PDB-4qfe: Crystal Structure of an Enoyl-CoA hydratase from Mycobacterium sm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qfe

タイトル

Crystal Structure of an Enoyl-CoA hydratase from Mycobacterium smegmatis

要素

Enoyl-CoA hydratase

キーワード

LYASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / hydratase

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-CoA hydratase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of an Enoyl-CoA hydratase from Mycobacterium smegmatis
著者: Dranow, D.M. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.

履歴

登録	2014年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qfe.cif.gz	997.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qfe.ent.gz	831.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qfe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qfe_validation.pdf.gz	558.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qfe_full_validation.pdf.gz	575.4 KB	表示
XML形式データ	4qfe_validation.xml.gz	108.1 KB	表示
CIF形式データ	4qfe_validation.cif.gz	150.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/4qfe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/4qfe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4z0m-d 3r9q-d 1ni3-d 3rsi-d 1e20-1 3nlc-d 1yi1-d 5e0n-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-MysmA.00386.a

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetTrack: SSGCID-MysmA.00386.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#13 - 2001年1月
アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Enoyl-CoA hydratase

B: Enoyl-CoA hydratase

C: Enoyl-CoA hydratase

D: Enoyl-CoA hydratase

E: Enoyl-CoA hydratase

F: Enoyl-CoA hydratase

G: Enoyl-CoA hydratase

H: Enoyl-CoA hydratase

I: Enoyl-CoA hydratase

J: Enoyl-CoA hydratase

K: Enoyl-CoA hydratase

L: Enoyl-CoA hydratase

ヘテロ分子

328 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Enoyl-CoA hydratase

D: Enoyl-CoA hydratase

F: Enoyl-CoA hydratase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
81.9 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Enoyl-CoA hydratase

E: Enoyl-CoA hydratase

H: Enoyl-CoA hydratase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
81.8 kDa, 3 ポリマー
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3

C: Enoyl-CoA hydratase

J: Enoyl-CoA hydratase

K: Enoyl-CoA hydratase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
82.1 kDa, 3 ポリマー
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4

