PDB-4qfj: The crystal structure of rat angiogenin-heparin complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qfj

タイトル

The crystal structure of rat angiogenin-heparin complex

要素

Angiogenin

キーワード

HYDROLASE / catalytic / angiogenesis

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA destabilization / tRNA-specific ribonuclease activity / activation of phospholipase A2 activity / angiogenin-PRI complex / diacylglycerol biosynthetic process / response to yeast / antifungal humoral response / : / positive regulation of phosphorylation / rRNA transcription ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.196 Å

データ登録者

Yeo, K.J. / Hwang, E. / Min, K.M. / Hwang, K.Y. / Jeon, Y.H. / Chang, S.I. / Cheong, H.K.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of rat angiogenin-heparin complex
著者: Yeo, K.J. / Hwang, E. / Min, K.M. / Hwang, K.Y. / Jeon, Y.H. / Chang, S.I. / Cheong, H.K.

履歴

登録	2014年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.0	2020年10月14日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_src_gen / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_branch_scheme.mon_id / _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id / _pdbx_chem_comp_identifier.identifier / _pdbx_chem_comp_identifier.program / _pdbx_chem_comp_identifier.type / _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor / _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 / _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 / _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 / _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 / _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 / _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 / _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 / _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 / _pdbx_entity_branch_list.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 3.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qfj.cif.gz	64 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qfj.ent.gz	45.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qfj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qfj_validation.pdf.gz	863.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qfj_full_validation.pdf.gz	869.4 KB	表示
XML形式データ	4qfj_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	4qfj_validation.cif.gz	16.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/4qfj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/4qfj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qfiC 2bwkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3bgu-d 1ceh-1 3ong-1 1kvy-1 4a3p-d 4qw2-2 2z0b-7 1mkt-1 1r19-4 3ong-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (7) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (7) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Angiogenin

B: Angiogenin

ヘテロ分子

30.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.415, 42.420, 154.312
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Angiogenin

分子量: 14042.957 Da / 分子数: 2 / 断片: Catalytic domain, UNP residues 24-145 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ang, Ang1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5WRG2

#2: 多糖

2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1750.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
WURCS=2.0/2,6,5/[a2122h-1a_1-5_2NSO/3=O/3=O_6OSO/3=O/3=O][a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O]/1-2-1-2-1-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-4-deoxy-IdopA2SO3]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

#4: 化合物

ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸

分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 9% PEG8000, 5mM zinc acetate, 100mM sodium cacodylate (pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.196→50 Å / Num. obs: 13833 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3
反射シェル	解像度: 2.196→2.24 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7.1_743) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2BWK

2bwk

解像度: 2.196→38.189 Å / SU ML: 0.63 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2655	1397	10.14 %
R_work	0.2141	-	-
obs	0.2195	13781	99.18 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.091 Å² / k_sol: 0.399 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.9639 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.3663 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.5976 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.196→38.189 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1755	0	115	68	1938

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1920
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.334	2599
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.654	737
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	285
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	326

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.196-2.2744	0.2913	128	0.2236	1193	98
2.2744-2.3655	0.3387	140	0.2247	1223	100
2.3655-2.4731	0.2891	134	0.2282	1239	100
2.4731-2.6034	0.2749	139	0.2141	1209	100
2.6034-2.7665	0.3214	133	0.2348	1240	100
2.7665-2.98	0.3151	147	0.2342	1226	100
2.98-3.2798	0.2696	142	0.2332	1253	100
3.2798-3.754	0.2097	140	0.1958	1232	99
3.754-4.7283	0.2254	147	0.1688	1265	99
4.7283-38.1947	0.2783	147	0.2414	1304	96

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関連情報:EMDBヘッダ

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