PDB-4qij: Crystal structure of MenB from Mycobacteria tuberculosis in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qij

タイトル

Crystal structure of MenB from Mycobacteria tuberculosis in complex with 1-HNA-CoA

要素

1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

キーワード

LYASE / 1 / 4-dihydroxy-2-naphthoyl-coenzyme A synthase / MenB / 1-HNA-CoA

機能・相同性

機能・相同性情報

1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase / 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase activity / menaquinone biosynthetic process / protein hexamerization / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Song, H.G. / Sung, H.P. / Tse, Y.S. / Guo, Z.H.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Ligand-dependent active-site closure revealed in the crystal structure of Mycobacterium tuberculosis MenB complexed with product analogues
著者: Song, H. / Sung, H.P. / Tse, Y.S. / Jiang, M. / Guo, Z.H.

履歴

登録	2014年5月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4qij_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qij_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	4qij_validation.xml.gz	155.4 KB	表示
CIF形式データ	4qij_validation.cif.gz	213.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/4qij ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/4qij	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4qiiC 1q52S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4qii-2 4qii-1 1q51-2 1q51-1 4zdc-1 7lol-1 1q52-2 4nek-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

B: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

C: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

D: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

E: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

F: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

G: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

H: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

I: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

J: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

K: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

L: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

ヘテロ分子

454 kDa, 12 ポリマー
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1

A: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

B: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

C: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

D: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

E: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

F: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
227 kDa, 6 ポリマー
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2

G: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

H: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

I: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

J: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

K: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

L: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
227 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	91.498, 148.315, 140.999
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.47, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase / DHNA-CoA synthase 分子量: 36903.301 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P9WNP5, 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
#2: 化合物	ChemComp-1HA / 1-hydroxy-2-naphthoyl-CoA 分子量: 937.698 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₄₂N₇O₁₈P₃S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.46 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.3M NaCl, 0.1M Tris-HCl pH 8.0, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→46.58 Å / Num. obs: 175673 / B_iso Wilson estimate: 18 Å²

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1Q52

1q52

解像度: 2.2→46.58 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1843	8822	5.02 %
R_work	0.1271	-	-
obs	0.13	175649	94.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28074	0	732	2511	31317

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	29545
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.084	40191
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.041	10685
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	4163
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	5282