G: Enoyl-CoA hydratase

I: Enoyl-CoA hydratase

L: Enoyl-CoA hydratase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
82.2 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	78.290, 86.580, 106.160
Angle α, β, γ (deg.)	84.96, 73.62, 83.18
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	ILE	ILE	A	A	2 - 229	7 - 234
2	1	SER	SER	ILE	ILE	B	B	2 - 229	7 - 234
1	2	VAL	VAL	ILE	ILE	A	A	1 - 229	6 - 234
2	2	VAL	VAL	ILE	ILE	E	E	1 - 229	6 - 234
1	3	PRO	PRO	ILE	ILE	A	A	4 - 229	9 - 234
2	3	PRO	PRO	ILE	ILE	F	F	4 - 229	9 - 234
1	4	GLU	GLU	ILE	ILE	A	A	3 - 229	8 - 234
2	4	GLU	GLU	ILE	ILE	G	G	3 - 229	8 - 234
1	5	GLU	GLU	ILE	ILE	A	A	3 - 229	8 - 234
2	5	GLU	GLU	ILE	ILE	H	H	3 - 229	8 - 234
1	6	SER	SER	ILE	ILE	A	A	2 - 229	7 - 234
2	6	SER	SER	ILE	ILE	I	I	2 - 229	7 - 234
1	7	GLU	GLU	ILE	ILE	A	A	3 - 229	8 - 234
2	7	GLU	GLU	ILE	ILE	J	J	3 - 229	8 - 234
1	8	SER	SER	ILE	ILE	A	A	2 - 229	7 - 234
2	8	SER	SER	ILE	ILE	C	C	2 - 229	7 - 234
1	9	SER	SER	ILE	ILE	A	A	2 - 229	7 - 234
2	9	SER	SER	ILE	ILE	D	D	2 - 229	7 - 234
1	10	PRO	PRO	SER	SER	A	A	4 - 228	9 - 233
2	10	PRO	PRO	SER	SER	K	K	4 - 228	9 - 233
1	11	GLU	GLU	ILE	ILE	A	A	3 - 229	8 - 234
2	11	GLU	GLU	ILE	ILE	L	L	3 - 229	8 - 234
1	12	SER	SER	ILE	ILE	B	B	2 - 229	7 - 234
2	12	SER	SER	ILE	ILE	E	E	2 - 229	7 - 234
1	13	PRO	PRO	SER	SER	B	B	4 - 228	9 - 233
2	13	PRO	PRO	SER	SER	F	F	4 - 228	9 - 233
1	14	GLU	GLU	SER	SER	B	B	3 - 228	8 - 233
2	14	GLU	GLU	SER	SER	G	G	3 - 228	8 - 233
1	15	GLU	GLU	SER	SER	B	B	3 - 228	8 - 233
2	15	GLU	GLU	SER	SER	H	H	3 - 228	8 - 233
1	16	SER	SER	ILE	ILE	B	B	2 - 229	7 - 234
2	16	SER	SER	ILE	ILE	I	I	2 - 229	7 - 234
1	17	GLU	GLU	SER	SER	B	B	3 - 228	8 - 233
2	17	GLU	GLU	SER	SER	J	J	3 - 228	8 - 233
1	18	SER	SER	SER	SER	B	B	2 - 228	7 - 233
2	18	SER	SER	SER	SER	C	C	2 - 228	7 - 233
1	19	SER	SER	SER	SER	B	B	2 - 228	7 - 233
2	19	SER	SER	SER	SER	D	D	2 - 228	7 - 233
1	20	PRO	PRO	SER	SER	B	B	4 - 228	9 - 233
2	20	PRO	PRO	SER	SER	K	K	4 - 228	9 - 233
1	21	GLU	GLU	SER	SER	B	B	3 - 228	8 - 233
2	21	GLU	GLU	SER	SER	L	L	3 - 228	8 - 233
1	22	PRO	PRO	ILE	ILE	E	E	4 - 229	9 - 234
2	22	PRO	PRO	ILE	ILE	F	F	4 - 229	9 - 234
1	23	GLU	GLU	ILE	ILE	E	E	3 - 229	8 - 234
2	23	GLU	GLU	ILE	ILE	G	G	3 - 229	8 - 234
1	24	GLU	GLU	ILE	ILE	E	E	3 - 229	8 - 234
2	24	GLU	GLU	ILE	ILE	H	H	3 - 229	8 - 234
1	25	SER	SER	ILE	ILE	E	E	2 - 229	7 - 234
2	25	SER	SER	ILE	ILE	I	I	2 - 229	7 - 234
1	26	GLU	GLU	ILE	ILE	E	E	3 - 229	8 - 234
2	26	GLU	GLU	ILE	ILE	J	J	3 - 229	8 - 234
1	27	SER	SER	ILE	ILE	E	E	2 - 229	7 - 234
2	27	SER	SER	ILE	ILE	C	C	2 - 229	7 - 234
1	28	SER	SER	ILE	ILE	E	E	2 - 229	7 - 234
2	28	SER	SER	ILE	ILE	D	D	2 - 229	7 - 234
1	29	PRO	PRO	SER	SER	E	E	4 - 228	9 - 233
2	29	PRO	PRO	SER	SER	K	K	4 - 228	9 - 233
1	30	GLU	GLU	ILE	ILE	E	E	3 - 229	8 - 234
2	30	GLU	GLU	ILE	ILE	L	L	3 - 229	8 - 234
1	31	PRO	PRO	SER	SER	F	F	4 - 228	9 - 233
2	31	PRO	PRO	SER	SER	G	G	4 - 228	9 - 233
1	32	PRO	PRO	SER	SER	F	F	4 - 228	9 - 233
