PDB-4qlr: Llama nanobody n02 raised against EAEC T6SS TssM

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qlr

タイトル

Llama nanobody n02 raised against EAEC T6SS TssM

要素

Llama nanobody n02 VH domain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / nanobody / immunoglobulin domain / T6SS TssM

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Nguyen, V.S. / Desmyter, A. / Le, T.T.H. / Durand, E. / Kellenberger, C. / Douzi, B. / Spinelli, S. / Cascales, E. / Cambillau, C. / Roussel, A.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Inhibition of Type VI Secretion by an Anti-TssM Llama Nanobody.
著者: Nguyen, V.S. / Logger, L. / Spinelli, S. / Desmyter, A. / Le, T.T. / Kellenberger, C. / Douzi, B. / Durand, E. / Roussel, A. / Cascales, E. / Cambillau, C.

履歴

登録	2014年6月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qlr.cif.gz	112.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qlr.ent.gz	87.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qlr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qlr_validation.pdf.gz	440 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qlr_full_validation.pdf.gz	441.7 KB	表示
XML形式データ	4qlr_validation.xml.gz	13.5 KB	表示
CIF形式データ	4qlr_validation.cif.gz	19.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/4qlr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/4qlr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4qgyC 4hek PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2edt-d 2eo1-d 2e7b-d 4jjh-3 1xed-1 4jjh-2 1yse-d 4m5s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Llama nanobody n02 VH domain

B: Llama nanobody n02 VH domain

28.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Llama nanobody n02 VH domain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Llama nanobody n02 VH domain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.100, 48.603, 52.872
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 118.18, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	Llama nanobody n02 VH domain 分子量: 14289.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MES 0.1M pH 6.5, PEG 8k 30% m/v, Am2SO4 0.2M , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.071 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月7日
放射	モノクロメーター: high resolution Si(311) cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.071 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 23498 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.64 % / B_iso Wilson estimate: 20.97 Å² / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / R_sym value: 0.52 / % possible all: 90.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
BUSTER	2.11.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4HEK

4hek
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.7→44.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9235 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.895 / SU R Cruickshank DPI: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2512	1201	5.11 %	RANDOM
R_work	0.2054	-	-	-
all	0.2078	-	-	-
obs	0.2078	23496	94.65 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.58 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.7894 Å²	0 Å²	-3.3774 Å²
2-	-	7.3978 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.6084 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.221 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→44.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1930	0	0	211	2141

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	1985	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.02	2695	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	0	635	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	0	39	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	0	305	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	0	1985	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.7
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	15.39
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	0	237	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	0	2402	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.78 Å / Total num. of bins used: 12

