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- PDB-4ql0: Crystal Structure Analysis of the Membrane Transporter FhaC (doub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ql0
タイトルCrystal Structure Analysis of the Membrane Transporter FhaC (double mutant V169T, I176N)
要素Filamentous hemagglutinin transporter protein FhaC
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Beta-barrel (Βバレル) / POTRA domain / Outer Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


type V protein secretion system complex / protein secretion by the type V secretion system / porin activity / pore complex / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Two partner secretion pathway transporter / ShlB, POTRA domain / POTRA domain / Haemolysin activator HlyB, C-terminal / Haemolysin secretion/activation protein ShlB/FhaC/HecB / Polypeptide-transport-associated, ShlB-type / POTRA domain, ShlB-type / membrane protein fhac: a member of the omp85/tpsb transporter family / membrane protein fhac / POTRA domain ...Two partner secretion pathway transporter / ShlB, POTRA domain / POTRA domain / Haemolysin activator HlyB, C-terminal / Haemolysin secretion/activation protein ShlB/FhaC/HecB / Polypeptide-transport-associated, ShlB-type / POTRA domain, ShlB-type / membrane protein fhac: a member of the omp85/tpsb transporter family / membrane protein fhac / POTRA domain / POTRA domain profile. / ポリン (タンパク質) / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Βバレル / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / リン酸塩 / Filamentous hemagglutinin transporter protein FhaC
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella pertussis (百日咳菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Maier, T. / Clantin, B. / Gruss, F. / Dewitte, F. / Delattre, A.S. / Jacob-Dubuisson, F. / Hiller, S. / Villeret, V.
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Conserved Omp85 lid-lock structure and substrate recognition in FhaC
著者: Maier, T. / Clantin, B. / Gruss, F. / Dewitte, F. / Delattre, A.S. / Jacob-Dubuisson, F. / Hiller, S. / Villeret, V.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Structure of the membrane protein FhaC: a member of the Omp85-TpsB transporter superfamily
著者: Clantin, B. / Delattre, A.S. / Rucktooa, P. / Saint, N. / Meli, A.C. / Locht, C. / Jacob-Dubuisson, F. / Villeret, V.
#2: ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2011
タイトル: Substrate recognition by the POTRA domains of TpsB transporter FhaC
著者: Delattre, A.S. / Saint, N. / Clantin, B. / Willery, E. / Lippens, G. / Locht, C. / Villeret, V. / Jacob-Dubuisson, F.
履歴
登録2014年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月24日Group: Derived calculations
改定 1.22016年12月14日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Filamentous hemagglutinin transporter protein FhaC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,35910
ポリマ－61,4161
非ポリマー1,9439
水1,35175
1
A: Filamentous hemagglutinin transporter protein FhaC
ヘテロ分子

A: Filamentous hemagglutinin transporter protein FhaC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,71820
ポリマ－122,8322
非ポリマー3,88618
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area11900 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area55410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.380, 136.950, 110.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-774-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 A

#1: タンパク質 Filamentous hemagglutinin transporter protein FhaC / TpsB transporter


分子量: 61415.758 Da / 分子数: 1 / 変異: V169T, I176N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 株: Tohama I / ATCC BAA-589 / NCTC 13251 / 遺伝子: BP1884, fhaC / プラスミド: pFJD138 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-OMP5 / 参照: UniProt: P35077
#4: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド / Octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 7種, 81分子

#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 34% PEG 1000, 1% beta-octyl-glucoside, 500mM imidazole, 26mg/ml protein, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.93928 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月10日
放射モノクロメーター: channel cut ESRF monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→41.95 Å / Num. all: 28332 / Num. obs: 28332 / % possible obs: 99.69 % / Observed criterion σ(F): 0 / Biso Wilson estimate: 74.17 Å2
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4QKY

4qky


解像度: 2.5→41.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9141 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8894 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.326 / SU Rfree Blow DPI: 0.246 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: isomorphous replacement using pdb entry 4QKY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2585 2739 9.67 %RANDOM
Rwork0.217 ---
all0.221 28332 --
obs0.221 28332 99.69 %-
原子変位パラメータBiso mean: 78.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.9492 Å20 Å20 Å2
2--4.3791 Å20 Å2
3---1.5701 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.503 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4087 0 130 75 4292
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2363SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes103HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1214HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8506HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion531SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8882SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d8506HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg15286HARMONIC21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.4
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.3
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3419 259 8.74 %
Rwork0.2425 2705 -
all0.2508 2964 -
obs-2964 99.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.392-1.44340.12574.04962.89441.12190.0194-0.01580.1682-0.0119-0.1019-0.0796-0.072-0.12410.08250.1570.1520.068-0.12860.0507-0.1952-27.211630.618661.2646
21.75850.8977-1.95980.73090.24727.915-0.0527-0.3146-0.0679-0.00110.0128-0.07190.31850.54420.03990.04890.00860.0296-0.09330.005-0.118215.76873.087831.1391
32.13890.7102-0.25382.899-0.56910.9944-0.01690.13830.1066-0.06270.02690.2392-0.0167-0.0093-0.01010.1006-0.05010.0274-0.0799-0.0236-0.09287.773711.73210.9906
41.11560.9782-0.32613.2609-1.64142.61440.2824-0.09920.25860.1664-0.2518-0.0805-0.41660.3802-0.0306-0.0953-0.1520.152-0.14690.023-0.297731.780235.7418-9.6124
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|4 - A|44 }A4 - 44
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|45 - A|133 }A45 - 133
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|134 - A|208 }A134 - 208
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|209 - A|554 }A209 - 554

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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