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- PDB-4qjd: Crystal Structure of Twister with the Nucleotide 5'- to the Cleav... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qjd
タイトルCrystal Structure of Twister with the Nucleotide 5'- to the Cleavage Site Disordered at 3.1 A Resolution
要素(Twister RNA sequence) x 2
キーワードRNA / self-cleaving ribozyme / 2' deoxy subsitution / nucleotide 5 (U)
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Eiler, D.R. / Wang, J. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural basis for the fast self-cleavage reaction catalyzed by the twister ribozyme.
著者: Eiler, D. / Wang, J. / Steitz, T.A.
履歴
登録2014年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月10日Group: Database references
改定 1.22014年9月24日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Twister RNA sequence
B: Twister RNA sequence
C: Twister RNA sequence
D: Twister RNA sequence
E: Twister RNA sequence
F: Twister RNA sequence
G: Twister RNA sequence
H: Twister RNA sequence
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,64912
ポリマ－94,5528
非ポリマー974
水28816
1
A: Twister RNA sequence
B: Twister RNA sequence
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6623
ポリマ－23,6382
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12510 Å2
手法PISA
2
C: Twister RNA sequence
D: Twister RNA sequence


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6382
ポリマ－23,6382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area12410 Å2
手法PISA
3
E: Twister RNA sequence
F: Twister RNA sequence
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6874
ポリマ－23,6382
非ポリマー492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area12550 Å2
手法PISA
4
G: Twister RNA sequence
H: Twister RNA sequence
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6623
ポリマ－23,6382
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area12370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.910, 53.070, 106.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13A
23G
14B
24D
15B
25F
16B
26H
17C
27E
18C
28G
19D
29F
110D
210H
111E
211G
112F
212H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11UUUUAA3 - 243 - 24
21UUUUCC3 - 243 - 24
12UUUUAA3 - 253 - 25
22UUUUEE3 - 253 - 25
13UUUUAA3 - 243 - 24
23UUUUGG3 - 243 - 24
14UUUUBB28 - 722 - 46
24UUUUDD28 - 722 - 46
15UUUUBB28 - 722 - 46
25UUUUFF28 - 722 - 46
16GTPGTPAABB27 - 731 - 47
26GTPGTPAAHH27 - 731 - 47
17UUUUCC1 - 241 - 24
27UUUUEE1 - 241 - 24
18UUUUCC1 - 251 - 25
28UUUUGG1 - 251 - 25
19UUAADD28 - 732 - 47
29UUAAFF28 - 732 - 47
110UUUUDD28 - 722 - 46
210UUUUHH28 - 722 - 46
111UUUUEE1 - 241 - 24
211UUUUGG1 - 241 - 24
112UUUUFF28 - 722 - 46
212UUUUHH28 - 722 - 46

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
要素

#1: RNA鎖
Twister RNA sequence


分子量: 8163.825 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖
Twister RNA sequence


分子量: 15474.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA was prepared by in vitro transcription with T7 RNA polymerase.
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 100 mM sodium acetate, pH 4.5, 200 mM ammonium sulfate, 30% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.605 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月9日
放射モノクロメーター: cryo-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.605 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.056→104.828 Å / Num. all: 13691 / Num. obs: 11987 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 7.01
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
3.056-3.221.022198.5
3.22-3.31197
3.31-3.41196.2
3.41-3.52195.1
3.52-3.65197.9
3.65-50196.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4QJH

4qjh


解像度: 3.1→102.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 34.659 / SU ML: 0.571 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.707 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28745 616 5.1 %RANDOM
Rwork0.19009 ---
obs0.19505 11370 84.93 %-
all-13644 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 80.877 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.36 Å20 Å2-0.23 Å2
2---1.19 Å20 Å2
3----2.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→102.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 6168 4 16 6188
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0116897
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8051.29810727
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.21148
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022986
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.9418.0936897
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined16.49280.1213144
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A8870.06
12C8870.06
21A8990.06
22E8990.06
31A8550.09
32G8550.09
41B24860.08
42D24860.08
51B25390.05
52F25390.05
61B27070.04
62H27070.04
71C9960.07
72E9960.07
81C9310.11
82G9310.11
91D26140.06
92F26140.06
101D24850.08
102H24850.08
111E9210.12
112G9210.12
121F25500.06
122H25500.06
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.181 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.204 6 -
Rwork0.343 143 -
obs--14.61 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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