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2543	133	4.85 %
R_work	0.2397	2609	-
all	0.2404	2742	-
obs	-	-	94.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.3575	-0.164	0.1522	0.0133	0.0543	1.1808	0.0054	-0.0036	-0.0067	0.0261	-0.0052	-0.0097	-0.0031	-0.0054	-0.0002	0.0036	0.036	0.0456	-0.0165	0.0344	0.0187	4.9725	-5.928	11.4917
2	-0.8678	0.5536	0.9498	1.2806	-0.1813	1.6291	0.0063	-0.008	-0.0104	0.07	0.0154	0.0387	0.0092	0.045	-0.0216	-0.0555	0.0041	0.0123	-0.0022	-0.0112	0.0095	0.4213	2.3179	9.4366
3	0.9787	-0.015	-0.5211	0.4251	-0.2197	0.1142	0.0086	0.0202	-0.0466	-0.0091	-0.0497	0.0312	-0.0004	0.0187	0.0411	-0.0486	0.006	0.0152	-0.0294	-0.0016	0.0672	0.7031	-4.9083	-1.1578
4	0.783	-0.8569	-0.6861	0.4491	0.5259	-0.1668	-0.0073	-0.0004	0.012	-0.069	0.0026	-0.0462	-0.0034	0.0426	0.0047	-0.0536	-0.0079	0.0192	0.0048	0.0056	0.0429	4.5429	6.4546	-2.0656
5	-0.1591	0.4099	0.1711	0.9978	-0.4609	0.229	-0.0054	-0.0174	0.0119	0.0432	0.0258	0.0053	-0.0036	0.0309	-0.0204	-0.0309	0.0289	0.0307	0.0134	-0.0082	0.023	5.4902	6.107	10.419
6	0.6065	-0.2409	-0.0125	0.4556	-0.124	-0.1875	-0.01	0.0037	-0.014	-0.0241	-0.0263	0.0205	0.0016	0.0074	0.0362	-0.0528	0.0004	-0.0029	-0.0418	-0.0079	0.0816	-8.2679	0.6612	-0.4102
7	0.0254	0.0938	0.1528	0.4194	0.1035	0.2739	-0.0047	-0.0044	0.0056	0.0144	-0.018	0.0019	-0.0049	-0.0085	0.0227	-0.0706	-0.0271	0.0032	0.0369	0.0335	0.0539	14.4585	-4.2327	3.2439
8	0.5098	0.6634	0.0101	0	-0.6113	-0.0901	-0.034	-0.0065	0.0051	-0.0193	0.0184	-0.0193	0.0262	0.0074	0.0155	-0.0765	-0.006	0.0214	-0.0218	0.0108	0.092	11.7813	-4.7914	-2.1408
9	0.089	0.0365	-0.0087	0.2429	-0.3099	-0.0349	-0.0049	-0.001	0.0014	-0.0236	-0.0036	0.0118	-0.0043	0.0139	0.0084	-0.0364	-0.0029	0.0302	0.0183	0.0129	0.0095	-0.1849	-8.1693	6.3586
10	0.2963	0.4757	-0.0164	1.086	0.2228	-0.1026	0.0029	-0.0088	0.0024	-0.0065	0.0018	-0.0233	-0.007	0.021	-0.0047	-0.1275	-0.0094	0.0246	0.0096	0.0165	0.1182	-24.2353	0.727	-0.2024
11	0.2939	0.0043	-0.2553	0.0003	0.2355	-0.0333	-0.0055	-0.002	0.0048	0.0068	0.0042	-0.0194	0.001	-0.0007	0.0012	0.0025	-0.0377	0.0522	-0.0159	-0.0031	0.0188	-1.1215	-5.1725	19.7207
12	0.5851	-0.7016	-0.5008	0.9913	0.6942	-0.1689	0.0174	-0.009	-0.0034	-0.0535	-0.0423	-0.015	-0.0347	0.0197	0.0249	0.0037	0.0004	0.0178	-0.0327	0.0104	0.0073	-9.0298	-12.8333	13.9141
13	0.0737	0.7326	-0.1261	0.2307	1.1047	0.4085	-0.0168	-0.0119	0.0187	0.0278	0.0107	-0.0033	0.0159	0.0467	0.0061	-0.0508	-0.0013	0.0268	-0.019	0.0078	0.0514	-4.339	-8.5086	27.2356
14	-0.2029	-0.6308	0.0821	0.2929	0.0945	0.4089	-0.0092	0.0004	0.0206	-0.0083	-0.0061	0.0113	-0.0102	-0.013	0.0153	0.0315	-0.0036	0.0449	-0.0124	-0.0329	-0.0154	-18.2389	-3.7943	24.0558
15	-0.2059	-0.0234	0.2676	0.0959	0.2986	0.3459	-0.0148	-0.0124	-0.0171	0.0631	0.0045	-0.0154	0.0307	-0.0158	0.0103	0.0545	-0.0025	0.0682	-0.0146	0.0051	-0.0353	-10.2085	-16.4085	30.8198
16	-0.1827	-0.2433	0.2678	0.895	0.7052	0.3394	-0.0179	-0.0033	0.0114	0.0241	0.0153	-0.0621	0.0202	0.0142	0.0026	-0.0119	0.0016	0.0352	-0.0178	0.0041	0.0266	-5.2131	-16.9982	22.2885
17	-0.3241	0.5322	0.268	0.146	0.2761	0.6163	0.0144	-0.0009	-0.0286	-0.0164	-0.0233	0.0318	-0.0141	0.0317	0.0089	0.0067	0.0048	0.0409	-0.0334	-0.0067	0.0309	-15.8944	-10.1511	17.5284
18	0.0666	-0.1052	-0.001	0.056	-0.0638	0.0262	0.0029	-0.001	0.0056	0.0072	-0.0067	0.0016	-0.0094	0.0075	0.0038	-0.0049	0.0269	-0.0037	-0.0099	0.0091	0.0121	-4.015	-7.7976	36.4195
19	-0.0281	0.2387	0.0625	0	-0.0389	0.3634	0.0154	-0.0042	-0.0139	0.0072	0.0071	0.003	-0.0019	0.0066	-0.0225	0.0597	-0.0277	0.0461	-0.0342	-0.016	-0.0171	-9.7364	-4.2706	33.5518
20	-0.0353	-0.1664	0.0218	1.009	-0.213	0.0417	0.019	-0.0227	-0.0206	-0.0484	0.0048	0.0693	0.0042	0.0314	-0.0238	-0.0116	-0.0006	0.0196	0.0025	-0.0077	0.0003	-9.6288	-4.0087	18.1983

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|1 - 9}	A	1 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|10 - 31}	A	10 - 31
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|32 - 46}	A	32 - 46
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|47 - 70}	A	47 - 70
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|71 - 83}	A	71 - 83
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|84 - 95}	A	84 - 95
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|96 - 101}	A	96 - 101
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|102 - 113}	A	102 - 113
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{A\|114 - 119}	A	114 - 119
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{A\|120 - 130}	A	120 - 130
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{B\|2 - 9}	B	2 - 9
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{B\|10 - 26}	B	10 - 26
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{B\|27 - 40}	B	27 - 40
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{B\|41 - 48}	B	41 - 48
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{B\|49 - 64}	B	49 - 64
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{B\|65 - 83}	B	65 - 83
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{B\|84 - 97}	B	84 - 97
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{B\|98 - 104}	B	98 - 104
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{B\|105 - 112}	B	105 - 112
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{B\|113 - 123}	B	113 - 123

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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