2	32	PRO	PRO	SER	SER	H	H	4 - 228	9 - 233
1	33	PRO	PRO	SER	SER	F	F	4 - 228	9 - 233
2	33	PRO	PRO	SER	SER	I	I	4 - 228	9 - 233
1	34	PRO	PRO	SER	SER	F	F	4 - 228	9 - 233
2	34	PRO	PRO	SER	SER	J	J	4 - 228	9 - 233
1	35	PRO	PRO	SER	SER	F	F	4 - 228	9 - 233
2	35	PRO	PRO	SER	SER	C	C	4 - 228	9 - 233
1	36	PRO	PRO	SER	SER	F	F	4 - 228	9 - 233
2	36	PRO	PRO	SER	SER	D	D	4 - 228	9 - 233
1	37	PRO	PRO	SER	SER	F	F	4 - 228	9 - 233
2	37	PRO	PRO	SER	SER	K	K	4 - 228	9 - 233
1	38	PRO	PRO	SER	SER	F	F	4 - 228	9 - 233
2	38	PRO	PRO	SER	SER	L	L	4 - 228	9 - 233
1	39	GLU	GLU	ILE	ILE	G	G	3 - 229	8 - 234
2	39	GLU	GLU	ILE	ILE	H	H	3 - 229	8 - 234
1	40	GLU	GLU	SER	SER	G	G	3 - 228	8 - 233
2	40	GLU	GLU	SER	SER	I	I	3 - 228	8 - 233
1	41	GLU	GLU	SER	SER	G	G	3 - 228	8 - 233
2	41	GLU	GLU	SER	SER	J	J	3 - 228	8 - 233
1	42	GLU	GLU	SER	SER	G	G	3 - 228	8 - 233
2	42	GLU	GLU	SER	SER	C	C	3 - 228	8 - 233
1	43	GLU	GLU	SER	SER	G	G	3 - 228	8 - 233
2	43	GLU	GLU	SER	SER	D	D	3 - 228	8 - 233
1	44	PRO	PRO	SER	SER	G	G	4 - 228	9 - 233
2	44	PRO	PRO	SER	SER	K	K	4 - 228	9 - 233
1	45	GLU	GLU	SER	SER	G	G	3 - 228	8 - 233
2	45	GLU	GLU	SER	SER	L	L	3 - 228	8 - 233
1	46	GLU	GLU	SER	SER	H	H	3 - 228	8 - 233
2	46	GLU	GLU	SER	SER	I	I	3 - 228	8 - 233
1	47	GLU	GLU	SER	SER	H	H	3 - 228	8 - 233
2	47	GLU	GLU	SER	SER	J	J	3 - 228	8 - 233
1	48	GLU	GLU	SER	SER	H	H	3 - 228	8 - 233
2	48	GLU	GLU	SER	SER	C	C	3 - 228	8 - 233
1	49	GLU	GLU	SER	SER	H	H	3 - 228	8 - 233
2	49	GLU	GLU	SER	SER	D	D	3 - 228	8 - 233
1	50	PRO	PRO	SER	SER	H	H	4 - 228	9 - 233
2	50	PRO	PRO	SER	SER	K	K	4 - 228	9 - 233
1	51	GLU	GLU	SER	SER	H	H	3 - 228	8 - 233
2	51	GLU	GLU	SER	SER	L	L	3 - 228	8 - 233
1	52	GLU	GLU	SER	SER	I	I	3 - 228	8 - 233
2	52	GLU	GLU	SER	SER	J	J	3 - 228	8 - 233
1	53	SER	SER	SER	SER	I	I	2 - 228	7 - 233
2	53	SER	SER	SER	SER	C	C	2 - 228	7 - 233
1	54	SER	SER	SER	SER	I	I	2 - 228	7 - 233
2	54	SER	SER	SER	SER	D	D	2 - 228	7 - 233
1	55	PRO	PRO	SER	SER	I	I	4 - 228	9 - 233
2	55	PRO	PRO	SER	SER	K	K	4 - 228	9 - 233
1	56	GLU	GLU	SER	SER	I	I	3 - 228	8 - 233
2	56	GLU	GLU	SER	SER	L	L	3 - 228	8 - 233
1	57	GLU	GLU	ILE	ILE	J	J	3 - 229	8 - 234
2	57	GLU	GLU	ILE	ILE	C	C	3 - 229	8 - 234
1	58	GLU	GLU	ILE	ILE	J	J	3 - 229	8 - 234
2	58	GLU	GLU	ILE	ILE	D	D	3 - 229	8 - 234
1	59	PRO	PRO	ILE	ILE	J	J	4 - 229	9 - 234
2	59	PRO	PRO	ILE	ILE	K	K	4 - 229	9 - 234
1	60	GLU	GLU	ILE	ILE	J	J	3 - 229	8 - 234
2	60	GLU	GLU	ILE	ILE	L	L	3 - 229	8 - 234
1	61	SER	SER	ILE	ILE	C	C	2 - 229	7 - 234
2	61	SER	SER	ILE	ILE	D	D	2 - 229	7 - 234
1	62	PRO	PRO	ILE	ILE	C	C	4 - 229	9 - 234
2	62	PRO	PRO	ILE	ILE	K	K	4 - 229	9 - 234
1	63	GLU	GLU	ILE	ILE	C	C	3 - 229	8 - 234
2	63	GLU	GLU	ILE	ILE	L	L	3 - 229	8 - 234
1	64	PRO	PRO	SER	SER	D	D	4 - 230	9 - 235
2	64	PRO	PRO	SER	SER	K	K	4 - 230	9 - 235
1	65	GLU	GLU	SER	SER	D	D	3 - 230	8 - 235
2	65	GLU	GLU	SER	SER	L	L	3 - 230	8 - 235
1	66	PRO	PRO	SER	SER	K	K	4 - 230	9 - 235
2	66	PRO	PRO	SER	SER	L	L	4 - 230	9 - 235

