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- PDB-4qhq: The structure of a nutrient binding protein from Burkholderia cen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qhq
タイトルThe structure of a nutrient binding protein from Burkholderia cenocepacia bound to methionine
要素Lipoprotein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / nutrient binding protein / ABC transporter / methionine
機能・相同性
機能・相同性情報


Lipoprotein NlpA family / NlpA lipoprotein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHIONINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Lipoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The structure of a nutrient binding protein from Burkholderia cenocepacia bound to methionine
著者: Clifton, M.C. / Arakaki, T.
履歴
登録2014年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3923
ポリマ－26,1371
非ポリマー2552
水4,630257
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.630, 67.170, 55.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.600, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Lipoprotein


分子量: 26136.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610
遺伝子: BCAL0763 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4EA88
#2: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20mg/ml BuceA.18560.a.B1.PS01924, 100mM succinic acid, 15% PEG3350, 20% Ethylene glycol as a cryoprotectant, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月3日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→28.57 Å / Num. obs: 43114 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 12.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Χ2: 1.023 / Net I/σ(I): 19.66
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.4-1.440.2755.1314885306492.3
1.44-1.480.2266.4615294304096.5
1.48-1.520.2037.4815036298494.5
1.52-1.570.169.4814621290995.8
1.57-1.620.13910.7614280285496.4
1.62-1.670.11213.0313648272295.2
1.67-1.740.0951513130265697.3
1.74-1.810.07717.9212667256196.8
1.81-1.890.06620.412015245296.3
1.89-1.980.05823.3111443237196.6
1.98-2.090.0526.410819224798.6
2.09-2.210.04529.3110276212797.6
2.21-2.370.04330.859691202297.7
2.37-2.560.0432.229112189298.3
2.56-2.80.03734.28485174898.3
2.8-3.130.03335.557662157598.8
3.13-3.610.0337.276848139598.4
3.61-4.430.02337.665762119098.9
4.43-6.260.02137.05430291096.7
6.260.02134.81169539575.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.4 Å42.25 Å
Translation1.4 Å42.25 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TQW

3tqw


解像度: 1.4→28.57 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 19.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1948 2175 5.05 %
Rwork0.167 --
obs0.1683 43073 96.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 61.26 Å2 / Biso mean: 21.3156 Å2 / Biso min: 6.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→28.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1778 0 16 257 2051
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051838
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0932511
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076298
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006331
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.333664
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4-1.43040.24411300.21372426255692
1.4304-1.46370.21411300.19922530266096
1.4637-1.50030.22741270.19662494262194
1.5003-1.54090.23491340.18532559269397
1.5409-1.58620.2291390.17852506264594
1.5862-1.63740.22191410.17812559270097
1.6374-1.69590.18991490.1712498264796
1.6959-1.76380.20881280.16942557268596
1.7638-1.84410.18651360.17092589272597
1.8441-1.94130.18921410.17082559270097
1.9413-2.06290.19291310.1762602273397
2.0629-2.22210.22991460.16662580272698
2.2221-2.44560.19881440.1732589273398
2.4456-2.79920.21071440.17582639278399
2.7992-3.52570.17991360.15672647278399
3.5257-28.57580.15311190.14382564268394
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1521-0.7221.20492.8689-0.27914.24870.0061-0.2482-0.26870.27250.0603-0.00880.32860.0551-0.07730.1481-0.00590.01190.11170.05480.1362-9.3360.2665.017
21.8751-0.64330.64882.1527-0.3253.2461-0.0763-0.4042-0.16950.23610.13770.1906-0.0094-0.3607-0.0530.10660.01180.02410.1990.02880.1146-15.8799.5267.284
32.1044-0.56120.6765.10150.23843.0228-0.1477-0.16410.18960.10940.11050.0381-0.4266-0.0750.04120.10780.0118-0.01540.0822-0.01630.0843-12.79618.968-0.92
41.6967-0.10531.06931.08810.40572.9379-0.05890.19210.0325-0.2117-0.0370.0226-0.3566-0.07160.08480.11960.00940.00570.1087-0.00980.0876-16.27614.126-16.491
52.17730.0364-1.08442.3939-1.11142.57240.02150.11180.1982-0.3741-0.1002-0.091-0.8524-0.02420.08850.52190.0238-0.03220.1761-0.01570.1774-18.77623.867-20.9
62.1061-0.55690.9481.3853-0.0342.54450.06540.1745-0.2309-0.1097-0.02220.09470.0412-0.0967-0.03020.0722-0.0010.00650.1057-0.02920.1144-17.6467.449-15.867
72.3308-0.99090.50142.45840.81624.6974-0.0892-0.35720.06730.33850.1629-0.2725-0.00720.187-0.08460.1021-0.0122-0.03070.15780.00080.1105-2.87410.4238.015
82.9078-0.04851.61452.548-0.81494.10790.12160.0436-0.3207-0.0468-0.03-0.160.38980.2991-0.08870.13730.02860.00710.1357-0.02880.1964-4.029-0.856-7.183
97.551-1.8457-5.85017.36452.79814.8390.0909-0.01930.1075-0.17040.0313-0.1995-0.12590.1826-0.13130.0787-0.00410.00390.1191-0.00950.1135-13.14411.829-7.298
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 31:56 )A31 - 56
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 57:81 )A57 - 81
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 82:98 )A82 - 98
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 99:150 )A99 - 150
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 151:185 )A151 - 185
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 186:228 )A186 - 228
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 229:252 )A229 - 252
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 253:271 )A253 - 271
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 301:301 )A301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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