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万見
- PDB-4qji: Crystal Structure of the C-terminal CTP-binding domain of a Phosp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qji
タイトルCrystal Structure of the C-terminal CTP-binding domain of a Phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenate-cysteine ligase with bound CTP from Mycobacterium smegmatis
要素Phosphopantothenate--cysteine ligase
キーワードLIGASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / DNA / pantothenate metabolism flavoprotein / CTP-binding / pantothenate metablosim
機能・相同性
機能・相同性情報


pantothenate catabolic process / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase complex / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase / phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP) / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase activity / phosphopantothenate--cysteine ligase activity / coenzyme A biosynthetic process / FMN binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CoaB-like / Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC / DNA/pantothenate metabolism flavoprotein, C-terminal / CoaB-like superfamily / DNA / pantothenate metabolism flavoprotein / Flavoprotein / Flavin prenyltransferase-like / Flavoprotein / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the C-terminal CTP-binding domain of a Phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenate-cysteine ligase with bound CTP from Mycobacterium smegmatis
著者: Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Wernimont, A.K. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.
履歴
登録2014年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22018年9月19日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: entity / entity_name_com / struct
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_name_com.name / _struct.pdbx_descriptor
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphopantothenate--cysteine ligase
B: Phosphopantothenate--cysteine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5636
ポリマ－49,5482
非ポリマー1,0154
水41423
1
A: Phosphopantothenate--cysteine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2813
ポリマ－24,7741
非ポリマー5072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphopantothenate--cysteine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2813
ポリマ－24,7741
非ポリマー5072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Phosphopantothenate--cysteine ligase
ヘテロ分子

B: Phosphopantothenate--cysteine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5636
ポリマ－49,5482
非ポリマー1,0154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z+1/21
Buried area4570 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.580, 90.580, 109.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: CTP / End label comp-ID: CTP / Auth seq-ID: 184 - 500 / Label seq-ID: 7

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA - C
2chain BBB - E
詳細AUTHORS HAVE INDICATED THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 Phosphopantothenate--cysteine ligase / Phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenate--cysteine ligase / Probable coenzyme ...Phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenate--cysteine ligase / Probable coenzyme A biosynthesis bifunctional protein CoaBC


分子量: 24773.990 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 186-414 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: coaBC, MSMEG_3054, MSMEI_2978 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0QWT2, phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP)
#2: 化合物 ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP


分子量: 483.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.03 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Wiz3/4(f7): 25% PEG-1500, 0.1M MMT Buffer, pH=7.0; protein was incubated with 10mM each CTP and pantothenate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月26日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 14877 / Num. obs: 14512 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 59.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 0.966 / Net I/σ(I): 16.72
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.65-2.720.492.133952109199.1
2.72-2.790.3762.763815105899
2.79-2.870.2713.743632101699.2
2.87-2.960.2274.633755103099.1
2.96-3.060.1855.43337694399.2
3.06-3.170.1556.85339193898.4
3.17-3.290.1248.48325289798.8
3.29-3.420.09111.57316387898.9
3.42-3.570.06215.43299282598
3.57-3.750.04819.51286879197.5
3.75-3.950.04621.53276975597.8
3.95-4.190.03626.41254270297.5
4.19-4.480.03232.05240465696.2
4.48-4.840.0333.49222060795.9
4.84-5.30.03232.56207657196
5.3-5.930.02935.2187150495.1
5.93-6.840.02636.5165944894.5
6.84-8.380.0245.96137137393.2
8.38-11.850.01659.41103428792.6
11.850.01758.9745514281.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→33.11 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2482 730 5.03 %RANDOM
Rwork0.1924 ---
obs0.1952 14512 97.59 %-
all-15242 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 160.49 Å2 / Biso mean: 63.814 Å2 / Biso min: 26.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→33.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2999 0 60 23 3082
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023103
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7594230
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028508
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003555
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.661080
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1670X-RAY DIFFRACTION6.996TORSIONAL
12B1670X-RAY DIFFRACTION6.996TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6501-2.85460.31941610.28262776293799
2.8546-3.14170.32851310.26132803293499
3.1417-3.59580.31631620.21892755291799
3.5958-4.52850.21541500.16912742289297
4.5285-33.1130.20291260.16012706283294
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.93560.14170.52462.42270.79253.937-0.01470.062-0.0263-0.02370.02840.0331-0.13340.1861-0.00790.3397-0.0229-0.00640.35090.00950.3561-14.23328.28-1.454
21.72160.216-0.35690.8989-0.73315.3483-0.068-0.02740.05250.21540.03550.0132-0.2846-0.21490.01630.51980.0364-0.0840.35580.00260.4916-27.48548.234-22.029
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 184:412 )A184 - 412
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 185:412 )B185 - 412

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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