ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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ADSC | Quantumデータ収集 | PHENIX | | モデル構築 | PHENIX | (phenix.refine: 1.8.3_1479)精密化 | HKL-2000 | | データ削減 | HKL-2000 | | データスケーリング | PHENIX | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.05→28.717 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.27 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.1949 | 1712 | 10.03 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1812 | - | - | - |
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obs | 0.1826 | 16997 | 99.53 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.05→28.717 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 2626 | 98 | 4 | 2728 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.005 | 3044 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.051 | 4750 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d17.921 | 1506 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.048 | 625 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 126 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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3.0454-3.1349 | 0.3308 | 136 | 0.2941 | 1258 | X-RAY DIFFRACTION | 98 | 3.1349-3.236 | 0.3069 | 143 | 0.2688 | 1263 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.236-3.3515 | 0.2579 | 136 | 0.2467 | 1239 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.3515-3.4854 | 0.2393 | 149 | 0.2352 | 1286 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.4854-3.6438 | 0.277 | 135 | 0.238 | 1254 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.6438-3.8355 | 0.2395 | 145 | 0.207 | 1295 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.8355-4.0751 | 0.2006 | 140 | 0.1933 | 1263 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 4.0751-4.3888 | 0.191 | 148 | 0.1759 | 1282 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 4.3888-4.8285 | 0.1955 | 142 | 0.1644 | 1276 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 4.8285-5.5229 | 0.1775 | 143 | 0.1528 | 1298 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 5.5229-6.942 | 0.1547 | 145 | 0.1527 | 1290 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 6.942-28.7183 | 0.1444 | 150 | 0.1475 | 1356 | X-RAY DIFFRACTION | 99 |
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