18: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.52 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 20 mM MGAC2, 13% MPD, PH 6.8, 100 mM MES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月26日 |
放射 | モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT. SI(111) MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 261273 / Num. obs: 247440 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 96.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1RYP 解像度: 2.8→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 23.527 / SU ML: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 62.112 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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