NCSアンサンブル:

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	Enoyl-CoA hydratase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase 分子量: 27119.592 Da / 分子数: 12 / 断片: MysmA.00386.a.A1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: echA5, MSMEG_1390, MSMEI_1352 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QS88, enoyl-CoA hydratase

#1: タンパク質

Enoyl-CoA hydratase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase

分子量: 27119.592 Da / 分子数: 12 / 断片: MysmA.00386.a.A1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: echA5, MSMEG_1390, MSMEI_1352 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QS88, enoyl-CoA hydratase

-
非ポリマー , 5種, 1517分子

#2: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル分子量: 46.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.51 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 40% reagent alcohol, 0.1M sodium phosphate dibasic/ citric acid, pH=4.2, 5% PEG-1000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月30日

放射

モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) liquid N2 cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 193399 / Num. obs: 186042 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 10.42

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.95-2		0.394	2.48	1	95.9
2-2.06		0.319	3.1	1	96.1
2.06-2.12		0.258	3.77	1	96.1
2.12-2.18		0.2	4.81	1	95.9
2.18-2.25		0.184	5.24	1	96
2.25-2.33		0.148	6.33	1	96.1
2.33-2.42		0.123	7.45	1	96.1
2.42-2.52		0.115	8	1	96
2.52-2.63		0.094	9.26	1	96.7
2.63-2.76		0.083	10.36	1	96.6
2.76-2.91		0.068	12.31	1	96.3
2.91-3.08		0.055	14.51	1	96.7
3.08-3.3		0.047	16.96	1	96.4
3.3-3.56		0.041	19.14	1	95.6
3.56-3.9		0.036	21.28	1	96
3.9-4.36		0.034	22.13	1	95.3
4.36-5.03		0.031	22.64	1	96.5
5.03-6.17		0.033	22.16	1	96.9
6.17-8.72		0.031	23.61	1	97.5
	8.72	0.029	26.19	1	97.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0069	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
ALS	collection software	データ収集
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→46.316 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 8.629 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22343	9247	5 %	RANDOM
R_work	0.19733	-	-	-
obs	0.19864	176795	96.25 %	-
all	-	195289	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.934 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.43 Å²	-0.07 Å²	0.1 Å²
2-	-	0.03 Å²	-0.06 Å²
3-	-	-	-0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→46.316 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19774	0	158	1475	21407

