PDB-4qib: Oxidation-Mediated Inhibition of the Peptidyl-Prolyl Isomerase Pin1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qib

タイトル

Oxidation-Mediated Inhibition of the Peptidyl-Prolyl Isomerase Pin1

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1

キーワード

ISOMERASE / cis-trans isomerization / Oxidation of active site cysteine / cysteine sulfenic-sulfinic acid redox regulation / parvulin

機能・相同性

機能・相同性情報

cis-trans isomerase activity / phosphothreonine residue binding / negative regulation of cell motility / ubiquitin ligase activator activity / regulation of protein localization to nucleus / GTPase activating protein binding / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of mitotic nuclear division / postsynaptic cytosol / negative regulation of SMAD protein signal transduction ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.865 Å

データ登録者

Innes, B.T. / Sowole, M.A. / Konermann, L. / Litchfield, D.W. / Brandl, C.J. / Shilton, B.H.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2015
タイトル: Peroxide-mediated oxidation and inhibition of the peptidyl-prolyl isomerase Pin1.
著者: Innes, B.T. / Sowole, M.A. / Gyenis, L. / Dubinsky, M. / Konermann, L. / Litchfield, D.W. / Brandl, C.J. / Shilton, B.H.

履歴

登録	2014年5月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月4日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qib.cif.gz	98.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qib.ent.gz	83.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qib.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qib_validation.pdf.gz	715.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qib_full_validation.pdf.gz	715.9 KB	表示
XML形式データ	4qib_validation.xml.gz	10.2 KB	表示
CIF形式データ	4qib_validation.cif.gz	14.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/4qib ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/4qib	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3kab-d 3kai-d 3tdb-d 2xp5-d 2xpa-d 4aky-2 3tcz-d 3ntp-d 3tc5-d 4aky-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (8) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (8)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1

ヘテロ分子

18.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.530, 68.530, 79.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase Pin1 / PPIase Pin1 / Rotamase Pin1 分子量: 17640.555 Da / 分子数: 1 / 変異: R14A / 由来タイプ: 組換発現詳細: Pin1 coding sequence beginning with LPPGW, preceded by GA, which is left from cloning and cleavage; N-terminal sequence GALPPGW... 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIN1 / プラスミド: pProEX-HTa Pin1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13526, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.3 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 20 mg/mL protein, 2.0 to 2.4 M ammonium sulfate, 1% poly(ethylene glycol) 400, 100 mM Hepes, 10 mM H2O2, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 115 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.5418 Å
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→27.791 Å / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 16.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 23.1
反射シェル	解像度: 1.86→1.96 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.173 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Num. unique all: 2445 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1690)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.865→27.791 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.68 / 位相誤差: 17.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1851	3501	10.17 %	Random
R_work	0.1528	-	-	-
all	0.156	34475	-	-
obs	0.156	34414	99.04 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.865→27.791 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1158	0	44	202	1404

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1222
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.336	1635
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.261	464
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	162
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	209

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8645-1.8901	0.4099	105	0.3537	968	X-RAY DIFFRACTION	77
1.8901-1.9171	0.2102	149	0.1946	1232	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9171-1.9457	0.2495	141	0.1779	1275	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9457-1.9761	0.2805	145	0.1818	1271	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9761-2.0084	0.2243	119	0.1658	1256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0084-2.0431	0.2669	148	0.167	1213	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0431-2.0802	0.1869	137	0.1595	1262	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0802-2.1202	0.1942	132	0.161	1212	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1202-2.1635	0.1917	148	0.1598	1268	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1635-2.2105	0.1675	147	0.1482	1285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2105-2.2619	0.1998	140	0.144	1188	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2619-2.3184	0.2047	144	0.1481	1285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3184-2.3811	0.195	144	0.1499	1255	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3811-2.4511	0.1378	142	0.1409	1255	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4511-2.5302	0.1781	142	0.1388	1223	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5302-2.6205	0.228	150	0.1509	1253	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6205-2.7254	0.1662	136	0.148	1226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7254-2.8493	0.1711	150	0.1537	1259	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8493-2.9993	0.177	139	0.156	1240	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9993-3.187	0.1856	133	0.1554	1254	X-RAY DIFFRACTION	100
3.187-3.4327	0.1766	141	0.1471	1257	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4327-3.7773	0.1701	138	0.1355	1243	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7773-4.3222	0.1597	150	0.1236	1260	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3222-5.4388	0.1313	136	0.1406	1227	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4388-27.794	0.208	145	0.1877	1246	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6956	0.8534	1.002	2.6609	1.6638	3.5288	0.0076	-0.2836	0.5459	0.0631	-0.1761	-0.0374	-0.2304	-0.0713	0.185	0.1116	-0.0114	0.015	0.2323	0.0247	0.1879	-26.7037	33.2325	-19.7432
2	5.9629	1.9467	-4.0768	4.8355	-1.4315	3.423	0.0446	-0.0751	0.0978	0.3042	0.0209	0.2768	0.2759	-0.7076	-0.2001	0.3402	-0.258	0.0251	0.2776	0.0918	0.1594	-36.6985	8.6147	-22.0581
3	2.3249	2.929	0.4008	6.4528	0.4474	2.2505	-0.0758	-0.0164	-0.2998	0.0463	0.1136	-0.2762	0.5142	-0.1182	-0.0575	0.1735	-0.0379	-0.0237	0.1461	0.0196	0.1686	-25.4517	12.6222	-23.6832
4	1.7389	-0.4597	0.0177	3.2174	0.2121	2.7631	0.0205	-0.0823	-0.0015	-0.1017	0.0447	0.0532	0.0308	-0.4203	-0.0479	0.0986	-0.047	-0.0148	0.2132	0.0204	0.1098	-32.9504	23.2866	-29.0774

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 62 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 63 through 72 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 73 through 98 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 99 through 163 )

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