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.2-2.225	0.2208	288	0.1378	5186	89
2.225-2.2512	0.2162	241	0.1414	5187	89
2.2512-2.2786	0.2129	287	0.1369	5244	89
2.2786-2.3075	0.2138	272	0.1289	5325	91
2.3075-2.3378	0.2021	282	0.1261	5301	91
2.3378-2.3699	0.2124	254	0.1282	5399	92
2.3699-2.4037	0.2024	303	0.1262	5440	93
2.4037-2.4396	0.1949	278	0.125	5404	93
2.4396-2.4777	0.2043	285	0.1311	5532	94
2.4777-2.5183	0.2067	307	0.1345	5526	95
2.5183-2.5618	0.2057	324	0.1348	5536	95
2.5618-2.6083	0.2081	297	0.1343	5590	95
2.6083-2.6585	0.1966	293	0.1404	5558	96
2.6585-2.7128	0.2294	272	0.1439	5598	95
2.7128-2.7717	0.2063	271	0.1403	5706	97
2.7717-2.8362	0.2044	290	0.1395	5604	96
2.8362-2.9071	0.1936	307	0.1405	5626	97
2.9071-2.9857	0.1992	325	0.1432	5633	97
2.9857-3.0736	0.2243	283	0.1461	5687	97
3.0736-3.1727	0.2136	287	0.1431	5695	97
3.1727-3.2861	0.2049	312	0.1375	5696	97
3.2861-3.4176	0.1851	300	0.1387	5673	97
3.4176-3.5731	0.1771	304	0.1299	5661	97
3.5731-3.7614	0.1696	315	0.1153	5595	96
3.7614-3.997	0.1523	300	0.1117	5570	95
3.997-4.3054	0.1428	282	0.0999	5725	97
4.3054-4.7383	0.134	309	0.096	5762	98
4.7383-5.423	0.1645	321	0.1086	5811	99
5.423-6.829	0.169	305	0.132	5863	99
6.829-46.5917	0.1485	328	0.1283	5694	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0438	0.0191	0.0116	0.0427	0.0071	0.026	0.0121	-0.0791	0.026	0.0218	-0.048	0.0363	-0.0235	-0.0871	-0.0054	0.0604	0.0165	0.0071	0.0934	-0.0009	0.0644	28.993	2.2143	194.3062
2	0.0029	-0	0.0027	0.0009	0	0.0016	0.0088	0.0042	0.0094	-0.022	0.0074	0.0135	0.0165	-0.039	0	0.0828	-0.0251	-0.0115	0.1699	-0.0155	0.1339	19.302	-15.2171	184.7302
3	0.0024	-0.0051	0.0017	0.0058	-0.001	0.0028	-0.0008	-0.0142	-0.0184	-0.0253	0.0016	-0.0259	-0.027	-0.0103	0	0.0455	-0.0019	0.0083	0.0619	0.0001	0.0473	39.1801	-5.4205	188.0026
4	0.0304	0.0216	-0.0173	0.0239	-0.0212	0.0222	-0.0043	-0.0023	-0.0058	-0.0074	0.0254	-0.0291	0.0097	-0.0433	-0.0016	0.0328	0.007	-0.0047	0.044	-0.0012	0.0457	49.9799	-9.8901	190.7708
5	0.0095	0.0004	0.0014	0.0016	-0.0006	0.0011	-0.0049	0.0203	0.0386	-0.0081	0.0182	-0.0349	-0.0112	-0.0185	0.0016	0.0641	-0.0089	0.0045	0.0424	0.0111	0.036	44.3379	10.7818	187.7535
6	0.0103	-0.0008	-0.0049	-0.0003	0.003	0.0075	0.0488	-0.065	0.0224	-0.0181	-0.0449	-0.0464	-0.0675	-0.0025	-0.0001	0.1501	0.0066	0.02	0.0781	0.0075	0.0908	41.6191	19.8038	160.8973
7	0.0111	0.012	0.0103	0.0126	0.0076	0.0477	0.041	0.0042	-0.0765	0.0241	0.0324	-0.0486	0.0575	0.0908	0.0021	0.1051	0.0164	-0.0183	0.071	-0.0201	0.1302	63.6242	-37.5357	184.1438
8	0.0006	0.0019	0.0042	0.0042	0.0114	0.0238	0.0129	0.0244	-0.0297	-0.029	0.0115	-0.0054	0.0236	0.016	0.0387	0.0653	0.0181	-0.0016	0.0254	-0.0521	0.0633	57.426	-34.5118	175.4969
9	0.0027	0.0013	-0.0005	0.0081	0.0022	0.0013	0.007	-0.0002	-0.0226	-0.0009	0.0258	-0.029	0.0214	0.0256	0.0047	0.0851	0.047	-0.0084	0.1196	-0.0264	0.1292	75.6459	-30.2473	181.6629
10	0.0014	0.0021	0.0013	0.002	0.0017	0.0017	0.0207	0.0226	-0.0215	-0.0194	-0.0134	0.0079	0.0247	0.0321	0	0.1764	0.0382	0.0195	0.1985	-0.0566	0.1301	76.2811	-31.3221	163.1314
11	0.0217	0.0011	0.0033	0.0193	-0.0023	0.0311	0.0039	-0.0042	-0.0125	-0.0082	0.0295	-0.021	0.0087	0.038	0.0277	0.041	0.0132	0.0006	0.0554	-0.0087	0.0541	64.0881	-21.2403	178.7691
12	0.0065	0.0007	-0.0034	0.0021	-0.0022	0.004	0.02	0.0096	0.0082	0.0283	-0.0002	0.0186	-0.0035	0.0041	0.0131	0.0572	-0.0053	0.007	0.028	-0.0089	0.0266	65.6828	-11.0388	184.9262
13	0.0032	-0.0016	-0.0013	0.0004	0.001	0.0031	-0.0011	-0.0217	0.0004	0.0233	-0.0029	0.0343	0.0004	0.0263	0.0003	0.1075	0.0102	0.0066	0.0613	0.0106	0.0899	55.4331	-28.3581	193.1036
14	0.0032	-0.0024	-0.0027	0.0011	0.0015	0.0016	-0.0282	0.0147	-0.0319	-0.0182	-0.0197	0.0084	-0.0001	0.0177	0	0.0709	0.0125	-0.0022	0.0817	-0.0115	0.0874	44.3625	-20.4255	177.9101
15	0.0013	0.0017	0.0013	0.0015	0.0014	0.0006	-0.0033	-0.0069	0.0037	0.0288	-0.0087	-0.0127	0.0256	-0.0076	-0	0.1021	0.0263	-0.0158	0.0922	0.0019	0.0849	39.492	-22.4195	168.4498
16	0.0027	-0.0025	0.003	0.0027	-0.0035	0.0033	-0.0483	-0.0048	-0.0177	-0.0113	0.0393	0.0222	-0.0198	-0.0172	-0	0.1122	-0.0138	-0.01	0.0628	0.0197	0.161	21.0848	-25.9361	163.1863
17	0.0593	-0.0284	0.0204	0.0286	0.0079	0.0615	-0.0002	0.0215	0.1105	-0.005	-0.016	-0.0438	-0.101	0.0859	-0.0327	0.0743	-0.1407	0.0853	-0.0262	0.076	0.0042	76.9634	16.1075	176.2404
18	0.0037	-0.0005	0.0021	0.0023	0.0016	0.0027	-0.0392	-0.0135	0.0441	-0.0502	-0.0372	-0.0034	-0.0003	0.0086	-0.0001	0.2269	-0.0281	0.02	0.097	0.0275	0.1123	60.9419	29.3421	168.5244
19	0.0061	-0.004	-0.0047	0.0137	-0.0012	0.0056	0.0005	0.0357	0.0221	-0.022	0.0248	0.0301	-0.0209	0.0034	0.0229	0.0952	-0.0258	0.0004	0.0641	0.0062	0.0806	67.0229	9.1328	178.8746
20	0.0183	0.0032	0.0075	0.0047	-0.0033	0.0087	-0.0133	0.0383	0.0078	-0.0124	0.0046	0.0081	-0.0245	0.0245	-0.0065	0.0489	-0.0069	0.0087	0.0502	-0.0081	0.0441	53.6025	7.4366	180.7295
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精密化 TLSグループ

