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- PDB-4qf7: Crystal Structure of the Complex of Phospholipase A2 with Cortico... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qf7
タイトルCrystal Structure of the Complex of Phospholipase A2 with Corticosterone at 1.48 A Resolution
要素Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CORTICOSTERONE / Basic phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa / Basic phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa
類似検索 - 構成要素
生物種Daboia russellii pulchella (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Shukla, P.K. / Sinha, M. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2015
タイトル: Structures and binding studies of the complexes of phospholipase A2 with five inhibitors
著者: Shukla, P.K. / Gautam, L. / Sinha, M. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
履歴
登録2014年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9762
ポリマ－13,6301
非ポリマー3461
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.180, 51.180, 47.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa


分子量: 13629.767 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Daboia russellii pulchella (ヘビ)
参照: UniProt: D0VX11, UniProt: P59071*PLUS, phospholipase A2
#2: 化合物 ChemComp-C0R / CORTICOSTERONE / (11-BETA)-11,21-DIHYDROXY-PREGN-4-ENE-3,20-DIONE / コルチコステロン


分子量: 346.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30O4 / コメント: ホルモン*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Ammonium sulphate, PEG 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月24日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.924
11K, H, -L20.076
反射解像度: 1.48→50 Å / Num. obs: 19398 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル解像度: 1.48→1.56 Å / Rmerge(I) obs: 0.385 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 91.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FB2

1fb2


解像度: 1.48→25.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 4.432 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.021 / ESU R Free: 0.021 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25546 994 5.1 %RANDOM
Rwork0.21906 ---
all0.22086 19398 --
obs0.22086 18400 93.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.861 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.57 Å20 Å20 Å2
2--2.57 Å20 Å2
3----5.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→25.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数944 0 25 204 1173
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02992
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0322.0161332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.045113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.58823.90241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.08315174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.503155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2139
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021713
LS精密化 シェル解像度: 1.479→1.517 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.434 71 -
Rwork0.386 1258 -
obs--87.55 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.5796 Å / Origin y: 1.3917 Å / Origin z: -0.309 Å
111213212223313233
T0.0157 Å2-0.017 Å20.0108 Å2-0.0682 Å20.0549 Å2--0.1133 Å2
L3.1687 °2-0.9939 °20.4981 °2-3.3371 °20.1424 °2--1.6207 °2
S-0.0691 Å °0.0771 Å °-0.0055 Å °-0.1572 Å °0.0056 Å °-0.3682 Å °-0.0377 Å °0.1804 Å °0.0635 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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