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- PDB-4qht: Crystal structure of AAA+/ sigma 54 activator domain of the flage... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qht
タイトルCrystal structure of AAA+/ sigma 54 activator domain of the flagellar regulatory protein FlrC from Vibrio cholerae in ATP analog bound state
要素Flagellar regulatory protein C
キーワードTRANSCRIPTION / AAA+ ATPase domain / ATP hydrolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulators FlbD/FleR/FlgR / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family ...Transcriptional regulators FlbD/FleR/FlgR / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Homeobox-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Flagellar regulatory protein C / Flagellar regulatory protein C
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.559 Å
データ登録者Dey, S. / Biswas, M. / Sen, U. / Dasgupta, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Unique ATPase site architecture triggers cis-mediated synchronized ATP binding in heptameric AAA+-ATPase domain of flagellar regulatory protein FlrC
著者: Dey, S. / Biswas, M. / Sen, U. / Dasgupta, J.
履歴
登録2014年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar regulatory protein C
B: Flagellar regulatory protein C
C: Flagellar regulatory protein C
D: Flagellar regulatory protein C
E: Flagellar regulatory protein C
F: Flagellar regulatory protein C
G: Flagellar regulatory protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,28433
ポリマ－208,8267
非ポリマー4,45826
水7,116395
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.959, 152.560, 193.138
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Flagellar regulatory protein C


分子量: 29832.258 Da / 分子数: 7 / 断片: UNP residues 132-381 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: O395 / 遺伝子: flrC / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5F6D4, UniProt: A0A0H3AHP1*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 12% PEG 6000, 0.1M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月6日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.559→49.387 Å / Num. all: 77804 / Num. obs: 77495 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 49.49 Å2
反射 シェル解像度: 2.56→2.6 Å / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 2.559→49.199 Å / FOM work R set: 0.7938 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2474 3899 5.03 %
Rwork0.1822 --
obs0.1856 77495 99.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 167.24 Å2 / Biso mean: 54.7 Å2 / Biso min: 19.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.559→49.199 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13469 0 272 395 14136
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01113968
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.30118892
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0562163
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062408
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.075298
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5591-2.59030.35911290.26842406253592
2.5903-2.62310.37771350.257126172752100
2.6231-2.65760.29321320.248125962728100
2.6576-2.6940.29561370.22926182755100
2.694-2.73250.29491460.228625792725100
2.7325-2.77330.33791520.226926152767100
2.7733-2.81660.31441310.220926172748100
2.8166-2.86280.29411330.225926172750100
2.8628-2.91210.30351440.218326102754100
2.9121-2.96510.28491310.218626342765100
2.9651-3.02210.2551440.209125982742100
3.0221-3.08380.29851570.215326112768100
3.0838-3.15080.31681350.222426092744100
3.1508-3.22410.28041340.221826452779100
3.2241-3.30470.29631810.222625612742100
3.3047-3.3940.29241360.206726602796100
3.394-3.49390.25921300.202226322762100
3.4939-3.60660.29951260.197226212747100
3.6066-3.73550.25891550.178726362791100
3.7355-3.8850.29661390.177926552794100
3.885-4.06170.22061260.170126522778100
4.0617-4.27570.20911370.155526502787100
4.2757-4.54350.2091330.141426632796100
4.5435-4.8940.18511320.138426452777100
4.894-5.38590.2121470.152626862833100
5.3859-6.1640.25921400.169727062846100
6.164-7.76110.1981340.170627172851100
7.7611-49.20790.16011430.14592740288396
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.8365-2.6716-2.03512.69641.31123.1828-0.0581-0.22440.10220.15950.1965-0.21030.10180.2549-0.08930.4175-0.0622-0.05260.2833-0.01450.3411-25.870534.820348.2