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8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 63 through 89 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 90 through 109 )
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12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 200 through 235 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 236 through 251 )
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21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 216 through 267 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 268 through 287 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 288 through 314 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 18 through 62 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 63 through 89 )
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30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 216 through 267 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 268 through 287 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 288 through 314 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 17 through 42 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 43 through 109 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 110 through 134 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 135 through 156 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 157 through 184 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 185 through 215 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 216 through 254 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resid 255 through 287 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resid 288 through 314 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 17 through 42 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 43 through 109 )
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46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 157 through 235 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'F' and (resid 236 through 267 )
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50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'G' and (resid 18 through 62 )
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57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'G' and (resid 288 through 314 )
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59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'H' and (resid 43 through 109 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'H' and (resid 110 through 134 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'H' and (resid 135 through 175 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'H' and (resid 176 through 199 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'H' and (resid 200 through 235 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'H' and (resid 236 through 267 )
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66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'H' and (resid 288 through 314 )
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'I' and (resid 17 through 42 )
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'I' and (resid 43 through 154 )
69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'I' and (resid 155 through 215 )
70	X-RAY DIFFRACTION	70	chain 'I' and (resid 216 through 267 )
71	X-RAY DIFFRACTION	71	chain 'I' and (resid 268 through 314 )
72	X-RAY DIFFRACTION	72	chain 'J' and (resid 14 through 109 )
73	X-RAY DIFFRACTION	73	chain 'J' and (resid 110 through 134 )
74	X-RAY DIFFRACTION	74	chain 'J' and (resid 135 through 184 )
75	X-RAY DIFFRACTION	75	chain 'J' and (resid 185 through 215 )
76	X-RAY DIFFRACTION	76	chain 'J' and (resid 216 through 267 )
77	X-RAY DIFFRACTION	77	chain 'J' and (resid 268 through 288 )
78	X-RAY DIFFRACTION	78	chain 'J' and (resid 289 through 314 )
79	X-RAY DIFFRACTION	79	chain 'K' and (resid 14 through 109 )
80	X-RAY DIFFRACTION	80	chain 'K' and (resid 110 through 134 )
81	X-RAY DIFFRACTION	81	chain 'K' and (resid 135 through 197 )
82	X-RAY DIFFRACTION	82	chain 'K' and (resid 198 through 235 )
83	X-RAY DIFFRACTION	83	chain 'K' and (resid 236 through 267 )
84	X-RAY DIFFRACTION	84	chain 'K' and (resid 268 through 287 )
85	X-RAY DIFFRACTION	85	chain 'K' and (resid 288 through 314 )
86	X-RAY DIFFRACTION	86	chain 'L' and (resid 14 through 62 )
87	X-RAY DIFFRACTION	87	chain 'L' and (resid 63 through 109 )
88	X-RAY DIFFRACTION	88	chain 'L' and (resid 110 through 134 )
89	X-RAY DIFFRACTION	89	chain 'L' and (resid 135 through 199 )
90	X-RAY DIFFRACTION	90	chain 'L' and (resid 200 through 235 )
91	X-RAY DIFFRACTION	91	chain 'L' and (resid 236 through 252 )
92	X-RAY DIFFRACTION	92	chain 'L' and (resid 253 through 270 )
93	X-RAY DIFFRACTION	93	chain 'L' and (resid 271 through 288 )
94	X-RAY DIFFRACTION	94	chain 'L' and (resid 289 through 314 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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