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- PDB-4qii: Crystal Structure of type II MenB from Mycobacteria tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qii
タイトルCrystal Structure of type II MenB from Mycobacteria tuberculosis
要素1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
キーワードLYASE / 1 / 4-dihydroxy-2-naphthoyl-coenzyme A / synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase / 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase activity / menaquinone biosynthetic process / protein hexamerization / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase, MenB / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex ...1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase, MenB / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Salicylyl CoA / TRIETHYLENE GLYCOL / 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Song, H.G. / Tse, Y.S. / Sung, H.P. / Guo, Z.H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Ligand-dependent active-site closure revealed in the crystal structure of Mycobacterium tuberculosis MenB complexed with product analogues
著者: Song, H. / Sung, H.P. / Tse, Y.S. / Jiang, M. / Guo, Z.H.
履歴
登録2014年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
B: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
C: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
D: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
E: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
F: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
G: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
H: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
I: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
J: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
K: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
L: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)454,09228
ポリマ－442,84012
非ポリマー11,25216
水69,4663856
1
A: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
B: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
C: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
D: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
E: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
F: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,04614
ポリマ－221,4206
非ポリマー5,6268
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area43150 Å2
ΔGint-171 kcal/mol
Surface area50070 Å2
手法PISA
2
G: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
H: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
I: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
J: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
K: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
L: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,04614
ポリマ－221,4206
非ポリマー5,6268
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area43180 Å2
ΔGint-173 kcal/mol
Surface area50040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.470, 147.720, 140.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.45, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase / DHNA-CoA synthase


分子量: 36903.301 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WNP5, 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
#2: 化合物
ChemComp-2NE / Salicylyl CoA


分子量: 887.640 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H40N7O18P3S
#3: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3856 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.13 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M NaCl, 0.1M HEPES pH 8.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→34.96 Å / Num. obs: 439236 / Biso Wilson estimate: 16.5 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Q52

1q52


解像度: 1.64→34.955 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1812 22018 5.02 %
Rwork0.1508 --
obs0.1523 438964 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→34.955 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28083 0 724 3856 32663
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00629523
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07840129
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.710703
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0454163
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055283
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.64-1.65860.27227220.25331376098
1.6586-1.67810.28817720.24431370298
1.6781-1.69860.26477580.23421378999
1.6986-1.72010.27797490.22811373499
1.7201-1.74270.25667400.2131381399
1.7427-1.76660.24517060.20151384899
1.7666-1.79190.24087640.19531382799
1.7919-1.81860.22697190.17961384599
1.8186-1.8470.237650.181381399
1.847-1.87730.21917160.17761387399
1.8773-1.90970.21867570.17771392999
1.9097-1.94440.21136870.17561389799
1.9444-1.98180.19016950.15571393699
1.9818-2.02220.1947450.15341389599
2.0222-2.06620.19787410.15281392299
2.0662-2.11430.19727070.14811391099
2.1143-2.16710.1827240.14291400299
2.1671-2.22570.18387310.14411394499
2.2257-2.29120.17396810.144714005100
2.2912-2.36510.18067550.14813884100
2.3651-2.44960.17367640.143413956100
2.4496-2.54770.18597300.149314004100
2.5477-2.66360.17756950.144214048100
2.6636-2.8040.17427550.14413990100
2.804-2.97960.18477210.149314010100
2.9796-3.20950.16077720.14531394599
3.2095-3.53220.15227020.13461392199
3.5322-4.04260.14177470.121358397
4.0426-5.09080.13337610.115114107100
5.0908-34.96340.17977370.15581405499
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 158.7066 Å / Origin y: 6.1818 Å / Origin z: 210.0187 Å
111213212223313233
T0.0766 Å20.0034 Å20.0187 Å2-0.0872 Å2-0.0006 Å2--0.1093 Å2
L0.0797 °2-0.0037 °20.0989 °2-0.0752 °2-0.0112 °2--0.2348 °2
S-0.0003 Å °-0.0192 Å °-0.0102 Å °0.0207 Å °0.0098 Å °0.013 Å °-0.0179 Å °-0.0274 Å °-0.0089 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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