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	20364
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	19258
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.443	1.962	27698
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.522	3	43975
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.52	5	2751
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.245	23.294	856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.943	15	2909
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.915	15	198
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	3169
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	23839
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	4537
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.964	1.418	10947
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.964	1.417	10946
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.533	2.118	13669
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.479	1.594	9417
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	12148	0.07
1	2	B	12148	0.07
2	1	A	12253	0.06
2	2	E	12253	0.06
3	1	A	12039	0.08
3	2	F	12039	0.08
4	1	A	12109	0.07
4	2	G	12109	0.07
5	1	A	11883	0.07
5	2	H	11883	0.07
6	1	A	12070	0.08
6	2	I	12070	0.08
7	1	A	12127	0.08
7	2	J	12127	0.08
8	1	A	12060	0.08
8	2	C	12060	0.08
9	1	A	12018	0.08
9	2	D	12018	0.08
10	1	A	11996	0.07
10	2	K	11996	0.07
11	1	A	11867	0.07
11	2	L	11867	0.07
12	1	B	12107	0.08
12	2	E	12107	0.08
13	1	B	12662	0.07
13	2	F	12662	0.07
14	1	B	12782	0.06
14	2	G	12782	0.06
15	1	B	12416	0.07
15	2	H	12416	0.07
16	1	B	12637	0.08
16	2	I	12637	0.08
17	1	B	12763	0.07
17	2	J	12763	0.07
18	1	B	12656	0.07
18	2	C	12656	0.07
19	1	B	12815	0.06
19	2	D	12815	0.06
20	1	B	12473	0.07
20	2	K	12473	0.07
21	1	B	12364	0.06
21	2	L	12364	0.06
22	1	E	11933	0.08
22	2	F	11933	0.08
23	1	E	11946	0.09
23	2	G	11946	0.09
24	1	E	11884	0.08
24	2	H	11884	0.08
25	1	E	12057	0.08
25	2	I	12057	0.08
26	1	E	12047	0.08
26	2	J	12047	0.08
27	1	E	12018	0.08
27	2	C	12018	0.08
28	1	E	12039	0.08
28	2	D	12039	0.08
29	1	E	12044	0.07
29	2	K	12044	0.07
30	1	E	11869	0.07
30	2	L	11869	0.07
31	1	F	12499	0.07
31	2	G	12499	0.07
32	1	F	12558	0.05
32	2	H	12558	0.05
33	1	F	12436	0.08
33	2	I	12436	0.08
34	1	F	12625	0.07
34	2	J	12625	0.07
35	1	F	12460	0.07
35	2	C	12460	0.07
36	1	F	12435	0.08
36	2	D	12435	0.08
37	1	F	12447	0.07
37	2	K	12447	0.07
38	1	F	12108	0.07
38	2	L	12108	0.07
39	1	G	12446	0.06
39	2	H	12446	0.06
40	1	G	12603	0.07
40	2	I	12603	0.07
41	1	G	12884	0.05
41	2	J	12884	0.05
42	1	G	12563	0.07
42	2	C	12563	0.07
43	1	G	12497	0.07
43	2	D	12497	0.07
44	1	G	12412	0.07
44	2	K	12412	0.07
45	1	G	12268	0.07
45	2	L	12268	0.07
46	1	H	12208	0.07
46	2	I	12208	0.07
47	1	H	12391	0.07
47	2	J	12391	0.07
48	1	H	12225	0.08
48	2	C	12225	0.08
49	1	H	12254	0.07
49	2	D	12254	0.07
50	1	H	12247	0.06
50	2	K	12247	0.06
51	1	H	12158	0.06
51	2	L	12158	0.06
52	1	I	12718	0.07
52	2	J	12718	0.07
53	1	I	12626	0.06
53	2	C	12626	0.06
54	1	I	12576	0.07
54	2	D	12576	0.07
55	1	I	12512	0.06
55	2	K	12512	0.06
56	1	I	12273	0.06
56	2	L	12273	0.06
57	1	J	12810	0.07
57	2	C	12810	0.07
58	1	J	12873	0.07
58	2	D	12873	0.07
59	1	J	12799	0.06
59	2	K	12799	0.06
60	1	J	12574	0.07
60	2	L	12574	0.07
61	1	C	12515	0.07
61	2	D	12515	0.07
62	1	C	12460	0.06
62	2	K	12460	0.06
63	1	C	12251	0.06
63	2	L	12251	0.06
64	1	D	12519	0.06
64	2	K	12519	0.06
65	1	D	12298	0.06
65	2	L	12298	0.06
66	1	K	12424	0.06
66	2	L	12424	0.06

