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万見
- PDB-4qi4: Dehydrogenase domain of Myriococcum thermophilum cellobiose dehyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qi4
タイトルDehydrogenase domain of Myriococcum thermophilum cellobiose dehydrogenase, MtDH
要素Cellobiose dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / FAD/NAD(P)-binding domain / cellobiose oxidizing / electron transfer / lignocellulose degradation / CDH cytochrome domain
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / cellulose binding / polysaccharide catabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cellobiose dehydrogenase, cytochrome domain / Cytochrome domain of cellobiose dehydrogenase / GMC oxidoreductases signature 1. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain ...Cellobiose dehydrogenase, cytochrome domain / Cytochrome domain of cellobiose dehydrogenase / GMC oxidoreductases signature 1. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / FAD binding domain / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Cellobiose dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Myriococcum thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Tan, T.C. / Gandini, R. / Sygmund, C. / Kittl, R. / Haltrich, D. / Ludwig, R. / Hallberg, B.M. / Divne, C.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural basis for cellobiose dehydrogenase action during oxidative cellulose degradation.
著者: Tan, T.C. / Kracher, D. / Gandini, R. / Sygmund, C. / Kittl, R. / Haltrich, D. / Hallberg, B.M. / Ludwig, R. / Divne, C.
履歴
登録2014年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.22018年3月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellobiose dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,09914
ポリマ－63,2311
非ポリマー2,86713
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Cellobiose dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Cellobiose dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Cellobiose dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,29642
ポリマ－189,6943
非ポリマー8,60239
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area15450 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area59180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.755, 171.755, 72.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-911-

CD

21A-913-

CD

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要素

#1: タンパク質 Cellobiose dehydrogenase


分子量: 63231.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myriococcum thermophilum (菌類) / 株: CBS 208.89 / 遺伝子: CDH / プラスミド: pPICZ B / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: A9XK88
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.64 %
結晶化温度: 298 K / pH: 4.6
詳細: 0.1 M NaAc pH 4.6, 0.1 M CdCl2, 18% (w/v) PEG monomethylether 550, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月21日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→44.32 Å / Num. obs: 33521 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.3_1477)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.7→44.32 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 1991 5.94 %
Rwork0.181 --
obs0.184 33519 99.9 %
all-33519 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→44.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4456 0 132 0 4588
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014712
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.396429
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4771653
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057710
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007832
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7001-2.76760.40391400.34112242X-RAY DIFFRACTION100
2.7676-2.84240.38881430.32632216X-RAY DIFFRACTION100
2.8424-2.9260.35771390.30312228X-RAY DIFFRACTION100
2.926-3.02040.35041430.27522243X-RAY DIFFRACTION100
3.0204-3.12840.30871440.24912235X-RAY DIFFRACTION100
3.1284-3.25360.27651450.22812239X-RAY DIFFRACTION100
3.2536-3.40160.28081410.21892236X-RAY DIFFRACTION100
3.4016-3.58090.26231400.20492259X-RAY DIFFRACTION100
3.5809-3.80510.2261450.16732244X-RAY DIFFRACTION100
3.8051-4.09870.1891450.15582241X-RAY DIFFRACTION100
4.0987-4.51080.1811470.13492254X-RAY DIFFRACTION100
4.5108-5.16270.20221400.13572270X-RAY DIFFRACTION100
5.1627-6.50120.20621380.1682281X-RAY DIFFRACTION100
6.5012-44.32460.20921410.16962340X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.72030.6709-0.57862.2907-0.88541.4713-0.00630.06730.1179-0.2160.12450.3386-0.3197-0.07860.00010.70630.0026-0.07720.32090.03560.488181.9734-18.8998-25.9207
21.1270.5928-0.46711.75080.18710.8698-0.0850.00560.0235-0.1021-0.1-0.2342-0.37830.1544-0.00090.7511-0.1129-0.06770.3236-0.01350.418393.8485-16.1852-24.686
3-0.18440.4568-0.30680.3316-0.013-0.14080.0107-0.15210.05610.1589-0.2012-0.7307-0.42510.4357-0.00620.8961-0.2272-0.02310.51030.02830.701102.1907-20.7334-24.318
40.3039-0.12270.30790.3954-0.11470.50330.0854-0.1525-0.188-0.0625-0.165-0.3019-0.36830.23390.00010.5628-0.12630.06360.35510.02870.5855100.5405-26.6126-24.8894
50.7535-0.26090.00880.93480.23610.2148-0.0505-0.2755-0.10970.20260.00430.2073-0.0551-0.04720.00040.5534-0.0172-0.01730.54280.03630.499573.8858-39.0378-7.0177
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 223 through 492 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 493 through 592 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 593 through 648 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 649 through 749 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 750 through 807 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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