27.688-1.4845-2.7110.75521.16982.20780.0640.55091.0935-0.29570.3434-0.3238-0.44410.2055-0.5080.4655-0.1615-0.00140.46390.00550.6119-11.879236.333436.2943
35.93660.90420.69642.49450.75215.0464-0.25230.5891-0.0088-0.28830.2015-0.1717-0.09940.51570.05210.3412-0.032-0.03070.36810.01570.3653-14.52528.429930.3071
40.50010.74290.20295.3121.0227-0.00460.1327-0.0416-0.12250.0009-0.15760.19430.1089-0.08110.03490.3079-0.0204-0.01370.2896-0.01070.2549-29.154752.172847.3294
57.7151.7414-4.26122.4565-0.10116.27530.4750.9857-0.2892-1.1527-0.11610.6468-0.3345-0.92840.03690.54730.0574-0.11060.3683-0.07920.3528-33.268264.358345.6832
622.00011.99992220.9308-0.3198-3.5012.97182.46112.63287.8024-0.6497-3.39020.97240.2770.14521.09360.24111.2218-35.950868.80639.28
75.6459-2.8093-1.23832.3581.10051.91110.14920.74820.1463-0.2504-0.0425-0.4672-0.0158-0.1655-0.11430.4413-0.08260.02090.436-0.03160.4152-15.440467.665226.7329
86.85881.4271-0.48244.39451.43572.5768-0.09640.1738-0.3785-0.31960.0887-0.03770.2089-0.1733-0.00610.4179-0.0444-0.0130.3450.05960.3131-17.215756.176728.1904
90.67210.3095-0.59774.5816-3.2034.850.31080.00880.1240.3318-0.1149-0.0362-0.59280.0865-0.19980.4590.02150.03940.34870.01630.308-29.286684.774818.8084
106.0716-1.9552-3.51239.402-1.93543.25090.49460.3322-0.1077-0.48190.15370.2731-0.9386-1.3266-0.57490.67040.0565-0.09160.58170.10720.3482-33.082790.97277.8853
113.7608-1.02391.88381.0036-1.97983.3904-0.07280.4526-0.2047-0.0282-0.118-0.17580.02190.4180.26470.4155-0.00170.05720.60020.01750.4236-19.166481.0072-7.0444
125.14170.8757-1.22372.22460.02251.1834-0.1108-0.1259-0.3050.1168-0.024-0.10120.16130.03060.11620.4444-0.0360.02840.57130.06460.378-13.723370.12132.5916
130.49250.3688-0.81090.6475-0.69785.7616-0.0292-0.1812-0.07090.06020.0040.054-0.1015-0.4473-0.00980.30320.03190.01950.29110.05420.2913-29.647480.6659-25.9243
140.71010.6506-0.34161.3588-0.79630.46880.05720.0409-0.26470.0449-0.05830.150.232-0.0873-0.0391.4218-0.78440.01050.7163-0.31021.271-35.426468.8284-38.9167
154.58181.21971.94752.28961.09973.3796-0.02380.1848-0.53290.04930.16-0.02810.27730.5614-0.10620.38140.05250.05320.31880.0160.3571-19.28958.9993-37.615
166.657-0.5691-1.09831.793-1.07373.2265-0.1489-0.3685-0.16320.15690.0051-0.06320.26860.42490.1270.38310.0190.05120.3512-0.00570.355-13.769759.8208-23.0502
170.49790.1050.28425.99613.51572.35460.16440.15920.0682-0.3593-0.09380.032-0.29120.1399-0.03560.4302-0.0052-0.01020.3470.02350.3804-29.268446.0749-48.8898
188.2158-2.96931.20578.78025.02484.68480.21610.3768-0.4797-0.0548-0.0720.6581.2409-1.18380.27170.6385-0.033-0.08440.3227-0.01080.3365-33.32633.9067-52.4978
194.5283-1.21120.9022.00018.30585.7917-0.2073-0.18390.03990.40340.0736-0.36920.25820.2529-0.18051.80370.53230.36810.8490.04910.8715-32.047829.6704-45.254
204.80782.54930.68713.49911.57341.69360.0808-0.1644-0.34420.12160.1207-0.49710.16730.1859-0.21760.34220.06920.01040.346-0.03070.4659-19.220721.6674-39.8314
216.1202-0.8097-1.65311.07251.232.304-0.1007-0.41190.11780.24640.2881-0.15150.00980.164-0.18220.44120.04110.05210.3857-0.03010.5078-13.71833.3605-31.2096
220.8523-1.13280.01783.5623-1.54320.9660.09570.11640.0366-0.2101-0.03640.04030.0499-0.0559-0.05470.35120.00120.01440.3764-0.05140.3069-29.13134.8962-36.6199
234.17420.13775.12282.8323-0.52876.444-0.0777-0.549-0.41010.31610.33720.4779-0.0824-1.0597-0.11660.652-0.0880.0750.4694-0.01240.3905-33.1993-5.455-29.7576
2422-9.71932-0.58011.9999-0.12880.4268-1.0357-0.1281-0.5056-0.2061-0.9627-2.21110.74591.5244-0.231-0.3261.6279-0.28260.8221-37.7263-6.8856-18.8742
255.27481.8835-0.69582.6462-0.96321.3717-0.002-0.66810.13940.3313-0.2632-0.2245-0.010.21510.2610.42680.0327-0.02660.4741-0.01220.3551-19.3386-3.6689-11.9624
265.2253-1.47650.24733.75520.64571.7591-0.1049-0.01450.49440.2589-0.0752-0.4241-0.20480.09080.17460.40310.0163-0.01670.38370.04450.3632-13.839310.3981-15.8713
271.6233-0.80561.14841.6783-1.73145.04930.03620.0656-0.08540.10350.04530.01050.1898-0.1237-0.0890.3855-0.0406-0.00020.3272-0.04380.2784-29.9089-11.87855.194
282.4748-0.3328-1.37715.03521.1737.5087-0.02650.26390.00630.0467-0.10930.09760.49030.34950.15240.30.0325-0.02020.34460.02770.393-25.9176-2.219127.4842
298.25931.924-2.70912.7842-0.39163.26650.0768-0.7651.21880.20590.03520.4553-0.44290.5930.06160.3593-0.0196-0.05250.5309-0.03050.4411-13.526.826122.7848