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.299	711	-
R_work	0.27	13010	-
obs	-	-	95.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8583	-0.1317	-0.2239	1.0219	0.4925	0.9051	0.0287	-0.0189	0.127	-0.0992	0.0245	-0.0541	-0.1415	0.0351	-0.0532	0.0633	0.0085	0.0182	0.0404	0.0426	0.1263	54.1788	37.1351	78.4666
2	0.1053	0.1232	-0.0885	0.6212	-0.0533	0.1934	0.0468	0.0541	0.0464	0.0581	-0.0279	0.0291	-0.0559	-0.0361	-0.0189	0.0301	0.0147	0.0017	0.0691	0.0213	0.1221	48.7979	24.2639	82.615
3	2.4345	1.1884	-1.5649	3.9016	3.3551	7.8548	-0.0162	0.3013	0.02	-0.1215	0.0671	0.1113	0.0408	-0.1899	-0.0509	0.0325	0.0204	-0.0434	0.122	0.0216	0.1039	36.2614	9.7962	67.7898
4	0.4227	-0.0028	-0.7875	0.4225	0.1897	1.9746	-0.1016	-0.1269	-0.1673	0.2594	-0.0198	-0.0679	0.2967	-0.0024	0.1214	0.1825	0.0203	-0.0009	0.1632	0.1393	0.1369	60.9397	26.2016	119.4747
5	0.0047	-0.0321	-0.0472	1.549	0.2921	1.5118	0.0236	-0.0141	-0.0031	0.1488	0.0651	-0.1063	-0.0343	-0.0397	-0.0887	0.128	-0.0278	-0.0151	0.1366	0.0822	0.0698	58.4627	31.8723	119.3228
6	0.3952	-0.0548	-0.2305	0.4232	0.1889	0.2552	0.0068	-0.077	-0.0647	0.0886	-0.017	-0.0845	0.0262	0.0227	0.0102	0.0535	0.0083	-0.026	0.0769	0.0372	0.101	65.3655	38.7805	109.6662
7	0.7517	1.0816	-0.4642	2.0759	-0.1013	1.0677	-0.1072	0.0998	-0.1725	-0.0339	0.0843	-0.2295	0.2707	-0.0069	0.023	0.121	0.0562	-0.0108	0.1155	-0.0888	0.105	87.1002	-31.2648	38.8675
8	0.1394	0.1114	0.044	0.3584	0.391	0.6715	-0.0046	0.0322	0.0171	0.0277	-0.0197	0.0526	0.1259	0.0483	0.0243	0.0795	0.0247	0.0018	0.0716	-0.0184	0.0827	82.1257	-20.1868	47.3784
9	0.8793	0.7331	0.6963	1.6567	0.5665	0.7008	-0.0292	0.0852	0.0352	-0.1425	-0.023	-0.1365	0.0855	0.1793	0.0522	0.0947	0.0648	0.0428	0.179	0.0058	0.0429	98.5365	-12.2427	40.3886
10	0.3488	0.334	-0.5082	0.8157	0.1286	1.6389	-0.0508	0.0654	-0.0699	-0.1048	0.0396	-0.0282	0.0256	-0.0229	0.0111	0.0219	-0.0001	-0.0239	0.1191	-0.103	0.1628	44.9587	-13.254	66.2421
11	0.5086	0.0748	-0.1825	0.3966	-0.0226	0.0985	0.0049	0.0965	-0.0032	0.0075	-0.0016	0.0503	0.0166	-0.0219	-0.0034	0.0264	0.0021	-0.0134	0.0989	-0.0181	0.0997	47.3475	-0.4265	74.5284
12	1.6619	-0.8602	-0.3489	1.1264	-0.0288	0.2728	-0.0155	0.0292	-0.0555	-0.129	0.0755	0.0975	0.0658	-0.0989	-0.06	0.0325	-0.0208	-0.0338	0.0885	-0.0058	0.1438	29.8548	-5.4411	83.0449
13	0.8706	0.4046	-0.7727	1.5538	-0.4323	1.7167	0.0727	0.0105	0.141	0.1703	-0.0339	0.0046	-0.1959	-0.0101	-0.0388	0.0637	-0.0138	-0.0158	0.0432	-0.0417	0.1013	63.7338	78.2927	108.5272
14	0.4642	0.1031	0.2095	0.5571	0.1324	0.5259	0.0026	0.0166	0.049	-0.0227	0.017	-0.0648	0.0323	0.085	-0.0196	0.0371	-0.0132	-0.0205	0.0703	-0.0154	0.1162	67.4086	70.9861	103.3395
15	0.094	0.1672	-0.1288	0.988	-0.0855	0.2318	0.0161	-0.0442	0.0045	0.0219	-0.0189	-0.1018	-0.0426	0.0483	0.0028	0.0275	0.0008	-0.0252	0.0889	-0.0078	0.0927	65.5316	57.7244	106.5347
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24	3.3348	1.36	-0.3421	8.3694	-3.4243	7.2645	0.0599	-0.0677	0.1631	0.3121	-0.153	-0.3835	-0.1632	0.2921	0.093	0.0183	-0.0117	-0.0403	0.1217	-0.0266	0.1703	83.262	63.6922	105.3841
25	1.2595	-1.1865	-1.0034	2.4535	0.6846	0.8554	-0.1978	-0.003	-0.1505	0.0679	0.079	0.1728	0.1894	-0.033	0.1188	0.052	-0.0394	0.0176	0.134	0.0401	0.0756	14.3455	20.9708	147.2123
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29	0.3098	-0.1418	-0.2543	0.3784	0.2342	0.4082	-0.0275	0.0892	0.0251	0.0492	-0.0092	0.028	0.0232	0.0251	0.0368	0.0311	-0.0104	-0.0078	0.0817	0.0153	0.0997	79.2802	-0.2215	60.4952
30	5.8578	4.6529	-2.1687	13.4991	1.1321	1.7492	-0.1433	-0.1819	-0.1604	0.4423	0.0058	0.0054	0.3863	0.1778	0.1376	0.2927	0.0951	0.035	0.0951	0.019	0.1481	91.085	-22.1566	61.1496
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34	4.4673	0.5158	-0.6896	0.8721	-1.2498	2.722	-0.1151	-0.4044	0.7278	0.2013	0.2431	0.3947	-0.8729	-0.6524	-0.1281	0.4244	0.2817	-0.2007	0.2379	-0.1013	0.4271	6.0438	72.9446	142.8109
35	0.3956	0.1946	-0.1635	0.7268	-0.3652	0.8313	0.0104	-0.0763	0.019	0.1111	0.0843	0.096	-0.2309	-0.2047	-0.0947	0.1008	0.1017	-0.0046	0.1227	-0.0096	0.0659	12.9835	60.4243	141.3504
36	2.0343	2.5629	-1.574	9.6694	1.8422	6.4325	-0.0528	0.2375	-0.078	-0.527	0.0425	0.1307	-0.4273	-0.3575	0.0103	0.1325	0.0434	-0.0512	0.1608	0.005	0.0643	14.2872	57.2155	115.2018

