+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qln | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | structure of ydao riboswitch binding with c-di-dAMP | ||||||
![]() | RNA (117-MER) | ||||||
![]() | RNA / ydao riboswitch / c-di-AMP | ||||||
機能・相同性 | Chem-2BA / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ren, A.M. / Patel, D.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: c-di-AMP binds the ydaO riboswitch in two pseudo-symmetry-related pockets. 著者: Ren, A. / Patel, D.J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 150.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 119.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | AUTHORS HAVE INDICATED THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN. |
-
要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 40514.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ydao riboswitch 由来: (組換発現) ![]() 株: MB4 / 解説: In vitro translation | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.32 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K 詳細: 0.1 M Na-Bicine, pH 8.7-9.2 and 2.6-3.2 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K PH範囲: 8.7-9.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 49287 / % possible obs: 1 % / Observed criterion σ(I): 1.1 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→45.25 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -6.9183 Å / Origin y: -31.8936 Å / Origin z: -17.7985 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: all |