309.25633.321-3.03472.7769-1.11144.0019-0.16040.04741.2062-0.01390.05880.2887-0.9682-0.2369-0.18580.5784-0.0576-0.150.57820.0990.6688-1.26815.44913.6839
318.6863-2.92331.87466.7477-3.20287.87120.36190.51480.3754-0.2851-0.2912-0.0174-0.57040.5478-0.07260.32260.0128-0.04750.48670.03610.4035-15.29517.503611.928
327.30350.2761-0.37353.9582-0.55920.3951-0.43210.12740.1541-0.43910.0763-0.35470.14830.47720.37860.5371-0.0472-0.06440.74840.0280.3342-7.36864.060511.2167
335.5661.74883.84956.5548-3.46789.4451-0.1520.24950.1938-0.4753-0.09670.4703-0.39640.22790.26980.39270.0719-0.05820.5763-0.08310.4332-27.54627.71639.373
340.46950.27781.0672.06762.32913.406-0.06010.25650.20070.1431-0.10440.13550.05370.0557-0.10030.3721-0.0103-0.01860.28610.03590.3071-27.36295.636.4678
351.73310.53360.99862.09522.30012.51890.0875-0.1563-0.25470.111-0.0260.0831-0.0336-0.43170.1160.2807-0.0173-0.01880.25240.0460.3042-30.721313.915943.9755
366.70971.74231.48496.522-0.04062.5747-0.30330.1677-0.40061.27870.1831.2844-1.3843-0.8920.180.49620.12440.08510.46940.03610.2808-33.548618.865448.4794
371.761.02461.0734.28924.25184.21731.2549-0.55712.36460.44520.0473-0.1981-3.0408-0.4581-1.31641.14750.49180.65630.92820.15330.833-34.98726.23743.0375
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 130 THROUGH 164 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 165 THROUGH 206 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 207 THROUGH 292 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 293 THROUGH 361 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 362 THROUGH 374 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 375 THROUGH 375 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 130 THROUGH 221 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 222 THROUGH 293 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 294 THROUGH 360 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 361 THROUGH 374 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN C AND (RESID 130 THROUGH 201 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN C AND (RESID 202 THROUGH 292 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN C AND (RESID 293 THROUGH 374 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN C AND (RESID 375 THROUGH 377 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN D AND (RESID 130 THROUGH 201 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN D AND (RESID 202 THROUGH 292 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN D AND (RESID 293 THROUGH 361 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN D AND (RESID 362 THROUGH 374 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN D AND (RESID 375 THROUGH 375 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN E AND (RESID 130 THROUGH 201 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN E AND (RESID 202 THROUGH 292 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN E AND (RESID 293 THROUGH 361 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN E AND (RESID 362 THROUGH 374 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN E AND (RESID 375 THROUGH 375 )
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN F AND (RESID 130 THROUGH 201 )
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN F AND (RESID 202 THROUGH 292 )
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN F AND (RESID 293 THROUGH 374 )
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN G AND (RESID 130 THROUGH 164 )
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN G AND (RESID 165 THROUGH 201 )
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN G AND (RESID 202 THROUGH 221 )
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN G AND (RESID 222 THROUGH 249 )
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN G AND (RESID 250 THROUGH 271 )
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN G AND (RESID 272 THROUGH 292 )
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN G AND (RESID 293 THROUGH 324 )
35X-RAY DIFFRACTION35CHAIN G AND (RESID 325 THROUGH 361 )
36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN G AND (RESID 362 THROUGH 374 )
37X-RAY DIFFRACTION37CHAIN G AND (RESID 375 THROUGH 375 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る