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 41
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	42 - 211
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	212 - 229
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	2 - 45
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	46 - 72
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	73 - 229
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	2 - 46
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	47 - 181
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	182 - 230
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	2 - 75
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	76 - 184
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	185 - 231
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	1 - 43
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	44 - 136
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	137 - 229
16	X-RAY DIFFRACTION	16	F	4 - 46
17	X-RAY DIFFRACTION	17	F	47 - 183
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	184 - 229
19	X-RAY DIFFRACTION	19	G	3 - 68
20	X-RAY DIFFRACTION	20	G	69 - 184
21	X-RAY DIFFRACTION	21	G	185 - 229
22	X-RAY DIFFRACTION	22	H	3 - 46
23	X-RAY DIFFRACTION	23	H	47 - 216
24	X-RAY DIFFRACTION	24	H	217 - 229
25	X-RAY DIFFRACTION	25	I	2 - 46
26	X-RAY DIFFRACTION	26	I	47 - 125
27	X-RAY DIFFRACTION	27	I	126 - 229
28	X-RAY DIFFRACTION	28	J	3 - 122
29	X-RAY DIFFRACTION	29	J	123 - 216
30	X-RAY DIFFRACTION	30	J	217 - 230
31	X-RAY DIFFRACTION	31	K	4 - 46
32	X-RAY DIFFRACTION	32	K	47 - 216
33	X-RAY DIFFRACTION	33	K	217 - 232
34	X-RAY DIFFRACTION	34	L	3 - 46
35	X-RAY DIFFRACTION	35	L	47 - 218
36	X-RAY DIFFRACTION	36	L	219 - 231

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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